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- PDB-1p84: HDBT inhibited Yeast Cytochrome bc1 Complex -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 1p84
タイトルHDBT inhibited Yeast Cytochrome bc1 Complex
要素
  • (Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ...) x 6
  • Cytochrome c1, heme protein
  • Heavy Chain (Vh) Of Fv-Fragment
  • Light Chain (Vl) Of Fv-Fragment
  • Ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit
  • cytochrome b
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome bc1 complex / complex III / ubiquinol / cytochrome c oxidoreductase / hydroxyquinone / HHDBT / Qo site / phospholipid / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / : / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase ...Complex III assembly / : / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / proton transmembrane transport / nuclear periphery / aerobic respiration / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 ...Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / CARDIOLIPIN / 5-HEPTYL-6-HYDROXY-1,3-BENZOTHIAZOLE-4,7-DIONE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Chem-UQ6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / CARDIOLIPIN / 5-HEPTYL-6-HYDROXY-1,3-BENZOTHIAZOLE-4,7-DIONE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Chem-UQ6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / Positional, B-factor refinement / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Palsdottir, H. / Lojero, C.G. / Trumpower, B.L. / Hunte, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structure of the yeast cytochrome bc1 complex with a hydroxyquinone anion Qo site inhibitor bound
著者: Palsdottir, H. / Lojero, C.G. / Trumpower, B.L. / Hunte, C.
履歴
登録2003年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 2.02021年3月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I
B: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2
C: cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein
E: Ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit
F: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 17 kDa protein
G: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein
H: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
I: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.3 kDa protein
J: Heavy Chain (Vh) Of Fv-Fragment
K: Light Chain (Vl) Of Fv-Fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,73624
ポリマ－244,17611
非ポリマー8,56013
水5,873326
1
A: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I
B: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2
C: cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein
E: Ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit
F: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 17 kDa protein
G: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein
H: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
I: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.3 kDa protein
ヘテロ分子

A: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I
B: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2
C: cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein
E: Ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit
F: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 17 kDa protein
G: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein
H: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
I: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.3 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)452,88844
ポリマ－435,76718
非ポリマー17,12126
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area105220 Å2
ΔGint-860 kcal/mol
Surface area154400 Å2
手法PISA
2
J: Heavy Chain (Vh) Of Fv-Fragment
K: Light Chain (Vl) Of Fv-Fragment


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 26.3 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2922
ポリマ－26,2922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)214.998, 165.091, 147.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ... , 6種, 6分子 ABFGHI

#1: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I


分子量: 47445.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P07256, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2


分子量: 38751.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P07257, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 17 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Complex III polypeptide VI


分子量: 8854.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P00127, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein


分子量: 14355.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P00128, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C


分子量: 10856.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P08525, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.3 kDa protein


分子量: 6301.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P22289, quinol-cytochrome-c reductase

-
タンパク質 , 3種, 3分子 CDE

#3: タンパク質 cytochrome b


分子量: 43674.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P00163, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein


分子量: 27521.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P07143, quinol-cytochrome-c reductase
#5: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP


分子量: 20122.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P08067, quinol-cytochrome-c reductase

-
抗体 , 2種, 2分子 JK

#10: 抗体 Heavy Chain (Vh) Of Fv-Fragment


分子量: 14365.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pASK68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83
#11: 抗体 Light Chain (Vl) Of Fv-Fragment


分子量: 11926.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pASK68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83

-
非ポリマー , 10種, 339分子

#12: 化合物 ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 704.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#13: 化合物 ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE


分子量: 496.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#14: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#15: 化合物 ChemComp-DBT / 5-HEPTYL-6-HYDROXY-1,3-BENZOTHIAZOLE-4,7-DIONE


分子量: 279.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H17NO3S
#16: 化合物 ChemComp-UQ6 / 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL


