PDB-5vt8: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC24-25

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vt8

タイトル

Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC24-25

要素

Cadherin-23

キーワード

CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / ADHESION / CALCIUM-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / kinocilium / photoreceptor ribbon synapse / inner ear auditory receptor cell differentiation / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / stereocilium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Jaiganesh, A. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)	DC012534	米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)	DC015271	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Zooming in on Cadherin-23: Structural Diversity and Potential Mechanisms of Inherited Deafness.
著者: Jaiganesh, A. / De-la-Torre, P. / Patel, A.A. / Termine, D.J. / Velez-Cortes, F. / Chen, C. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2017年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2022年3月16日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vt8.cif.gz	335.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vt8.ent.gz	273.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vt8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vt8_validation.pdf.gz	447 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vt8_full_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示
XML形式データ	5vt8_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	5vt8_validation.cif.gz	42.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/5vt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/5vt8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i8dC 5tfkC 5tflC 5tfmC 5uluC 5un2C 5uz8SC 5vh2C 5vvmC 5w4tC 5wj8C 5wjmC 2ee0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vh2-4 5tpk-d 5vh2-2 4oy9-d 2c5j-d 2mqt-d 5czr-4 5vh2-3 5tfl-1 2gbo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

B: Cadherin-23

A: Cadherin-23

C: Cadherin-23

D: Cadherin-23

ヘテロ分子

99.6 kDa, 4 ポリマー
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1

B: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24.9 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.9 kDa, 1 ポリマー
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5

D: Cadherin-23

ヘテロ分子

B: Cadherin-23

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 2 ポリマー
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6

A: Cadherin-23

ヘテロ分子

C: Cadherin-23

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	27.613, 99.387, 157.425
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
1	2	B
2	2	C
1	3	B
2	3	D
1	4	A
2	4	C
1	5	A
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	B	A	2481 - 2692	2 - 213
2	1	ILE	ILE	A	B	2481 - 2692	2 - 213
1	2	ILE	ILE	B	A	2481 - 2692	2 - 213
2	2	ILE	ILE	C	C	2481 - 2692	2 - 213
1	3	ALA	ALA	B	A	2481 - 2688	2 - 209
2	3	ALA	ALA	D	D	2481 - 2688	2 - 209
1	4	ILE	ILE	A	B	2481 - 2692	2 - 213
2	4	ILE	ILE	C	C	2481 - 2692	2 - 213
1	5	ALA	ALA	A	B	2481 - 2688	2 - 209
2	5	ALA	ALA	D	D	2481 - 2688	2 - 209
1	6	ALA	ALA	C	C	2481 - 2688	2 - 209
2	6	ALA	ALA	D	D	2481 - 2688	2 - 209

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Cadherin-23 / Otocadherin 分子量: 24819.582 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 2504-2715 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh23 / プラスミド: pET-21a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIPL / 参照: UniProt: Q99PF4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: 0.1 M TRIS pH 7.9 10% PEG 8000 / PH範囲: 7.9-8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.499
1	1	-h,-k,l	2	0.501

反射

解像度: 2.92→50 Å / Num. obs: 18772 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.097 / R_rim(I) all: 0.145 / Χ²: 1.019 / Net I/σ(I): 6.37

反射シェル

解像度: 2.92→2.97 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 854 / CC_1/2: 0.769 / R_pim(I) all: 0.377 / R_rim(I) all: 0.568 / Χ²: 0.99 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UZ8, 2EE0

5uz8

2ee0

解像度: 2.92→47.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 23.62 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.088 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22142	867	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20849	-	-	-
obs	0.20915	16819	93.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.839 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	35.38 Å²	0 Å²	0.23 Å²
2-	-	-20.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-15.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.92→47.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6432	0	9	0	6441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	6567
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5903
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.438	1.971	8961
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.26	3	13758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.361	5	812
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.862	25.144	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.681	15	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.515	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	7294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.525	0.482	3275
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.524	0.482	3274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.779	0.722	4078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.779	0.722	4079
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.486	0.488	3292
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.485	0.489	3293
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.704	0.728	4884
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	1.127	9.271	26203
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.127	9.27	26200
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	B	12338	0.13
1	2	A	12338	0.13
2	1	B	11396	0.18
2	2	C	11396	0.18
3	1	B	10844	0.17
3	2	D	10844	0.17
4	1	A	11372	0.18
4	2	C	11372	0.18
5	1	A	10786	0.16
5	2	D	10786	0.16
6	1	C	10758	0.16
6	2	D	10758	0.16

LS精密化シェル

解像度: 2.905→2.981 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.398	49	-
R_work	0.245	1159	-
obs	-	-	85.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8402	0.2184	-0.7526	5.6309	-4.1345	3.2401	0.2427	-0.1068	-0.1853	1.579	0.1297	0.6198	-1.2698	-0.0969	-0.3725	0.776	0.0395	0.1136	0.2917	-0.0708	0.3159	-1.749	6.397	40.758
2	0.2509	0.1747	0.2982	6.6006	-2.806	2.4416	-0.2211	0.097	0.0859	0.2836	0.0305	-0.5064	-0.2291	-0.0061	0.1905	0.3785	-0.0636	-0.078	0.3074	0.0222	0.3648	9.306	42.595	9.048
3	2.8008	-0.7516	2.3292	3.3679	-3.9955	5.5712	0.2525	0.0416	0.0752	-1.1281	0.2089	0.503	1.2194	-0.2765	-0.4614	0.767	0.0536	-0.1454	0.266	-0.0344	0.3611	-1.921	41.105	37.713
4	1.0238	-1.1502	0.6428	6.1132	-2.9022	2.8251	-0.158	-0.0411	-0.1024	-0.3175	-0.2144	-0.582	0.2219	0.3219	0.3724	0.2938	0.0144	0.0064	0.276	0.0273	0.3235	9.445	4.813	69.681
5	1.8445	-0.0192	-0.2978	3.3913	-1.0147	1.1411	0.1477	-0.25	0.0465	0.5824	0.0231	0.1587	-0.2322	0.0923	-0.1707	0.4461	-0.0536	0.0072	0.3387	-0.0606	0.3426	24.738	28.965	70.374
6	0.7616	-1.6903	-0.2762	6.1318	-0.8442	1.8199	0.0512	0.2139	0.2301	-0.0648	0.2965	0.8394	-0.315	-0.6213	-0.3477	0.1472	-0.0449	-0.0903	0.5037	0.3541	1.2703	8.749	62.557	36.953
7	1.6029	-0.4343	0.5757	4.2313	-1.2441	1.0115	0.1106	0.1405	0.0289	-0.0417	0.0717	0.292	-0.0682	-0.0315	-0.1823	0.3476	-0.0052	0.0123	0.2304	-0.0009	0.2861	24.894	17.953	9.145
8	0.8803	-0.1565	0.1582	2.8084	-2.2863	2.0507	-0.0572	-0.4765	-1.2291	0.1155	0.2708	0.3594	-0.31	-0.3471	-0.2136	0.3178	0.0412	-0.0023	0.5659	0.5142	1.835	9.536	-13.382	40.758

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	2481 - 2582
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	2801
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2583 - 2692
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2802
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	2481 - 2582
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	2801
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	2583 - 2692
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	2802
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2481 - 2582
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2801
11	X-RAY DIFFRACTION	6	C	2583 - 2692
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	2802
13	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2481 - 2582
14	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2801
15	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2803
16	X-RAY DIFFRACTION	8	D	2583 - 2688
17	X-RAY DIFFRACTION	8	D	2802

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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