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- PDB-3ckm: LpoA (YraM) C-domain from Haemophilus influenzae, a regulator of PBP1A -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ckm | |||||||||
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Title | LpoA (YraM) C-domain from Haemophilus influenzae, a regulator of PBP1A | |||||||||
![]() | YRAM (HI1655) | |||||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / YraM / periplasmic-binding protein / lipoprotein / unliganded / PBP1A / TRANSPEPTIDASE / PEPTIDOGLYCAN | |||||||||
Function / homology | ![]() periplasmic side of cell outer membrane / enzyme regulator activity / peptidoglycan biosynthetic process / regulation of cell shape Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Vijayalakshmi, J. / Saper, M.A. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structure of YraM, a protein essential for growth of Haemophilus influenzae. Authors: Vijayalakshmi, J. / Akerley, B.J. / Saper, M.A. #1: ![]() Title: Structural analyses of the Haemophilus influenzae peptidoglycan synthase activator LpoA suggest multiple conformations in solution. Authors: Sathiyamoorthy, K. / Vijayalakshmi, J. / Tirupati, B. / Fan, L. / Saper, M.A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 148.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 122.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 450.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 453.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 26.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 36225.055 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: C-terminal domain, UNP residues 256-573 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#3: Chemical | ChemComp-BME / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Compound details | THE CHEMICAL IDENTITY OF BME A 583 IS UNKNOWN BUT MODELED AS BETA-MERCAPTOET |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.49 % Description: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 1.0M Li sulfate monohydrate, 2% W/V PEG 8000 and 0.05% BME, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 165 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Oct 28, 2004 / Details: Si(111)Monochromator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 5.58 % / Av σ(I) over netI: 10.8 / Number: 596801 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.51 / D res high: 1.09 Å / D res low: 47.1 Å / Num. obs: 106384 / % possible obs: 76.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell | ID: 1
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Reflection | Resolution: 1.35→47.1 Å / Num. all: 144362 / Num. obs: 143557 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.14 % / Biso Wilson estimate: 14.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 12.2 / Scaling rejects: 3409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FRIEDEL PAIRS WERE AVERAGED FOR REFINEMENT. RESIDUES 346-359, 428 (SIDE CHAIN), 429, 430 HAVE NO INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY. ...Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FRIEDEL PAIRS WERE AVERAGED FOR REFINEMENT. RESIDUES 346-359, 428 (SIDE CHAIN), 429, 430 HAVE NO INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY. COORDINATES REPRESENT A HYPOTHETICAL MODEL.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.197 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.35→38.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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