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- PDB-5vd3: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN (de-phosphorylated)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vd3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN (de-phosphorylated) IN COMPLEX WITH SARACATINIB
要素Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE DOMAIN / CELL CYCLE / TYROSINE- AND THREONINE-SPECIFIC KINASE / MEMBRANE-ASSOCIATED PROTEIN KINASE / TRANSFERASE / INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Polo-like kinase mediated events / regulation of mitotic nuclear division / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity ...negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Polo-like kinase mediated events / regulation of mitotic nuclear division / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity / mitotic cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine/threonine-protein kinase, Cdc2 inhibitor / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H8H / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)UO1 HD076542 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Wee Kinases Functionality and Inactivation by Diverse Small Molecule Inhibitors.
著者: Zhu, J.Y. / Cuellar, R.A. / Berndt, N. / Lee, H.E. / Olesen, S.H. / Martin, M.P. / Jensen, J.T. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2017年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2705
ポリマ－34,4981
非ポリマー7724
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.040, 54.060, 114.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase / Myt1 kinase


分子量: 34498.133 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKMYT1, MYT1 / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL
参照: UniProt: Q99640, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-H8H / N-(5-CHLORO-1,3-BENZODIOXOL-4-YL)-7-[2-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)ETHOXY]-5-(TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YLOXY)QUINAZOLIN-4-AMINE / SARACATINIB / サラカチニブ


分子量: 542.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H32ClN5O5 / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 14 MG/ML MYT1, 50 mM HEPES PH 7.5, 0.5 mM DTT, 0.05 M POTASSIUM CHLORIDE, 17.5 (V/V) % pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 1.5 mM SARACATINIB

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月17日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→31.108 Å / Num. obs: 27545 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.605 % / Biso Wilson estimate: 18.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 17.23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.853.6320.3214.4119960.9460.37699.8
1.85-1.93.650.2695.1719690.9610.31699.9
1.9-1.953.6470.2276.0919030.9670.267100
1.95-2.013.6590.187.5818600.9790.21199.8
2.01-2.083.6430.1389.3618050.9890.16299.8
2.08-2.153.6490.11910.917430.990.13999.5
2.15-2.233.6540.09912.5716820.9920.11699.7
2.23-2.323.6140.08414.1616250.9940.099100
2.32-2.433.6230.07315.6615690.9950.08799.7
2.43-2.553.6420.06218.2514900.9960.07399.7
2.55-2.683.6120.05420.3314150.9970.06499.1
2.68-2.853.6180.04922.2813580.9970.05899.6
2.85-3.043.5960.0425.4812600.9980.04898.8
3.04-3.293.6010.03430.1111940.9980.0498.8
3.29-3.63.5490.03133.111000.9980.03798.7
3.6-4.023.4770.02936.089840.9980.03598.8
4.02-4.653.4720.02738.378840.9990.03298.4
4.65-5.693.4940.02737.987630.9990.03198.3
5.69-8.053.3990.02637.55990.9990.03197.2
8.05-31.1083.1680.02739.893460.9990.03293.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
XSCALEデータスケーリング
SERGUIデータ収集
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VCV

5vcv


解像度: 1.8→31.108 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2041 1212 4.4 %
Rwork0.1664 --
obs0.1667 27544 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2277 0 53 166 2496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032385
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.873220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8611422
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7999-1.87190.28081330.18992905X-RAY DIFFRACTION100
1.8719-1.95710.21371320.18522864X-RAY DIFFRACTION100
1.9571-2.06030.21891330.16512890X-RAY DIFFRACTION100
2.0603-2.18930.19651330.15792892X-RAY DIFFRACTION100
2.1893-2.35830.19951350.16172935X-RAY DIFFRACTION100
2.3583-2.59550.21941340.17132911X-RAY DIFFRACTION100
2.5955-2.97090.24741350.18052933X-RAY DIFFRACTION99
2.9709-3.7420.1891360.16632941X-RAY DIFFRACTION99
3.742-31.11280.17811410.15543061X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95690.0616-0.10860.4582-0.19961.0867-0.0308-0.0976-0.11840.00230.01840.05430.1734-0.02180.02590.15920.0013-0.00550.2592-0.0120.1706-23.1394-1.361610.4531
21.0610.1964-0.14751.7909-0.19191.4622-0.0050.0924-0.0069-0.02520.01630.05880.0997-0.0643-0.01880.1162-0.0094-0.00410.2797-0.04510.1316-24.59763.0444-15.0573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -11 through 206 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 207 through 360 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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