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万見
- PDB-5w2o: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis KasA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w2o
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis KasA
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / BETA KETOACYL SYNTHASE I / LIPID SYNTHESIS (脂質代謝) / FATTY ACID BIOSYNTHESIS (脂肪酸の合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


meromycolic acid 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-プロパノール / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Capodagli, G.C. / Neiditch, M.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI109713 米国
引用ジャーナル: MBio / 年: 2018
タイトル: Synergistic Lethality of a Binary Inhibitor of Mycobacterium tuberculosis KasA.
著者: Kumar, P. / Capodagli, G.C. / Awasthi, D. / Shrestha, R. / Maharaja, K. / Sukheja, P. / Li, S.G. / Inoyama, D. / Zimmerman, M. / Ho Liang, H.P. / Sarathy, J. / Mina, M. / Rasic, G. / Russo, R. ...著者: Kumar, P. / Capodagli, G.C. / Awasthi, D. / Shrestha, R. / Maharaja, K. / Sukheja, P. / Li, S.G. / Inoyama, D. / Zimmerman, M. / Ho Liang, H.P. / Sarathy, J. / Mina, M. / Rasic, G. / Russo, R. / Perryman, A.L. / Richmann, T. / Gupta, A. / Singleton, E. / Verma, S. / Husain, S. / Soteropoulos, P. / Wang, Z. / Morris, R. / Porter, G. / Agnihotri, G. / Salgame, P. / Ekins, S. / Rhee, K.Y. / Connell, N. / Dartois, V. / Neiditch, M.B. / Freundlich, J.S. / Alland, D.
履歴
登録2017年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,64611
ポリマ－45,7891
非ポリマー85710
水4,900272
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,29222
ポリマ－91,5772
非ポリマー1,71520
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area9860 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area25760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.389, 77.389, 147.008
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-737-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / Beta-ketoacyl-ACP synthase 1 / KAS 1


分子量: 45788.625 Da / 分子数: 1 / 変異: M24V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman) (結核菌)
株: ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman / 遺伝子: kasA, ERDMAN_2470
発現宿主: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: H8ESN0, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

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非ポリマー , 6種, 282分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-TCE / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / 3-[bis(2-carboxyethyl)phosphanyl]propanoic acid / トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン / TCEP


分子量: 250.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15O6P
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 200mM NaCl, 14% Isopropanol, 2mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride (TCEP HCl)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.1808 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月25日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 48010 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 22.03 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.198 / Net I/av σ(I): 27.5 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueΧ2% possible all
1.8-1.836.63.523390.8750.2780.7290.6731.048100
1.83-1.866.60.9050.2320.6071.099100
1.86-1.96.70.9210.2150.5631.18100
1.9-1.946.60.9170.2050.5361.388100
1.94-1.986.70.950.1470.3841.235100
1.98-2.036.70.9650.1170.3071.221100
2.03-2.086.70.9730.1060.2741.278100
2.08-2.136.70.9790.0880.231.277100
2.13-2.26.70.9840.0750.1951.301100
2.2-2.276.70.9810.0760.1981.296100
2.27-2.356.70.9910.0570.151.363100
2.35-2.446.70.9920.0490.1291.316100
2.44-2.556.70.9950.0410.1081.299100
2.55-2.696.70.9950.0390.1011.225100
2.69-2.866.80.9960.0320.0841.155100
2.86-3.086.70.9970.0270.0711.311100
3.08-3.396.80.9980.0210.0561.171100
3.39-3.886.70.9990.0170.0450.96899.8
3.88-4.886.70.9990.0130.0331.04899.7
4.88-506.40.9990.0110.0280.78798

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C6U

4c6u


解像度: 1.8→39.557 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1789 2000 4.17 %
Rwork0.1536 --
obs0.1547 47977 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.11 Å2 / Biso mean: 28.1589 Å2 / Biso min: 11.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→39.557 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3024 0 54 272 3350
Biso mean--52.43 36.01 -
残基数----414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083171
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8684309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005574
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4041899
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7998-1.84480.23041410.202732533394100
1.8448-1.89460.19711390.192532183357100
1.8946-1.95040.26331420.197832433385100
1.9504-2.01340.18131410.161932343375100
2.0134-2.08530.16141420.15632433385100
2.0853-2.16880.18061410.151232573398100
2.1688-2.26750.19861440.163732643408100
2.2675-2.3870.19291420.156832443386100
2.387-2.53660.19741420.159432723414100
2.5366-2.73240.17561430.154833003443100
2.7324-3.00720.1641460.152632953441100
3.0072-3.44220.17941410.147633233464100
3.4422-4.33590.16561460.13533533499100
4.3359-39.56660.16081500.14883478362899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17330.0073-0.29580.61430.02220.46250.08630.0378-0.0691-0.0085-0.0544-0.08850.19230.1127-0.00010.1982-0.0126-0.01490.13340.00720.156641.0338-16.5536-14.287
20.2235-0.1230.04550.3375-0.18010.31610.01340.01610.1161-0.0733-0.1-0.06940.16340.0305-0.01390.21770.0311-0.01360.13420.01250.194342.0607-11.2113-30.1547
30.23050.023-0.05090.6092-0.10350.45160.085-0.0279-0.01520.0976-0.03470.055-0.055-0.00660.03820.176-0.04860.01110.0976-0.00790.125631.5043-5.9212-10.8611
40.2168-0.04630.13310.2388-0.22740.20320.0919-0.04140.04070.1426-0.03350.06650.0096-0.02080.01170.2263-0.07510.01780.11970.00230.145928.6107-11.4274-2.908
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 81 )A3 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 158 )A82 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 159 through 328 )A159 - 328
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 329 through 416 )A329 - 416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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