PDB-4c6w: Crystal structure of M. tuberculosis C171Q KasA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c6w

タイトル

Crystal structure of M. tuberculosis C171Q KasA

要素

3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1

キーワード

TRANSFERASE / KAS ENZYME / CONDENSING ENZYME / TYPE 2 FATTY ACID BIOSYNTHESIS / MYCOLIC ACID SYNTHESIS / THIOLACTOMYCIN

機能・相同性

Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : / Chem-M7U / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :

機能・相同性情報

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Kapilashrami, K. / Fekete, A. / Bommineni, G.R. / Schaefer, C.M. / Mueller, M.J. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for the Recognition of Mycolic Acid Precursors by Kasa, a Condensing Enzyme and Drug Target from Mycobacterium Tuberculosis
著者: Schiebel, J. / Kapilashrami, K. / Fekete, A. / Bommineni, G.R. / Schaefer, C.M. / Mueller, M.J. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

履歴

登録	2013年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月16日	Group: Database references
改定 1.2	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.3	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c6w.cif.gz	341.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c6w.ent.gz	276.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c6w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/4c6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/4c6w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4c6uC 4c6vC 4c6xC 4c6zC 4c70C 4c71C 4c72C 4c73C 2wggS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wgg-3 6y2j-2 2wgf-4 2wgf-3 2byx-1 2buh-1 2wge-1 5w2q-1 2faf-2 1tqy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1

B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1

ヘテロ分子

93.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.180, 89.050, 183.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1 / BETA-KETOACYL ACP SYNTHASE 分子量: 45845.676 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌) プラスミド: PFPCA1 / 発現宿主: MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) / 株 (発現宿主): MC2155 参照: UniProt: I6Y8T4, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

#1: タンパク質

3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1 / BETA-KETOACYL ACP SYNTHASE

分子量: 45845.676 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌)
プラスミド: PFPCA1 / 発現宿主:

MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) / 株 (発現宿主): MC2155
参照: UniProt: I6Y8T4, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

-
非ポリマー , 6種, 865分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-M7U / (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(10R)-10-methyloctadecanoyl]oxy}propyl phosphate 分子量: 690.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₅O₈P
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 857 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.83 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 40% PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→32.89 Å / Num. obs: 134076 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WGG

2wgg

解像度: 1.7→91.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 3.162 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1703	6736	5 %	RANDOM
R_work	0.14272	-	-	-
obs	0.1441	127117	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.501 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→91.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6060	0	126	857	7043

