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- PDB-3pbx: Strontium bound to the sequence d(CCGGCGCCGG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pbx
タイトルStrontium bound to the sequence d(CCGGCGCCGG)
要素DNA
キーワードDNA / Holliday junction (higher order DNA structure) / Intermediate formed in Homologous recombination
機能・相同性STRONTIUM ION / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.879 Å
データ登録者Naseer, A. / Cardin, C.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Strontium bound to the sequence d(CCGGCGCCGG)
著者: Naseer, A. / Cardin, C.J.
履歴
登録2010年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / software
Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA
B: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2054
ポリマ－6,0942
非ポリマー1112
水1,02757
1
A: DNA
B: DNA
ヘテロ分子

A: DNA
B: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4098
ポリマ－12,1884
非ポリマー2214
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3610 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area6630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.890, 25.001, 37.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-36-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA


分子量: 3046.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#2: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: SrCl2, MPD, NaCacodylate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: OXFORD SAPPHIRE CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月10日 / 詳細: multi-graded optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.879→14.866 Å / Num. all: 4705 / Num. obs: 3706 / % possible obs: 78.55 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 27.446 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル解像度: 1.879→1.927 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrysalisProRedデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
CrysalisProRedデータ削減
CrysalisProRedデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GOJ

3goj


解像度: 1.879→14.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 5.747 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32701 175 4.7 %RANDOM
Rwork0.2508 ---
obs0.2544 3531 78.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.446 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.38 Å20 Å20.31 Å2
2--3.36 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.879→14.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 2 57 463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.021452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.6663694
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2590.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3440.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3890.236
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1720.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1060.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4340.225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0073546
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0164.5694
LS精密化 シェル解像度: 1.879→1.927 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.454 2 -
Rwork0.477 25 -
obs--7.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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