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万見
- PDB-5w6a: HLA-C*06:02 presenting ARTELYRSL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w6a
タイトルHLA-C*06:02 presenting ARTELYRSL
要素
  • ALA-ARG-THR-GLU-LEU-TYR-ARG-SER-LEU
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA / Antigen presentation / Human Leukocyte Antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


leucine zipper domain binding / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / embryonic cleavage / NRAGE signals death through JNK / TAP binding / negative regulation of apoptotic signaling pathway / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / regulation of mitotic cell cycle / : ...leucine zipper domain binding / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / embryonic cleavage / NRAGE signals death through JNK / TAP binding / negative regulation of apoptotic signaling pathway / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / regulation of mitotic cell cycle / : / : / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / small-subunit processome / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / tau protein binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / ribosomal small subunit biogenesis / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / transcription regulator complex / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell adhesion / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / AATF leucine zipper-containing domain / Protein AATF/Bfr2 / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / Apoptosis antagonizing transcription factor / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / AATF leucine zipper-containing domain / Protein AATF/Bfr2 / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / Apoptosis antagonizing transcription factor / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, C alpha chain / Beta-2-microglobulin / HLA class I histocompatibility antigen, C alpha chain / Protein AATF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Mobbs, J.I. / Vivian, J.P. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The molecular basis for peptide repertoire selection in the human leucocyte antigen (HLA) C*06:02 molecule.
著者: Mobbs, J.I. / Illing, P.T. / Dudek, N.L. / Brooks, A.G. / Baker, D.G. / Purcell, A.W. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P.
履歴
登録2017年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: ALA-ARG-THR-GLU-LEU-TYR-ARG-SER-LEU
F: ALA-ARG-THR-GLU-LEU-TYR-ARG-SER-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1546
ポリマ－90,1546
非ポリマー00
水14,142785
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
E: ALA-ARG-THR-GLU-LEU-TYR-ARG-SER-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0773
ポリマ－45,0773
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
2
C: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
F: ALA-ARG-THR-GLU-LEU-TYR-ARG-SER-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0773
ポリマ－45,0773
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.191, 136.950, 70.961
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERTRPTRPAA2 - 2742 - 274
21SERSERTRPTRPCC2 - 2742 - 274
12METMETMETMETBB0 - 991 - 100
22METMETMETMETDD0 - 991 - 100

NCSアンサンブル:
ID
2
1

-
要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain / MHC class I antigen Cw*6


分子量: 32087.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-C, HLAC / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q29963, UniProt: P10321*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド ALA-ARG-THR-GLU-LEU-TYR-ARG-SER-LEU


分子量: 1110.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q9NY61*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 785 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0, 0.1 M Na fluoride and 20 % PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→68.47 Å / Num. obs: 86176 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.7 % / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 4252 / Rpim(I) all: 0.32 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NT6

4nt6


解像度: 1.74→68.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.702 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20074 4391 5.1 %RANDOM
Rwork0.1605 ---
obs0.16259 81743 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.852 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20 Å2-0.15 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.74→68.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6248 0 0 787 7035
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0196428
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3131.9268738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.163312836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5335758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.66822.975353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.552151011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.641566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0217272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1361.1353050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1361.1353049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6741.6963802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6741.6963803
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8761.3783378
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8761.3783378
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8921.9824936
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.67814.8237474
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.59113.8677269
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A173280.11
12C173280.11
21B61660.09
22D61660.09
LS精密化 シェル解像度: 1.737→1.782 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 296 -
Rwork0.236 5729 -
obs--94.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27110.22360.54311.44830.06493.38130.0261-0.0485-0.04070.06420.0109-0.01950.0814-0.1466-0.03690.0079-0.00140.00870.00790.00760.0367-17.54921.6804-31.1334
23.9941.33671.00182.83891.27192.8001-0.10240.09070.3578-0.12710.1361-0.2646-0.26270.4349-0.03370.0493-0.04520.03060.07750.00570.1572-0.406722.342-33.8533
31.1325-0.3880.24616.1791-0.27451.385-0.08960.02390.0884-0.0977-0.04790.3498-0.2798-0.16870.13750.12020.0161-0.07280.0489-0.04970.1497-13.924236.9813-23.3932
42.9963-0.46871.75061.923-0.69873.0924-0.0592-0.02490.1507-0.0498-0.0221-0.0972-0.15040.150.08130.0194-0.01220.01770.0146-0.00880.046711.515751.4561-3.7773
52.1346-0.33-1.15823.4268-1.89663.6907-0.0981-0.212-0.33310.1220.15570.46020.1509-0.2683-0.05760.0258-0.01580.04450.10440.05440.1879-3.289931.33666.4797
61.55090.466-0.09565.4886-0.05850.7909-0.05050.1599-0.1005-0.30920.118-0.20910.1580.0224-0.06740.0748-0.01340.01870.12130.0380.073312.648615.65155.0567
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1E1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2B0 - 99
4X-RAY DIFFRACTION3A181 - 274
5X-RAY DIFFRACTION4C2 - 180
6X-RAY DIFFRACTION4F1 - 9
7X-RAY DIFFRACTION5D0 - 99
8X-RAY DIFFRACTION6C181 - 274

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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