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- PDB-5w2p: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis KasA in complex w... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5w2p | ||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis KasA in complex with 6U5 | ||||||
![]() | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / BETA KETOACYL SYNTHASE I / LIPID SYNTHESIS / FATTY ACID BIOSYNTHESIS | ||||||
Function / homology | ![]() meromycolic acid 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Capodagli, G.C. / Neiditch, M.B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Synergistic Lethality of a Binary Inhibitor of Mycobacterium tuberculosis KasA. Authors: Kumar, P. / Capodagli, G.C. / Awasthi, D. / Shrestha, R. / Maharaja, K. / Sukheja, P. / Li, S.G. / Inoyama, D. / Zimmerman, M. / Ho Liang, H.P. / Sarathy, J. / Mina, M. / Rasic, G. / Russo, ...Authors: Kumar, P. / Capodagli, G.C. / Awasthi, D. / Shrestha, R. / Maharaja, K. / Sukheja, P. / Li, S.G. / Inoyama, D. / Zimmerman, M. / Ho Liang, H.P. / Sarathy, J. / Mina, M. / Rasic, G. / Russo, R. / Perryman, A.L. / Richmann, T. / Gupta, A. / Singleton, E. / Verma, S. / Husain, S. / Soteropoulos, P. / Wang, Z. / Morris, R. / Porter, G. / Agnihotri, G. / Salgame, P. / Ekins, S. / Rhee, K.Y. / Connell, N. / Dartois, V. / Neiditch, M.B. / Freundlich, J.S. / Alland, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 177.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 138.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 26.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5w2oC ![]() 5w2qC ![]() 5w2sC ![]() 4c6uS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 45788.625 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: M24V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman / Gene: kasA, ERDMAN_2470 Production host: ![]() References: UniProt: H8ESN0, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I |
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-Non-polymers , 6 types, 171 molecules ![](data/chem/img/6U5.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/TCE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/TCE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-TCE / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9.5 Details: 200mM NaCl, 8% Isopropanol, 1mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride (TCEP HCl) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 25, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1808 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 34892 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 36.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 1.191 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 219551 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4C6U Resolution: 2→39.224 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.91
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.02 Å2 / Biso mean: 41.7764 Å2 / Biso min: 21.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→39.224 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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