[日本語] English
万見
- PDB-2gwa: Crystal Structure of a Complex Formed Between the DNA Holliday Ju... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gwa
タイトルCrystal Structure of a Complex Formed Between the DNA Holliday Junction and a Bis-Acridine Molecule.
要素5'-D(*Tp*Cp*Gp*Gp*Tp*Ap*Cp*Cp*Gp*A)-3'
キーワードDNA / DNA HOLLIDAY JUNCTION BIS-ACRIDINE
機能・相同性Chem-A4C / SPERMINE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Brogden, A.L. / Hopcroft, N.H. / Cardin, C.J. / Searcey, M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2007
タイトル: Ligand bridging of the DNA Holliday junction: molecular recognition of a stacked-X four-way junction by a small molecule.
著者: Brogden, A.L. / Hopcroft, N.H. / Searcey, M. / Cardin, C.J.
履歴
登録2006年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN HETEROGEN A4C 1 REPRESENTS ONE HALF OF THE LIGAND, THE OTHER HALF IS GENERATED BY THE ...HETEROGEN HETEROGEN A4C 1 REPRESENTS ONE HALF OF THE LIGAND, THE OTHER HALF IS GENERATED BY THE SYMMETRY OPERATION USED TO GENERATE THE BIOLOGICAL UNIT. THE MOLECULE AS A WHOLE LIES ON A CRYSTALLOGRAPHIC AXIS OF TWO-FOLD ROTATIONAL SYMMETRY. HENCE, IN THE ASYMMETRIC UNIT, ONLY HALF THE LIGAND IS PRESENT IN THE COORDINATE FILE SUBMITTED. LINKS ARE PROVIDED BETWEEN SYMMETRY RELATED CX6 ATOMS.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*Tp*Cp*Gp*Gp*Tp*Ap*Cp*Cp*Gp*A)-3'
B: 5'-D(*Tp*Cp*Gp*Gp*Tp*Ap*Cp*Cp*Gp*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9914
ポリマ－6,0902
非ポリマー9012
水2,324129
1
A: 5'-D(*Tp*Cp*Gp*Gp*Tp*Ap*Cp*Cp*Gp*A)-3'
B: 5'-D(*Tp*Cp*Gp*Gp*Tp*Ap*Cp*Cp*Gp*A)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*Tp*Cp*Gp*Gp*Tp*Ap*Cp*Cp*Gp*A)-3'
B: 5'-D(*Tp*Cp*Gp*Gp*Tp*Ap*Cp*Cp*Gp*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9828
ポリマ－12,1804
非ポリマー1,8024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.224, 25.142, 37.541
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-107-

HOH

21B-182-

HOH

詳細THE SECOND PART OF THE BIOLOGICAL UNIT IS GENERATED BY THE SYMMETRY OPERATION: -X, Y, -Z.

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*Tp*Cp*Gp*Gp*Tp*Ap*Cp*Cp*Gp*A)-3'


分子量: 3045.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-A4C / 9,9'-(HEXANE-1,6-DIYLDIIMINO)BIS{N-[2-(DIMETHYLAMINO)ETHYL]ACRIDINE-4-CARBOXAMIDE} / N,N′-ビス[2-(ジメチルアミノ)エチル][9,9′-ヘキサメチレンビス(イミノ)ビス[アクリジン-4-カルボアミ(以下略)


分子量: 698.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H50N8O2
#3: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 40mM SODIUM CACODYLATE PH 7.0, 12mM SPERMINE, 10% MPD, WITH 35% MPD RESERVOIR., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM CACODYLATE11
2SPERMINE11
3MPD11
4H2O11
5SODIUM CACODYLATE12
6MPD12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.806 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.806 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→6 Å / Num. all: 4960 / Num. obs: 4045 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 4960 / % possible all: 86.4

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1NQS

1nqs


解像度: 1.75→6 Å / Num. parameters: 2292 / Num. restraintsaints: 1970 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3101 248 5 %RANDOM
Rwork0.268 ---
all0.2769 4960 --
obs0.2769 4045 86.4 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 572
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 40 129 573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0018
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.092
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る