PDB-467d: The structure of a decamer forming a four-way junction

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 467d

タイトル

The structure of a decamer forming a four-way junction

要素

DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3')

キーワード

DNA / G:A MISMATCHES / FOUR-WAY-JUNCTION

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

多波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Ortiz-Lombardia, M. / Coll, M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of a DNA Holliday junction
著者: Ortiz-Lombardia, M. / Gonzalez, A. / Eritja, R. / Aymami, J. / Azorin, F. / Coll, M.

履歴

登録	1999年4月22日	登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.0	2000年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	467d.cif.gz	18.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb467d.ent.gz	12.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	467d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	467d_validation.pdf.gz	379 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	467d_full_validation.pdf.gz	381.5 KB	表示
XML形式データ	467d_validation.xml.gz	3.3 KB	表示
CIF形式データ	467d_validation.cif.gz	4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/67/467d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/67/467d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3gnk-d 2org-1 3pbx-1 2orf-1 3goo-1 3tok-d 1zf2-1 4gsi-d 3t8p-1 3goj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3')

6.14 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3')

A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3')

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.200, 23.740, 38.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.43, 90.00
Int Tables number	5
Cell setting	monoclinic
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-101- HOH

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPCPGPGPGPAPCPCPGPG)-3') 分子量: 3071.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 6.7% MPD, 0.2M MGCL2, 1.0MM DNA DECAMER AGAINST 45% MPD IN DEPOSIT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	MPD	1	1
2	MGCL2	1	1
3	MPD	1	2

結晶

*PLUS

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	1 mM	DNA	1	drop
2	10 %	MPD	1	drop
3	0.2 M		1	drop	MgCl2
4	45 %	MPD	1	reservoir		0.5ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月15日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→19.39 Å / Num. all: 2786 / Num. obs: 2786 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.16→2.23 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.137 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 75.5
反射	*PLUS
反射シェル	PLUS % possible obs*: 75.5 %

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CCP4	モデル構築
AMoRE	位相決定
REFMAC	精密化
CCP4	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 2.16→19.39 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.288	260	10 %	RANDOM
R_work	0.24	-	-	-
all	0.257	2526	-	-
obs	0.257	2526	92 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→19.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	408	0	30	438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.008	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.027	0.04
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor

ソフトウェア

*PLUS

名称: REFMAC / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): -3 / % reflection R_free: 10 % / R_factor R_work: 0.24

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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