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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vbj | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Sulfur as a bromine biomolecular halogen-bond acceptor | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / Biophysics / Bromine / Sulfur / Halogen Bonding / Models / Molecular / Molecular Conformation / Uracil | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.944 Å | データ登録者 | Ford, M.C. / Ho, P.S. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: J Phys Chem Lett / 年: 2017 | タイトル: Sulfur as an Acceptor to Bromine in Biomolecular Halogen Bonds. 著者: Ford, M.C. / Saxton, M. / Ho, P.S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vbj.cif.gz | 23.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vbj.ent.gz | 14.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vbj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vbj_validation.pdf.gz | 389.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vbj_full_validation.pdf.gz | 393.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5vbj_validation.xml.gz | 3.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vbj_validation.cif.gz | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/5vbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/5vbj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3125.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-CA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25 mM sodium cacodylate, 15 mM calcium chloride, 1.0 mM spermine, and 0.75 mM DNA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 3562 / % possible obs: 85.93 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 12.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.944→34.982 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.42 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.944→34.982 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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