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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vh2 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC12-13 with Engineered Mutation S1339D | |||||||||
![]() | Cadherin-23 | |||||||||
![]() | CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / ADHESION / CALCIUM-BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cochlear hair cell ribbon synapse / kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / stereocilium ...cochlear hair cell ribbon synapse / kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / stereocilium / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / photoreceptor cell maintenance / catenin complex / auditory receptor cell stereocilium organization / inner ear morphogenesis / cochlea development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / regulation of cytosolic calcium ion concentration / photoreceptor inner segment / locomotory behavior / sensory perception of sound / calcium ion transport / apical part of cell / cell adhesion / cadherin binding / centrosome / synapse / calcium ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Termine, D.J. / Jaiganesh, A. / Sotomayor, M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Zooming in on Cadherin-23: Structural Diversity and Potential Mechanisms of Inherited Deafness. 著者: Jaiganesh, A. / De-la-Torre, P. / Patel, A.A. / Termine, D.J. / Velez-Cortes, F. / Chen, C. / Sotomayor, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 323.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 264 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5i8dC ![]() 5tfkSC ![]() 5tflC ![]() 5tfmC ![]() 5uluC ![]() 5un2C ![]() 5uz8C ![]() 5vt8C ![]() 5vvmC ![]() 5w4tC ![]() 5wj8C ![]() 5wjmC ![]() 2whvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24263.949 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1202-1412 / 変異: S1339D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-NA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.05 M Tris pH 8.5 0.5 M NaCl 22% PEG 4000 / PH範囲: 8.1-8.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月14日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.84→50 Å / Num. obs: 19387 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 4.3269 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.84→2.89 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 89.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2WHV, 5TFK 解像度: 2.84→33.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.831 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.779 / SU B: 28.631 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.104 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.84→33.99 Å
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拘束条件 |
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