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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hus | ||||||
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タイトル | RIBOSOMAL PROTEIN S7 | ||||||
![]() | RIBOSOMAL PROTEIN S7 | ||||||
![]() | RIBOSOMAL PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN / DECODING CENTER | ||||||
機能・相同性 | ![]() small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hosaka, H. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ribosomal protein S7: a new RNA-binding motif with structural similarities to a DNA architectural factor. 著者: Hosaka, H. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. / Harada, N. / Sano, K. / Kimura, M. / Yao, M. / Wakatsuki, S. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Study of the Ribosomal Protein S7 from Bacillus Stearothermophilus 著者: Harada, N. / Sano, K. / Kimura, M. / Hosaka, H. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 365.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 373.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18230.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株: BL21 / 遺伝子: S7 / プラスミド: BL21 / 遺伝子 (発現宿主): S7 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.2 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1M NA HEPES BUFFER(PH8.2) WITH 4%(V/V) 2-PROPANOL AND 2.0M AMMONIUM SULFATE. | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1997年3月1日 / 詳細: COLLIMATING AND FOCUSING MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.90007 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 7586 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 18.7 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 92.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 53236 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MAD WITH SE-MET MUTANT / 解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: REFMAC (G.N.MURSHUDOV ET AL.) WAS ALSO USED DURING THE REFINEMENT CYCLE. PARAMETERS OF SE-MET WAS DERIVED FROM THOSE OF METHIONINE.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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