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- PDB-2wgd: Crystal structure of KasA of Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wgd
タイトルCrystal structure of KasA of Mycobacterium tuberculosis
要素3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
キーワードTRANSFERASE / BETA KETOACYL SYNTHASE I / CYTOPLASM / ACYLTRANSFERASE / LIPID SYNTHESIS / FATTY ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


meromycolic acid 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I / fatty acid elongation, saturated fatty acid / fatty acid elongation / acyltransferase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid biosynthetic process / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Luckner, S.R. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of Mycobacterium Tuberculosis Kasa Show Mode of Action within Cell Wall Biosynthesis and its Inhibition by Thiolactomycin
著者: Luckner, S.R. / Machutta, C.A. / Tonge, P.J. / Kisker, C.
履歴
登録2009年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8117
ポリマ－43,3601
非ポリマー4516
水3,297183
1
A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
ヘテロ分子

A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,62314
ポリマ－86,7202
非ポリマー90312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area8670 Å2
ΔGint-60.03 kcal/mol
Surface area26840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.529, 77.529, 146.803
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1 / BETA KETOACYL SYNTHASE I / KAS 1 / BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE 1


分子量: 43359.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) / 株 (発現宿主): MC2155
参照: UniProt: P63454, UniProt: P9WQD9*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 2-PROPANOL, NACL HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGING PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→39.55 Å / Num. obs: 34607 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.01→2.08 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GP6

2gp6


解像度: 2.01→38.778 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.184 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2143 1734 5.01 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
obs0.181 34601 99.594 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.865 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.947 Å20.474 Å20 Å2
2--0.947 Å20 Å2
3----1.421 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→38.778 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3029 0 29 183 3241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223154
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2961.974286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9595426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.67823.516128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.88915481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8011525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21553
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2192
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1070.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1250.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3040.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1390.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6661.52070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1381.5861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24523298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.95231112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2644.5983
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.062 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 128 -
Rwork0.212 2360 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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