分子量: 592.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H60O4
#17: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#18: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#21: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mg/mlprotein1drop
25 %PEG40001reservoirpH7.5
30.05 %n-undecyl-beta-D-maltopyranoside1reservoir
410000 nMHHDBT1reservoirpH8.0
5Tris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.93
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 149103 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 50.3 Å2 / Limit h max: 76 / Limit h min: -86 / Limit k max: 66 / Limit k min: -86 / Limit l max: 59 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 315600.93 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 9128 / % possible all: 84.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 372220
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.6 % / Num. unique obs: 9128 / Num. measured obs: 19194 / Rmerge(I) obs: 0.373

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: Positional, B-factor refinement
開始モデル: pdb entry 1KB9, protein only

1kb9


解像度: 2.5→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 3677 2.5 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs-145617 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 31.4444 Å2 / ksol: 0.245901 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 173.4 Å2 / Biso mean: 71.95 Å2 / Biso min: 19.77 Å2
Refine analyzeLuzzati d res high obs: 2.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17235 0 508 326 18069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg1.21
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5-2.520.411672.20.4125080.053110257582.8
2.52-2.530.41812.60.4125640.0463141264584.2
2.53-2.550.404601.90.40326370.0523217269783.8
2.55-2.570.386571.80.38626360.0513188269384.5
2.57-2.590.383501.60.38326300.0543170268084.5
2.59-2.610.36682.20.36126620.0443161273086.3
2.61-2.630.353682.10.35326690.0433182273786
2.63-2.650.37832.60.37126420.0413179272585.7
2.65-2.670.358782.40.35927030.0413201278186.9
2.67-2.690.346320.3426410.0433110270486.9
2.69-2.720.336672.10.33727540.0413235282187.2
2.72-2.740.324712.30.32526820.0383140275387.6
2.74-2.760.317822.60.31927550.0353201283788.6
2.76-2.790.311702.20.31227250.0373145279588.9
2.79-2.820.313702.20.31427960.0373161286690.7
2.82-2.840.3722.30.30127800.0353169285290
2.84-2.870.297792.50.29827540.0333152283389.9
2.87-2.90.284732.30.28628000.0333180287390.3
2.9-2.930.29581.90.29227950.0383116285391.5
2.93-2.960.286420.28128940.0353211295892.1
2.96-30.27722.30.27128450.0323142291792.8
3-3.030.278792.50.27928740.0313190295392.6
3.03-3.070.267872.70.26828500.0293178293792.4
3.07-3.110.251732.30.25328460.0293114291993.7
3.11-3.150.255692.20.25629230.0313198299293.5
3.15-3.190.253712.30.25428420.033111291393.6
3.19-3.240.2536420.25429230.0323161298794.5
3.24-3.290.243802.50.24329320.0273174301294.9
3.29-3.340.228682.20.22829120.0283159298094.3
3.34-3.390.2266420.22629450.0283156300995.3
3.39-3.450.225782.50.22429270.0253153300595.3
3.45-3.510.224792.50.22329530.0253178303295.4
3.51-3.580.223832.60.22329370.0253154302095.8
3.58-3.650.21822.60.2129520.0233166303495.8
3.65-3.730.203782.50.20229100.0233127298895.6
3.73-3.820.202862.70.20129510.0223160303796.1
3.82-3.910.198862.70.19729560.0213165304296.1
3.91-4.020.192652.10.19129920.0243164305796.6
4.02-4.140.191983.10.1929290.0193135302796.5
4.14-4.270.195792.50.19429820.0223162306196.8
4.27-4.420.197742.30.19629920.0233162306697
4.42-4.60.185832.60.18329610.023165304496.2
4.6-4.80.186712.20.18529620.0223167303395.8
4.8-5.060.204732.30.20429840.0243161305796.7
5.06-5.370.199862.70.229630.0213157304996.6
5.37-5.780.2126420.21429930.0263157305796.8
5.78-6.350.206772.40.20830440.0243202312197.5
6.35-7.250.203842.60.20529800.0223171306496.6
7.25-9.060.162752.30.16129550.0193193303094.9
9.06-24.580.203682.10.20126980.0253234276685.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.1.paramwater_mod.1.top
X-RAY DIFFRACTION3070303parhcsdx_iub.+lip_trun.bc1070303tophcsdx_iub.+lip_trun.bc1
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.298
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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