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- PDB-4fvc: HmoB structure with heme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fvc
タイトルHmoB structure with heme
要素Putative uncharacterized protein yhgC
キーワードOXIDOREDUCTASE / ferredoxin-fold / Heme oxigenase / heme
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / ABM domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Park, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of HmoB with Heme
著者: Park, S.
履歴
登録2012年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein yhgC
B: Putative uncharacterized protein yhgC
C: Putative uncharacterized protein yhgC
D: Putative uncharacterized protein yhgC
E: Putative uncharacterized protein yhgC
F: Putative uncharacterized protein yhgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,63212
ポリマ－112,9336
非ポリマー3,6996
水15,457858
1
A: Putative uncharacterized protein yhgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4392
ポリマ－18,8221
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein yhgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4392
ポリマ－18,8221
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative uncharacterized protein yhgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4392
ポリマ－18,8221
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Putative uncharacterized protein yhgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4392
ポリマ－18,8221
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Putative uncharacterized protein yhgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4392
ポリマ－18,8221
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Putative uncharacterized protein yhgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4392
ポリマ－18,8221
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.821, 117.519, 70.847
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein yhgC


分子量: 18822.162 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア)
株: ATCC 23059 / NRRL B-14472 / W23 / 遺伝子: yhgC, BSUW23_05110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0TXX3
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 858 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.5% PEG2000, 1.2M Na-Citrate, 0.1M HEPES pH7.0, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A
検出器日付: 2012年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 117057 / Num. obs: 112141 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル最高解像度: 1.75 Å / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CCP4モデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→19.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 5.038 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23257 5581 5 %RANDOM
Rwork0.19883 ---
obs0.20056 105946 95.32 %-
all-117057 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.514 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20.12 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7262 0 258 858 8378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0227736
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.672.04510587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.725889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.32824.457368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.699151232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9531536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.21120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0051.54486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78427293
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.95333250
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5864.53294
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.747→1.792 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 413 -
Rwork0.217 7579 -
obs--93.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.32810.33960.0421.2930.09251.0561-0.0483-0.0956-0.18970.0378-0.0155-0.078-0.00820.03060.06380.0380.0223-0.01530.07220.04460.080426.867-0.329-0.485
21.38510.386-0.0131.1529-0.08951.3131-0.0340.147-0.1721-0.07460.0395-0.13940.1067-0.0871-0.00550.0799-0.0138-0.0150.0746-0.03040.045118.9223.94335.496
31.136-0.0967-0.00251.2131-0.3551.52190.0697-0.04590.00190.0852-0.018-0.0332-0.2080.0958-0.05160.0825-0.0457-0.01470.0676-0.02410.0387-1.058-25.6126.873
41.2717-0.17150.14180.68840.0421.337-0.0313-0.0939-0.084-0.04330.01990.05230.0643-0.16170.01140.0346-0.0259-0.02290.07750.0130.0782-4.5072.019-9.595
51.5154-0.1269-0.09451.05640.4071.4792-0.0127-0.09680.1335-0.14450.0481-0.0768-0.19060.1425-0.03540.0474-0.0307-0.01640.0752-0.01640.084434.11628.91451.234
61.57630.02460.14070.79290.19591.27030.01010.16950.0653-0.06580.02260.0284-0.08550.1087-0.03270.0798-0.014-0.02020.07660.02530.0333-9.258-28.126-4.679
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 165
2X-RAY DIFFRACTION1A201
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 165
4X-RAY DIFFRACTION2B201
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 165
6X-RAY DIFFRACTION3C201
7X-RAY DIFFRACTION4D1 - 165
8X-RAY DIFFRACTION4D201
9X-RAY DIFFRACTION5E1 - 166
10X-RAY DIFFRACTION5E201
11X-RAY DIFFRACTION6F1 - 165
12X-RAY DIFFRACTION6F201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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