PDB-4c72: Crystal structure of M. tuberculosis C171Q KasA in complex with TLM5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c72

タイトル

Crystal structure of M. tuberculosis C171Q KasA in complex with TLM5

要素

3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1

キーワード

TRANSFERASE / BETO-KETOACYL-ACP SYNTHASE / KAS ENZYME / CONDENSING ENZYME / TYPE 2 FATTY ACID BIOSYNTHESIS / MYCOLIC ACID SYNTHESIS / THIOLACTOMYCIN

機能・相同性

Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : / Chem-M7U / Chem-TLG / :

機能・相同性情報

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Kapilashrami, K. / Fekete, A. / Bommineni, G.R. / Schaefer, C.M. / Mueller, M.J. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for the Recognition of Mycolic Acid Precursors by Kasa, a Condensing Enzyme and Drug Target from Mycobacterium Tuberculosis
著者: Schiebel, J. / Kapilashrami, K. / Fekete, A. / Bommineni, G.R. / Schaefer, C.M. / Mueller, M.J. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

履歴

登録	2013年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月16日	Group: Database references
改定 1.2	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.3	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c72.cif.gz	349.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c72.ent.gz	285 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c72.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4c72_validation.pdf.gz	905.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4c72_full_validation.pdf.gz	917.6 KB	表示
XML形式データ	4c72_validation.xml.gz	43.2 KB	表示
CIF形式データ	4c72_validation.cif.gz	66 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/4c72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/4c72	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4c6uC 4c6vC 4c6wC 4c6xC 4c6zC 4c70C 4c71C 4c73C 2wggS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c70-d 2wgf-1 6y2i-d 1e9i-2 3o04-2 4r43-d 1h16-d 4c6u-1 6y2j-4 1w0i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1

B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1

ヘテロ分子

94.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.310, 89.100, 183.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1 / BETA-KETOACYL ACP SYNTHASE 分子量: 45845.676 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌) プラスミド: PFPCA1 / 発現宿主: MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) / 株 (発現宿主): MC2155 参照: UniProt: I6Y8T4, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

#1: タンパク質

3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1 / BETA-KETOACYL ACP SYNTHASE

分子量: 45845.676 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌)
プラスミド: PFPCA1 / 発現宿主:

MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) / 株 (発現宿主): MC2155
参照: UniProt: I6Y8T4, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

-
非ポリマー , 5種, 935分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-TLG / (5R)-3-acetyl-4-hydroxy-5-methyl-5-[(1Z)-2-methylbuta-1,3-dien-1-yl]thiophen-2(5H)-one 分子量: 238.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄O₃S
#5: 化合物	ChemComp-M7U / (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(10R)-10-methyloctadecanoyl]oxy}propyl phosphate 分子量: 690.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₅O₈P
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 911 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.94 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 9.5 / 詳細: 0.2 M KSCN, 15% PEG 3350, pH 9.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→28.53 Å / Num. obs: 194886 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WGG

