PDB-5v4l: Cryptococcus neoformans adenylosuccinate lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v4l

タイトル

Cryptococcus neoformans adenylosuccinate lyase

要素

Adenylosuccinate lyase

キーワード

LYASE / fumerase / adenylosuccinate / SAICAR

機能・相同性

機能・相同性情報

adenylosuccinate lyase / N6-(1,2-dicarboxyethyl)AMP AMP-lyase (fumarate-forming) activity / (S)-2-(5-amino-1-(5-phospho-D-ribosyl)imidazole-4-carboxamido) succinate lyase (fumarate-forming) activity / 'de novo' AMP biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptococcus neoformans (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Chitty, J. / Williams, S.J. / Kobe, B. / Fraser, J.A.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Cryptococcus neoformans ADS lyase is an enzyme essential for virulence whose crystal structure reveals features exploitable in antifungal drug design.
著者: Chitty, J.L. / Blake, K.L. / Blundell, R.D. / Koh, Y.Q.A.E. / Thompson, M. / Robertson, A.A.B. / Butler, M.S. / Cooper, M.A. / Kappler, U. / Williams, S.J. / Kobe, B. / Fraser, J.A.

履歴

登録	2017年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v4l.cif.gz	740.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v4l.ent.gz	613.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v4l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v4l_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v4l_full_validation.pdf.gz	463.3 KB	表示
XML形式データ	5v4l_validation.xml.gz	76.1 KB	表示
CIF形式データ	5v4l_validation.cif.gz	113.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v4l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ffxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7kfv-2 4fmn-d 3mv2-1 1q5n-d 4u6h-1 6meh-d 2x75-d 3htl-d 5yu5-1 5eyt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Adenylosuccinate lyase

B: Adenylosuccinate lyase

C: Adenylosuccinate lyase

D: Adenylosuccinate lyase

215 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenylosuccinate lyase

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, multiangle light scattering supports tetramer assembly
53.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Adenylosuccinate lyase

登録者が定義した集合体
53.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Adenylosuccinate lyase

登録者が定義した集合体
53.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Adenylosuccinate lyase

登録者が定義した集合体
53.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.110, 93.500, 159.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Adenylosuccinate lyase / ASL / Adenylosuccinase 分子量: 53712.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans (菌類) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: J9VSX1, adenylosuccinate lyase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris/citric acid pH 6.5, 17% PEG 3350 and 0.12 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→39.44 Å / Num. obs: 130683 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 2.78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FFX

4ffx

解像度: 2.1→39.437 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2114	6476	4.96 %
R_work	0.1567	-	-
obs	0.1594	130631	98.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.437 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14412	0	0	1578	15990

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14699
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.022	19897
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.698	5459
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	2254
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2566

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.2869	230	0.2246	3942	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1239-2.1488	0.2566	183	0.2201	3983	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1488-2.1751	0.2893	230	0.2119	3982	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1751-2.2026	0.2544	189	0.209	3905	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2026-2.2316	0.303	225	0.2033	4043	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2316-2.2621	0.26	198	0.2045	4000	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2621-2.2944	0.2716	225	0.1919	4082	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2944-2.3287	0.2603	215	0.1879	4034	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3287-2.3651	0.2528	218	0.1897	4081	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3651-2.4038	0.2659	191	0.1805	4114	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4038-2.4453	0.252	238	0.1767	4119	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4453-2.4897	0.2643	209	0.1775	4152	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4897-2.5376	0.2178	240	0.1702	4167	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5376-2.5894	0.2595	210	0.166	4186	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5894-2.6457	0.2036	223	0.1628	4097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6457-2.7072	0.2408	208	0.1635	4245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7072-2.7749	0.2364	208	0.1605	4180	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7749-2.8499	0.2151	209	0.1588	4198	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8499-2.9338	0.2442	226	0.161	4194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9338-3.0284	0.2358	228	0.16	4182	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0284-3.1366	0.2133	212	0.1558	4195	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1366-3.2621	0.2021	221	0.1544	4210	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2621-3.4105	0.2098	201	0.1513	4213	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4105-3.5902	0.1923	220	0.1439	4211	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5902-3.815	0.1821	216	0.1369	4188	X-RAY DIFFRACTION	100
3.815-4.1093	0.1605	239	0.124	4222	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1093-4.5223	0.1519	218	0.1162	4210	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5223-5.1754	0.1683	205	0.1163	4263	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1754-6.5157	0.1768	208	0.1498	4264	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5157-39.4438	0.1578	233	0.1392	4293	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.515 Å / Origin y: 10.7526 Å / Origin z: 43.0767 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0102 Å²	-0.042 Å²	-0.0188 Å²	-	-0.0332 Å²	-0.0336 Å²	-	-	-0.015 Å²
L	0.0719 °²	0.0291 °²	0.0046 °²	-	0.0952 °²	-0.0206 °²	-	-	0.0674 °²
S	-0.0027 Å °	0.0099 Å °	-0.0168 Å °	-0.0866 Å °	-0.0466 Å °	0.0049 Å °	0.0744 Å °	0.0124 Å °	-0.086 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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