[日本語] English
万見
- PDB-5vbo: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPL... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vbo
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPLEX WITH LRRK2-IN-1
要素Bromodomain-containing protein 4
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / BROMODOMAIN / CAP / HUNK1 / MCAP / PROTEIN BINDING-INHIBITOR COMPLEX / MITOTIC CHROMOSOME ASSOCIATED PROTEIN / INHIBITOR / TRANSCRIPTION-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K8ac reader activity / RNA polymerase II C-terminal domain binding / histone H3K27ac reader activity / P-TEFb complex binding / histone H3K9ac reader activity / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H4K12ac reader activity / host-mediated suppression of viral transcription ...histone H4K8ac reader activity / RNA polymerase II C-terminal domain binding / histone H3K27ac reader activity / P-TEFb complex binding / histone H3K9ac reader activity / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H4K12ac reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / histone H4K16ac reader activity / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / histone binding / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4K4 / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者ZHU, J.-Y. / SCHONBRUNN, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)HD076542-01S1 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Differential BET Bromodomain Inhibition by Dihydropteridinone and Pyrimidodiazepinone Kinase Inhibitors.
著者: Karim, R.M. / Bikowitz, M.J. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Grassie, D. / Becker, A. / Berndt, N. / Gunawan, S. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2017年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0519
ポリマ－15,0991
非ポリマー9528
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.810, 50.900, 57.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 44-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-4K4 / 2-[(2-methoxy-4-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidin-1-yl]carbonyl}phenyl)amino]-5,11-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one


分子量: 570.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H38N8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12.5 MG/ML BRD4, 55MM HEPES PH 7.5, 15% Jeffamine ED-2001 pH 7.0, 10% DMSO, 1 MM LRRK2-IN-1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月17日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→30.862 Å / Num. obs: 28353 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.913 % / Biso Wilson estimate: 11.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rrim(I) all: 0.036 / Χ2: 1.017 / Net I/σ(I): 33.16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.3-1.334.120.2316.4218740.950.26388.7
1.33-1.377.0690.2069.6620150.9820.22298.4
1.37-1.417.2540.1612.1819440.990.17298.1
1.41-1.457.2660.14114.0119110.990.15297.9
1.45-1.57.2810.10418.1118320.9950.11298.2
1.5-1.557.2680.08821.1917910.9960.09498.5
1.55-1.617.2390.0712517460.9980.07799.3
1.61-1.687.2460.0629.7516830.9980.06499.3
1.68-1.757.2360.05232.8816230.9990.05699
1.75-1.847.2110.04438.2115520.9990.04899.2
1.84-1.947.2080.03843.8714730.9990.04199.1
1.94-2.067.1420.03449.4214100.9990.03699.4
2.06-2.27.0840.03153.8113150.9990.03399.5
2.2-2.376.9830.02856.6512460.9990.0399.8
2.37-2.66.9890.02759.3311530.9990.0399.7
2.6-2.916.9620.02661.2810440.9990.02899.5
2.91-3.366.8340.02562.769310.9990.02799.9
3.36-4.116.7190.02564.398000.9980.027100
4.11-5.816.3970.02763.786380.9980.02999.7
5.81-30.8625.6050.03159.223720.9980.03498.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
SERGUIデータ収集
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O74

4o74


解像度: 1.3→30.862 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1635 1220 4.3 %
Rwork0.1487 --
obs-28352 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.28 Å2 / Biso mean: 19.6424 Å2 / Biso min: 6.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→30.862 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1043 0 132 128 1303
Biso mean--26.15 25.73 -
残基数----125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3491584
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069160
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.557457
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3001-1.35210.19821250.18222769289492
1.3521-1.41370.18161330.16862966309998
1.4137-1.48820.17351340.16292978311298
1.4882-1.58140.18451340.1562981311599
1.5814-1.70350.19551350.14783017315299
1.7035-1.87490.18291370.15093031316899
1.8749-2.14620.15061370.140130643201100
2.1462-2.70370.15471390.139430873226100
2.7037-30.87090.15231460.148132393385100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5841-3.65734.4613.1366-3.51134.36160.26310.1809-0.18180.0027-0.0621-0.03570.15340.3051-0.14740.11930.00840.0060.1192-0.00080.14620.0573-11.59787.0028
28.46771.8478-1.41636.4071-1.42478.3517-0.0013-0.0549-0.1119-0.1405-0.0297-0.48150.05090.4620.0420.0983-0.004-0.02950.09390.00750.0803-14.9107-4.7432-5.497
34.2331-0.43024.41230.530.30075.9036-0.14-0.19690.22050.049-0.07780.0264-0.1644-0.24320.24250.0938-0.01220.00650.0992-0.04270.1244-17.2461-2.056414.4719
42.6876-0.0606-0.18884.57691.35561.5133-0.0309-0.1952-0.05720.20760.0809-0.26370.11210.1815-0.03160.0849-0.0033-0.00250.1060.01680.0632-1.1344-15.27815.929
51.6313-1.26371.8042.0368-2.55294.3810.0217-0.04880.0162-0.001-0.0160.00330.0487-0.1136-0.040.05280.00190.01440.0536-0.00940.0666-13.7359-10.32038.3812
67.88566.1128-2.31756.2859-3.02457.6208-0.111-0.9515-0.24930.9088-0.25690.08960.48330.34150.21730.24090.00190.03340.18280.04140.1106-9.338-19.919427.7718
77.41-2.88772.74964.6708-2.8454.2227-0.0465-0.2206-0.06020.15640.17990.30950.0168-0.3431-0.11990.1046-0.03540.04820.1129-0.03020.1152-21.5339-9.872619.0484
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 42 through 51 )A42 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 60 )A52 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 83 )A61 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 106 )A84 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 107 through 139 )A107 - 139
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 140 through 144 )A140 - 144
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 145 through 166 )A145 - 166

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る