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	6574
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.824	1.969	8967
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.435	5	913
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.824	23.606	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.002	15	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.305	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.021	5051
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.548	1.5	4240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.314	2	6799
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.929	3	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.098	4.5	2127
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	503	-
R_work	0.282	9306	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8557	-0.0564	-0.0163	0.7413	-0.0982	0.8621	0.0147	-0.1229	-0.096	0.1318	-0.0602	-0.1707	0.0438	0.2488	0.0456	0.0631	-0.0016	-0.0237	0.1175	0.0329	0.063	18.9341	13.9512	39.2072
2	0.4994	-0.4919	0.686	1.4566	-1.0714	3.8	-0.0033	0.0553	-0.0288	-0.1038	-0.1587	-0.2376	0.0763	0.5918	0.1621	0.0707	0.0032	0.0045	0.2167	0.0363	0.1279	27.1286	18.6495	22.8064
3	1.7223	0.2245	0.0996	1.7141	-0.0388	1.0284	0.0184	-0.0088	-0.2289	0.0027	-0.0704	-0.1476	0.1859	0.2532	0.052	0.1063	0.0594	0.0015	0.1232	0.0145	0.1192	19.6503	6.0339	23.4164
4	0.2752	0.2806	-0.0766	1.2327	-0.1974	0.5938	0.0279	-0.0134	-0.0227	-0.0151	-0.039	-0.0658	-0.0064	0.1191	0.0111	0.0631	-0.002	0.0074	0.0981	-0.0101	0.1048	15.6098	22.4634	16.9267
5	0.2565	0.1817	0.1712	0.3753	0.0782	0.8695	0.0213	-0.0675	-0.083	0.0296	-0.04	-0.0296	0.0091	0.04	0.0187	0.0937	0.0046	0.0023	0.0954	0.0038	0.1148	4.0756	13.3938	27.7577
6	0.6238	0.0851	-0.0859	0.4889	-0.0688	0.6746	0.0139	-0.1332	-0.0205	0.1277	-0.0373	-0.0484	-0.0189	0.1388	0.0234	0.0896	-0.0131	-0.0215	0.0981	0.0152	0.0562	13.6153	19.3636	39.8502
7	3.9187	-1.1611	-1.112	2.8216	1.1912	5.1164	-0.0228	-0.0451	-0.3565	0.0035	-0.0281	0.0169	0.5333	0.0466	0.0509	0.1992	0.0141	0.0216	0.0065	0.0287	0.1517	7.9252	-6.2728	30.7149
8	0.5412	-0.0503	-0.0459	0.4455	-0.1093	0.7673	-0.0009	-0.1291	-0.0766	0.1413	-0.0253	0.0144	0.0299	0.0138	0.0263	0.113	-0.0105	0.0011	0.0959	0.0213	0.0639	3.4183	13.7842	45.3562
9	0.7539	0.205	0.1247	0.8571	-0.1593	1.0916	0.0268	-0.1667	-0.0864	0.177	-0.0348	-0.0235	0.0635	0.0676	0.008	0.1325	-0.0041	0.0001	0.0995	0.043	0.0664	7.3077	9.5717	49.2169
10	0.7406	-0.1154	0.1548	0.7002	0.1105	0.7399	-0.0018	0.0662	0.1233	-0.0395	-0.0068	0.0674	-0.1647	-0.1111	0.0086	0.0833	0.0289	-0.0064	0.0652	-0.011	0.0825	-6.4121	32.8966	10.4364
11	0.2748	0.3603	0.3804	0.6357	0.6604	2.7378	-0.0391	-0.0759	0.1342	0.0006	-0.0754	0.0867	-0.3809	-0.2447	0.1146	0.1856	0.0318	-0.0063	0.0883	-0.0511	0.1361	-2.0981	43.4555	25.8633
12	3.5755	1.6263	0	2.0967	-0.0425	1.1833	0.0708	-0.1396	0.2035	0.148	-0.051	0.2526	-0.2628	-0.249	-0.0197	0.1133	0.0531	0.0311	0.1375	-0.0261	0.1118	-12.6422	33.472	26.796
13	1.1862	0.5614	-0.0423	0.4642	-0.0545	0.7439	0.0089	-0.0305	0.0066	0.0962	0.013	-0.0378	-0.1385	0.0026	-0.022	0.1127	-0.0066	0.0122	0.0743	-0.0149	0.1053	3.9372	33.0116	31.5564
14	0.3695	0.4061	-0.3857	0.688	-0.3861	1.7811	0.014	-0.0347	0.0036	0.0053	-0.0207	0.0802	0.0275	0.0097	0.0067	0.0591	0.0116	0.0053	0.0892	-0.0057	0.1081	-3.0772	19.3076	22.4371
15	0.4997	0.133	0.0278	0.5814	0.0177	0.5607	0.0107	0.0538	0.0169	-0.066	-0.0181	0.0048	-0.0982	0.012	0.0074	0.0704	0.0122	-0.0004	0.0843	-0.0015	0.0752	-0.2305	28.6009	9.5279
16	3.5856	-0.8629	-0.3362	2.3598	0.1501	4.0608	0.0156	-0.0466	-0.0039	0.0558	-0.0157	0.343	0.0336	-0.5232	0.0002	0.0044	-0.0187	0.0195	0.1731	-0.022	0.1422	-23.3273	19.1451	21.6404
17	0.6304	-0.1447	0.1514	0.3995	-0.0864	0.6725	0.0157	0.0934	-0.052	-0.0724	-0.0304	0.0362	0.0314	-0.0545	0.0148	0.0736	0.005	-0.0062	0.1027	-0.018	0.0876	-4.5772	16.9646	5.5037
18	0.8636	0.0148	0.3022	0.4701	-0.0982	0.5967	0.0391	0.1035	-0.0689	-0.0956	-0.0261	0.0418	0.0302	-0.0684	-0.013	0.0759	0.0076	-0.0153	0.1163	-0.0256	0.0942	-9.2324	19.5724	1.9678

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	64 - 82
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	83 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	103 - 160
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	161 - 183
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	184 - 251
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	252 - 266
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	267 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	373 - 416
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	4 - 63
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	64 - 82
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	83 - 102
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	103 - 160
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	161 - 183
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	184 - 251
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	252 - 266
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	267 - 372
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	373 - 416

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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