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- PDB-3tek: ThermoDBP: a non-canonical single-stranded DNA binding protein wi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tek | ||||||
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Title | ThermoDBP: a non-canonical single-stranded DNA binding protein with a novel structure and mechanism | ||||||
![]() | ThermoDBP-single stranded DNA binding protein | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / leucine zipper / single stranded DNA binding | ||||||
Function / homology | D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 - #50 / ssDNA-binding protein ThermoDBP / Single stranded DNA-binding protein ss DNA binding domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / single-stranded DNA binding / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ThermoDBP-single stranded DNA binding protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | White, M.F. / Paytubi, S. / Liu, H. / Graham, S. / McMahon, S.A. / Naismith, J.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Displacement of the canonical single-stranded DNA-binding protein in the Thermoproteales. Authors: Paytubi, S. / McMahon, S.A. / Graham, S. / Liu, H. / Botting, C.H. / Makarova, K.S. / Koonin, E.V. / Naismith, J.H. / White, M.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 125.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 100.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 426.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 428.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 17380.662 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: N-terminal domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 11.8 % isopropanol, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M lithium sulphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 28, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.917 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→103.65 Å / Num. obs: 19149 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.051 Å / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.163 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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