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- PDB-3o04: Crystal structure of the beta-keto-acyl carrier protein synthase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o04
タイトルCrystal structure of the beta-keto-acyl carrier protein synthase II (lmo2201) from Listeria monocytogenes
要素beta-keto-acyl carrier protein synthase II
キーワードTRANSFERASE / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / 3-layer(aba) sandwich / acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the beta-keto-acyl carrier protein synthase II (lmo2201) from Listeria monocytogenes
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Anderson, W.F. / Savchenko, A.
履歴
登録2010年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-keto-acyl carrier protein synthase II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9551
ポリマ－44,9551
非ポリマー00
水8,827490
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: beta-keto-acyl carrier protein synthase II

A: beta-keto-acyl carrier protein synthase II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9112
ポリマ－89,9112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area5960 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area25730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.742, 74.742, 170.694
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-587-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 beta-keto-acyl carrier protein synthase II / Lmo2201 protein


分子量: 44955.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: EGD-e / 遺伝子: lmo2201 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q8Y574
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.5M Ammonium Sulfate, 100mM Bis-Tris Propane, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月31日 / 詳細: beryllium lens
放射モノクロメーター: C(111) diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 78792 / Num. obs: 78477 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.85-1.926.10.6292.978610.98299.3
1.92-1.996.40.4534.377990.99799.7
1.99-2.086.40.3126.478681.04499.7
2.08-2.196.40.222978791.04299.8
2.19-2.336.50.15612.378591.01999.9
2.33-2.516.50.121678631.03299.9
2.51-2.766.50.09320.478511.01899.9
2.76-3.166.50.08520.778510.99599.8
3.16-3.996.30.05926.778520.99299.5
3.99-506.30.0414077941.02798.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.2_432精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→33.43 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8839 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / σ(I): 2.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1753 3652 4.99 %random
Rwork0.1509 ---
all0.1523 78803 --
obs0.1521 73114 92.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.802 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 218.44 Å2 / Biso mean: 31.9924 Å2 / Biso min: 12.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.2419 Å20 Å2-0 Å2
2--6.2419 Å20 Å2
3----12.4838 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3111 0 0 490 3601
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063198
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0754332
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081483
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.581175
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.85-1.920.28463030.247659276230592778.6
1.92-20.26053400.203263246664632485.1
1.99-2.080.20513680.174266547022665488.9
2.08-2.20.18053720.160468547226685491.9
2.19-2.330.17673650.151771287493712894.9
2.33-2.510.20533710.159671317502713195.4
2.51-2.760.20833830.158672877670728797.4
2.76-3.160.19113860.154573447730734498.1
3.16-3.980.14373850.127874087793740898.9
3.98-33.430.13723790.135774057784740598.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2896-0.13560.14440.6704-0.22560.9082-0.00140.1801-0.0124-0.08170.06180.1406-0.0035-0.186100.145-0.0005-0.00160.21370.02790.18392.502222.856973.8642
20.0591-0.01980.00170.0666-0.01960.011-0.06110.1433-0.3816-0.01410.07220.12160.1981-0.136100.2952-0.0603-0.05440.2566-0.00690.35493.0542-0.39877.9565
30.7019-0.15450.05980.4954-0.31411.1681-0.0377-0.00010.04760.14040.06770.0464-0.1963-0.117800.17510.02040.02220.1410.02330.1697.53529.491687.4499
40.0952-0.02990.05270.240.20740.29130.00270.01460.12040.22450.08580.0777-0.3807-0.2146-00.35940.07790.04850.19480.04960.24224.348738.680590.863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 5:111)A5 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 112:138)A112 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 139:368)A139 - 368
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 369:413)A369 - 413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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