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- PDB-5v7c: Crystal structure of LARP1-unique domain DM15 bound 5'TOP RNA sequence -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v7c
タイトルCrystal structure of LARP1-unique domain DM15 bound 5'TOP RNA sequence
要素
  • La-related protein 1
  • RNA (5'-R(*CP*UP*UP*UP*UP*CP*CP*G)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Cap-binding / RNA-binding / DM15 / 5'TOP
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to rapamycin / translation activator activity / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA cap binding / TORC1 signaling / response to amino acid starvation / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA stabilization / post-transcriptional regulation of gene expression / positive regulation of macroautophagy ...cellular response to rapamycin / translation activator activity / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA cap binding / TORC1 signaling / response to amino acid starvation / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA stabilization / post-transcriptional regulation of gene expression / positive regulation of macroautophagy / ribosomal small subunit binding / TOR signaling / positive regulation of translational initiation / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor binding / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / translational initiation / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / cell population proliferation / negative regulation of translation / cadherin binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / RNA binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LARP1 HEAT repeat region / Protein of unknown function DM15 / Tandem repeat in fly CG14066 (La related protein), human KIAA0731 and worm R144.7. Unknown function. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / La-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Berman, A.J. / Lahr, R.M. / Al-Ashtal, H.A.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: La-related protein 1 (LARP1) binds the mRNA cap, blocking eIF4F assembly on TOP mRNAs.
著者: Lahr, R.M. / Fonseca, B.D. / Ciotti, G.E. / Al-Ashtal, H.A. / Jia, J.J. / Niklaus, M.R. / Blagden, S.P. / Alain, T. / Berman, A.J.
履歴
登録2017年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: La-related protein 1
C: RNA (5'-R(*CP*UP*UP*UP*UP*CP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0572
ポリマ－22,0572
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.095, 107.095, 29.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 La-related protein 1 / La ribonucleoprotein domain family member 1


分子量: 19616.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DM15 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP1, KIAA0731, LARP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PKG0
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*UP*UP*UP*UP*CP*CP*G)-3')


分子量: 2440.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 5 mM MgCl2, 50 mM HEPES, pH 7.0, 25 % PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→37.864 Å / Num. obs: 5272 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル最高解像度: 2.59 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / % possible all: 87.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2006: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C0V

5c0v


解像度: 2.59→37.864 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 822 15.6 %
Rwork0.2069 --
obs0.2112 5269 98.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→37.864 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1224 160 0 7 1391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151435
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1861956
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.424553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.107200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004222
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5904-2.75270.25231180.2422676X-RAY DIFFRACTION89
2.7527-2.96510.31581280.2554741X-RAY DIFFRACTION99
2.9651-3.26340.29761710.2409711X-RAY DIFFRACTION100
3.2634-3.73520.23791210.1905765X-RAY DIFFRACTION100
3.7352-4.70460.19961250.1758780X-RAY DIFFRACTION100
4.7046-37.86780.19531590.2044774X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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