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- PDB-5v4l: Cryptococcus neoformans adenylosuccinate lyase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v4l
タイトルCryptococcus neoformans adenylosuccinate lyase
要素Adenylosuccinate lyase
キーワードLYASE / fumerase / adenylosuccinate / SAICAR
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylosuccinate lyase / N6-(1,2-dicarboxyethyl)AMP AMP-lyase (fumarate-forming) activity / (S)-2-(5-amino-1-(5-phospho-D-ribosyl)imidazole-4-carboxamido) succinate lyase (fumarate-forming) activity / 'de novo' AMP biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1570 / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase C-terminal / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1570 / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase C-terminal / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / L-Aspartase-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenylosuccinate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chitty, J. / Williams, S.J. / Kobe, B. / Fraser, J.A.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1049716 オーストラリア
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Cryptococcus neoformans ADS lyase is an enzyme essential for virulence whose crystal structure reveals features exploitable in antifungal drug design.
著者: Chitty, J.L. / Blake, K.L. / Blundell, R.D. / Koh, Y.Q.A.E. / Thompson, M. / Robertson, A.A.B. / Butler, M.S. / Cooper, M.A. / Kappler, U. / Williams, S.J. / Kobe, B. / Fraser, J.A.
履歴
登録2017年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年7月26日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylosuccinate lyase
B: Adenylosuccinate lyase
C: Adenylosuccinate lyase
D: Adenylosuccinate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,8494
ポリマ－214,8494
非ポリマー00
水28,4281578
1
A: Adenylosuccinate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7121
ポリマ－53,7121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Adenylosuccinate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7121
ポリマ－53,7121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Adenylosuccinate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7121
ポリマ－53,7121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Adenylosuccinate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7121
ポリマ－53,7121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29170 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area62940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.110, 93.500, 159.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Adenylosuccinate lyase / ASL / Adenylosuccinase


分子量: 53712.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans (菌類)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: J9VSX1, adenylosuccinate lyase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris/citric acid pH 6.5, 17% PEG 3350 and 0.12 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39.44 Å / Num. obs: 130683 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 2.78

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FFX

4ffx


解像度: 2.1→39.437 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2114 6476 4.96 %
Rwork0.1567 --
obs0.1594 130631 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.437 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14412 0 0 1578 15990
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714699
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02219897
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6985459
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0392254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052566
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12390.28692300.22463942X-RAY DIFFRACTION95
2.1239-2.14880.25661830.22013983X-RAY DIFFRACTION95
2.1488-2.17510.28932300.21193982X-RAY DIFFRACTION95
2.1751-2.20260.25441890.2093905X-RAY DIFFRACTION96
2.2026-2.23160.3032250.20334043X-RAY DIFFRACTION95
2.2316-2.26210.261980.20454000X-RAY DIFFRACTION97
2.2621-2.29440.27162250.19194082X-RAY DIFFRACTION96
2.2944-2.32870.26032150.18794034X-RAY DIFFRACTION97
2.3287-2.36510.25282180.18974081X-RAY DIFFRACTION97
2.3651-2.40380.26591910.18054114X-RAY DIFFRACTION98
2.4038-2.44530.2522380.17674119X-RAY DIFFRACTION99
2.4453-2.48970.26432090.17754152X-RAY DIFFRACTION99
2.4897-2.53760.21782400.17024167X-RAY DIFFRACTION99
2.5376-2.58940.25952100.1664186X-RAY DIFFRACTION100
2.5894-2.64570.20362230.16284097X-RAY DIFFRACTION100
2.6457-2.70720.24082080.16354245X-RAY DIFFRACTION100
2.7072-2.77490.23642080.16054180X-RAY DIFFRACTION100
2.7749-2.84990.21512090.15884198X-RAY DIFFRACTION100
2.8499-2.93380.24422260.1614194X-RAY DIFFRACTION100
2.9338-3.02840.23582280.164182X-RAY DIFFRACTION100
3.0284-3.13660.21332120.15584195X-RAY DIFFRACTION100
3.1366-3.26210.20212210.15444210X-RAY DIFFRACTION100
3.2621-3.41050.20982010.15134213X-RAY DIFFRACTION100
3.4105-3.59020.19232200.14394211X-RAY DIFFRACTION100
3.5902-3.8150.18212160.13694188X-RAY DIFFRACTION100
3.815-4.10930.16052390.1244222X-RAY DIFFRACTION100
4.1093-4.52230.15192180.11624210X-RAY DIFFRACTION100
4.5223-5.17540.16832050.11634263X-RAY DIFFRACTION100
5.1754-6.51570.17682080.14984264X-RAY DIFFRACTION100
6.5157-39.44380.15782330.13924293X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.515 Å / Origin y: 10.7526 Å / Origin z: 43.0767 Å
111213212223313233
T-0.0102 Å2-0.042 Å2-0.0188 Å2--0.0332 Å2-0.0336 Å2---0.015 Å2
L0.0719 °20.0291 °20.0046 °2-0.0952 °2-0.0206 °2--0.0674 °2
S-0.0027 Å °0.0099 Å °-0.0168 Å °-0.0866 Å °-0.0466 Å °0.0049 Å °0.0744 Å °0.0124 Å °-0.086 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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