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- PDB-2gb9: d(CGTACG)2 crosslinked bis-acridine complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gb9
タイトルd(CGTACG)2 crosslinked bis-acridine complex
要素5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
キーワードDNA / DNA DUPLEX CROSSLINKING
機能・相同性Chem-A4C / STRONTIUM ION / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hopcroft, N.H. / Brogden, A.L. / Searcey, M. / Cardin, C.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: X-ray crystallographic study of DNA duplex cross-linking: simultaneous binding to two d(CGTACG)2 molecules by a bis(9-aminoacridine-4-carboxamide) derivative.
著者: Hopcroft, N.H. / Brogden, A.L. / Searcey, M. / Cardin, C.J.
履歴
登録2006年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN A4C 301 AND A4C 302 REPRESENT TWO CRYSTALLOGRAPHICALLY DISTINCT COPIES OF THE LIGAND. ...HETEROGEN A4C 301 AND A4C 302 REPRESENT TWO CRYSTALLOGRAPHICALLY DISTINCT COPIES OF THE LIGAND. EACH OF THESE TWO MOLECULES LIES ON A CRYSTALLOGRAPHIC AXIS OF TWO-FOLD ROTATIONAL SYMMETRY. HENCE, IN BOTH CASES, ONLY HALF OF THE LIGAND IS PRESENT IN THE COORDINATE FILE SUBMITTED, WHICH CORRESPONDS TO ONE ASYMMETRIC UNIT. THE OTHER HALF OF EACH LIGAND CAN BE GENERATED THROUGH SYMMETRY. LINKS ARE PROVIDED BETWEEN SYMMETRY RELATED CX3 ATOMS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1916
ポリマ－3,6182
非ポリマー1,5734
水1,856103
1
A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,57418
ポリマ－10,8556
非ポリマー4,71912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)37.210, 37.210, 53.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-202-

SR

21A-207-

HOH

31B-334-

HOH

41B-345-

HOH

51B-357-

HOH

詳細The other halves of the two drugs in the asymmetric unit are generated by the symmetry operations (1-x,y,-z) and (x,1-y,-z+0.5) respectively.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 化合物 ChemComp-A4C / 9,9'-(HEXANE-1,6-DIYLDIIMINO)BIS{N-[2-(DIMETHYLAMINO)ETHYL]ACRIDINE-4-CARBOXAMIDE} / N,N′-ビス[2-(ジメチルアミノ)エチル][9,9′-ヘキサメチレンビス(イミノ)ビス[アクリジン-4-カルボアミ(以下略)


分子量: 698.899 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H50N8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: SODIUM CACODYLATE pH7.0, SrCl2, SPERMINE, MPD, SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION AT 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM CACODYLATE11
2SrCl211
3SPERMINE11
4MPD11
5H2O11
6SODIUM CACODYLATE12
7SrCl212
8MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.769 / 波長: 0.769 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.769 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→37.2 Å / Num. all: 4509 / Num. obs: 4509 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.8 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 27.9 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 626 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL2Mapモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→8 Å / Num. parameters: 1589 / Num. restraintsaints: 1895 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2544 221 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all-4204 --
obs-4204 95 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 393
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 54 103 397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0045
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.063
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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