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- PDB-5w0u: Crystal structure of MBP fused activation-induced cytidine deamin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w0u
タイトルCrystal structure of MBP fused activation-induced cytidine deaminase (AID) in complex with dCMP
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
  • Maltose-binding periplasmic protein,Single-stranded DNA cytosine deaminase
キーワードHYDROLASE/DNA / Class switch recombination / Cytidine deaminase / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic diversification of immunoglobulins / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / single-stranded DNA cytosine deaminase / DNA cytosine deamination / : / cytidine to uridine editing / cytidine deaminase activity / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / : / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation ...somatic diversification of immunoglobulins / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / single-stranded DNA cytosine deaminase / DNA cytosine deamination / : / cytidine to uridine editing / cytidine deaminase activity / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / : / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / isotype switching / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / B cell differentiation / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / P-body / mRNA processing / outer membrane-bounded periplasmic space / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to virus / defense response to bacterium / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
APOBEC-like, N-terminal / APOBEC-like N-terminal domain / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. ...APOBEC-like, N-terminal / APOBEC-like N-terminal domain / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Single-stranded DNA cytosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Qiao, Q. / Wang, L. / Wu, H.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: AID Recognizes Structured DNA for Class Switch Recombination.
著者: Qiao, Q. / Wang, L. / Meng, F.L. / Hwang, J.K. / Alt, F.W. / Wu, H.
履歴
登録2017年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Maltose-binding periplasmic protein,Single-stranded DNA cytosine deaminase
D: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*C)-3')
A: Maltose-binding periplasmic protein,Single-stranded DNA cytosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,56311
ポリマ－130,6464
非ポリマー9177
水362
1
B: Maltose-binding periplasmic protein,Single-stranded DNA cytosine deaminase
D: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4907
ポリマ－68,9863
非ポリマー5054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Maltose-binding periplasmic protein,Single-stranded DNA cytosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0734
ポリマ－61,6601
非ポリマー4133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.005, 39.777, 153.935
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.14, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein,Single-stranded DNA cytosine deaminase / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Activation-induced cytidine deaminase / AID / Cytidine ...MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Activation-induced cytidine deaminase / AID / Cytidine aminohydrolase


分子量: 61659.883 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-392,UNP residues 13-181 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, AICDA, AID
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: Q9GZX7, single-stranded DNA cytosine deaminase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 DG

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量: 3687.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*C)-3')


分子量: 3638.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 9分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-DCM / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / dCMP


分子量: 307.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H14N3O7P
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.26 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M MES at pH 6.2, 3%PEG3350, 10 mM CaCl2, 20mM dCMP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→153.935 Å / Num. obs: 36653 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.94→3.07 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 3868 / CC1/2: 0.974 / Rpim(I) all: 0.313 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W0R

5w0r


解像度: 2.9→153.935 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2814 1345 3.93 %
Rwork0.2509 --
obs0.2521 34208 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→153.935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8595 483 50 2 9130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069410
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73912864
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.0213442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041576
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-3.00370.43861320.3793212334498
3.0037-3.1240.39831330.36443246337999
3.124-3.26610.42281340.36633239337398
3.2661-3.43840.37711360.34193219335599
3.4384-3.65380.35121320.29493271340399
3.6538-3.93590.2981350.27133294342999
3.9359-4.3320.29741330.2373262339598
4.332-4.95890.23561360.20953339347599
4.9589-6.24780.26891370.22833321345899
6.2478-154.15180.19621370.20213460359798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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