2wgg

解像度: 1.5→91.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 1.78 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1559	9803	5 %	RANDOM
R_work	0.13634	-	-	-
obs	0.13731	184715	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.561 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→91.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6036	0	200	911	7147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	6770
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.776	1.979	9230
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.268	5	953
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.165	23.728	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.034	15	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.685	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.021	5250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.366	1.5	4294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.1	2	6910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.863	3	2476
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.864	4.5	2255
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	738	-
R_work	0.228	13541	-
obs	-	-	99.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.834	0.0751	-0.0514	0.4479	-0.0106	0.4939	-0.0381	0.0289	-0.1203	-0.0164	0.007	-0.0431	0.1023	0.079	0.0311	0.0469	0.0138	0.0048	0.0343	0.0042	0.0571	6.0835	-33.3151	10.2514
2	0.3188	0.3547	-0.6872	0.4239	-0.7389	2.3394	-0.0556	-0.0695	-0.1346	-0.0065	-0.0801	-0.1344	0.3018	0.2081	0.1356	0.1541	0.0246	0.0104	0.0685	0.0375	0.1114	2.1675	-43.7695	25.6012
3	1.3323	0.9245	-0.1873	1.5356	0.1766	0.7491	0.0042	-0.0632	-0.2239	0.1341	0.0203	-0.1816	0.1661	0.2067	-0.0244	0.0903	0.0408	-0.0294	0.1066	0.025	0.0863	12.9552	-33.4151	27.0805
4	0.8582	0.436	-0.0272	0.3781	0.1123	0.6685	0.011	-0.0613	-0.0502	0.1006	-0.0013	-0.0034	0.122	0.0214	-0.0097	0.097	-0.0002	-0.0055	0.0576	0.0159	0.0737	-3.7532	-32.7173	31.944
5	0.0992	-0.0284	-0.0041	0.4874	-0.1875	0.515	-0.0071	-0.0444	0.0071	0.0398	-0.0066	-0.0568	-0.0281	-0.023	0.0136	0.0641	0.0104	-0.0067	0.0767	-0.0074	0.0869	3.3702	-19.0182	23.3336
6	0.5593	0.1162	-0.0889	0.37	-0.0572	0.4607	-0.0113	0.057	-0.0382	-0.0282	0.0158	-0.0141	0.0565	0.0003	-0.0045	0.0491	0.0076	-0.001	0.0566	-0.0012	0.0594	-0.0391	-28.5528	9.5722
7	2.1104	-0.4949	0.9013	2.2587	0.1537	3.4224	0.1068	0.0348	0.0129	0.0773	-0.019	-0.2634	-0.0202	0.4496	-0.0878	0.0141	-0.0148	-0.0209	0.1664	-0.0001	0.109	23.5092	-19.3974	21.7718
8	0.5934	-0.1011	-0.1699	0.2955	0.0476	0.4624	-0.0004	0.0613	0.0567	-0.0313	-0.0007	-0.0237	-0.0338	0.0263	0.0012	0.0555	-0.0003	-0.001	0.0786	0.0096	0.0725	4.3659	-16.831	5.6613
9	0.9235	-0.013	-0.3393	0.2883	0.1849	0.7103	-0.0064	0.0723	0.0451	-0.0537	0.0172	-0.0222	-0.0214	0.0638	-0.0108	0.0558	0.0001	0.0074	0.0795	0.0139	0.0706	9.4506	-19.6724	1.7403
10	0.6341	0.1709	0.1163	1.0117	-0.0489	0.8259	-0.0141	-0.0972	0.0656	0.1038	-0.0456	0.1146	-0.0627	-0.2197	0.0597	0.0346	0.0043	0.0239	0.0799	-0.0345	0.0377	-19.4108	-14.1465	39.2546
11	0.2797	-0.4966	-0.8676	1.3214	1.1342	3.6801	0.0156	0.1184	-0.0525	-0.1154	-0.2138	0.2009	0.0021	-0.6477	0.1983	0.0534	0.0137	-0.0097	0.2187	-0.0587	0.0971	-27.5501	-19.2413	23.3281
12	1.1808	0.9648	-0.1223	1.0547	0.3782	1.054	-0.0144	0.0498	0.2114	-0.0708	-0.0191	0.2449	-0.1798	-0.1844	0.0335	0.0832	0.049	-0.0008	0.095	-0.0074	0.106	-19.4997	-5.9733	23.3719
13	0.2258	0.2797	0.0716	1.0595	0.2925	0.4819	0.0284	-0.0088	0.0275	0.0285	-0.051	0.0845	0.0005	-0.1161	0.0226	0.0517	0.001	0.0014	0.0725	0.0052	0.0843	-15.7249	-22.3652	17.4167
14	0.1272	-0.0159	0.1517	0.9926	-0.6827	0.8634	-0.0071	-0.0337	0.0675	0.0233	-0.0329	-0.0298	0.0508	-0.0298	0.04	0.0772	0.006	0.0039	0.0549	-0.0014	0.0922	-4.2448	-13.433	28.2828
15	0.4617	0.05	0.1015	0.4692	-0.0142	0.6721	0.0135	-0.1329	0.0254	0.1064	-0.051	0.0407	0.0101	-0.1146	0.0375	0.0678	-0.0112	0.026	0.0744	-0.0163	0.0393	-13.9426	-19.5066	40.3104
16	3.4567	-0.9998	1.2979	2.0139	-1.835	5.081	-0.0605	-0.0626	0.2885	0.1459	0.0254	0.0131	-0.5423	-0.0554	0.0352	0.1894	0.0093	-0.0177	0.0085	-0.0323	0.1347	-7.9871	6.1818	30.7968
17	0.581	-0.064	0.0591	0.3034	0.0872	0.7191	-0.0021	-0.1147	0.0661	0.131	-0.0351	-0.0162	-0.0314	-0.0195	0.0372	0.0949	-0.0102	0.0006	0.0661	-0.0195	0.0414	-3.5957	-13.4658	45.8317
18	0.5076	0.1312	-0.0128	0.6959	0.0397	0.9402	0.0175	-0.1379	0.0905	0.165	-0.0461	0.0091	-0.0933	-0.0769	0.0286	0.1107	-0.0052	0.0032	0.0851	-0.039	0.0497	-7.3073	-9.8697	49.5098

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	64 - 82
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	83 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	103 - 160
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	161 - 183
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	184 - 251
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	252 - 266
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	267 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	373 - 416
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	4 - 63
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	64 - 82
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	83 - 102
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	103 - 160
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	161 - 183
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	184 - 251
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	252 - 266
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	267 - 372
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	373 - 416

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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