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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5voc | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 8I21 - Low resolution dataset for initial phasing by SAD | |||||||||
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![]() | Viral Protein/Immune System / HCMV / neutralizing epitope / immunogen / viral entry / Pentamer / vaccine / IMMUNE SYSTEM / Viral Protein-Immune System complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / host cell endosome membrane / HCMV Late Events / complement activation, classical pathway / antigen binding / HCMV Early Events / antibacterial humoral response / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / host cell endosome membrane / HCMV Late Events / complement activation, classical pathway / antigen binding / HCMV Early Events / antibacterial humoral response / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / blood microparticle / symbiont entry into host cell / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Malito, E. / Chandramouli, S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for potent antibody-mediated neutralization of human cytomegalovirus. 著者: Chandramouli, S. / Malito, E. / Nguyen, T. / Luisi, K. / Donnarumma, D. / Xing, Y. / Norais, N. / Yu, D. / Carfi, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 358.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 285.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 860.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 928.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 62.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Envelope glycoprotein ... , 5種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 82415.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Merlin / 遺伝子: gH, UL75 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 30846.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 5508 / 遺伝子: gL, UL115 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 19777.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: AD169 / 遺伝子: UL128 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 28664.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Merlin / 遺伝子: UL130 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 15011.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Merlin / 遺伝子: UL131A / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: ![]() |
-抗体 , 2種, 2分子 HL
#6: 抗体 | 分子量: 30873.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#7: 抗体 | 分子量: 25714.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-糖 , 2種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#8: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#9: 糖 | ChemComp-NAG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 10% (wt/vol) PEG400 10% isopropanol 2% (wt/vol) benzamidine 0.1M Tris pH 8.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.99→35.06 Å / Num. obs: 30299 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 113.69 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 3.99→4.1 Å / 冗長度: 15.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 65700 / CC1/2: 0.898 / Rsym value: 1.066 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 121.02 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.68 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.99→35.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.99→4.13 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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