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- PDB-3tvz: Structure of Bacillus subtilis HmoB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tvz
タイトルStructure of Bacillus subtilis HmoB
要素Putative uncharacterized protein yhgC
キーワードOXIDOREDUCTASE / putative monooxygenase / ABM family / ferredoxin fold / monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ABM domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Choe, J. / Choi, S. / Park, S.
引用ジャーナル: Bmb Rep / 年: 2012
タイトル: Bacillus subtilis HmoB is a heme oxygenase with a novel structure.
著者: Park, S. / Choi, S. / Choe, J.
履歴
登録2011年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月18日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein yhgC
B: Putative uncharacterized protein yhgC
C: Putative uncharacterized protein yhgC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5313
ポリマ－58,5313
非ポリマー00
水5,423301
1
A: Putative uncharacterized protein yhgC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5101
ポリマ－19,5101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein yhgC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5101
ポリマ－19,5101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative uncharacterized protein yhgC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5101
ポリマ－19,5101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.799, 64.799, 392.591
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein yhgC


分子量: 19510.434 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア)
株: ATCC 23059 / NRRL B-14472 / W23 / 遺伝子: yhgC, BSUW23_05110 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E0TXX3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 28% PEG 4000, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-Hcl pH8.5, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU10.97865
シンクロトロンSPring-8 BL41XU20.97904
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2701CCD2010年6月14日
ADSC QUANTUM 2102CCD2010年5月31日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978651
20.979041
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 34657 / Num. obs: 34657 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→48.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.525 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1736 5 %RANDOM
Rwork0.1959 ---
obs0.1986 34446 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 196.55 Å2 / Biso mean: 42.15 Å2 / Biso min: 24.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.02 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3434 0 0 301 3735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5411.944771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1565419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.60324.716176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.84815588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.681516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022679
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21776
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.22425
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2980.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0311.52186
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65623439
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.66431526
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0654.51332
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 131 -
Rwork0.172 2318 -
all-2449 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8278-1.79440.74853.0404-0.39421.8609-0.15150.04250.3687-0.09660.0991-0.0984-0.21040.00740.0524-0.0044-0.0255-0.0124-0.11430.0401-0.30439.83646.031183.795
23.47220.5476-0.17893.7674-0.11112.1295-0.14020.3869-0.4789-0.39220.01770.13960.3458-0.22840.12250.0286-0.07590.0278-0.0336-0.0921-0.294.35212.285183.597
31.65790.3621-0.7361.62620.51322.71410.0244-0.08980.0620.06830.028-0.1332-0.09360.2826-0.0524-0.0578-0.0055-0.0038-0.0379-0.0049-0.326536.02924.733178.408
40.6338-0.3426-0.22580.43230.20660.8656-0.00980.08340.0359-0.0629-0.0107-0.0013-0.0044-0.02670.0205-0.018-0.0202-0.0104-0.04920.0033-0.299820.7928.392181.775
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 172
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 172
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 172
4X-RAY DIFFRACTION4C173 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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