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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ffx
タイトルStructural and Biochemical Characterization of Human Adenylosuccinate Lyase (ADSL) and the R303C ADSL Deficiency Associated Mutation
要素Adenylosuccinate lyase
キーワードLYASE / PURINE BIOSYNTHESIS / DISEASE MUTATION / PURINE METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


AMP biosynthetic process / adenylosuccinate lyase / N6-(1,2-dicarboxyethyl)AMP AMP-lyase (fumarate-forming) activity / (S)-2-(5-amino-1-(5-phospho-D-ribosyl)imidazole-4-carboxamido) succinate lyase (fumarate-forming) activity / 'de novo' XMP biosynthetic process / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / 'de novo' AMP biosynthetic process / AMP salvage / purine nucleotide biosynthetic process / GMP biosynthetic process ...AMP biosynthetic process / adenylosuccinate lyase / N6-(1,2-dicarboxyethyl)AMP AMP-lyase (fumarate-forming) activity / (S)-2-(5-amino-1-(5-phospho-D-ribosyl)imidazole-4-carboxamido) succinate lyase (fumarate-forming) activity / 'de novo' XMP biosynthetic process / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / 'de novo' AMP biosynthetic process / AMP salvage / purine nucleotide biosynthetic process / GMP biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / response to muscle activity / response to starvation / response to nutrient / aerobic respiration / response to hypoxia / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1570 / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase C-terminal / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1570 / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase C-terminal / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / L-Aspartase-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenylosuccinate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Deaton, M.K. / Ray, S.P. / Capodagli, G.C. / Calkins, L.A.F. / Sawle, L. / Ghosh, K. / Patterson, D. / Pegan, S.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Human Adenylosuccinate Lyase (ADSL) and the R303C ADSL Deficiency-Associated Mutation.
著者: Ray, S.P. / Deaton, M.K. / Capodagli, G.C. / Calkins, L.A. / Sawle, L. / Ghosh, K. / Patterson, D. / Pegan, S.D.
履歴
登録2012年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylosuccinate lyase
B: Adenylosuccinate lyase
C: Adenylosuccinate lyase
D: Adenylosuccinate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,0944
ポリマ－221,0944
非ポリマー00
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30450 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area65010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.919, 105.153, 214.928
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Adenylosuccinate lyase / ASL / Adenylosuccinase / ASase


分子量: 55273.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADSL, AMPS / プラスミド: pET-14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P30566, adenylosuccinate lyase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, and 20% PEG 6000, 12.5 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 54380 / Num. obs: 48725 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 0.945
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.755.20.63123800.857190.2
2.75-2.85.10.56524440.871190.7
2.8-2.855.20.4523690.856189
2.85-2.915.10.41524240.899190.2
2.91-2.975.20.35823810.892188.8
2.97-3.045.20.30724060.882189.5
3.04-3.125.20.25723810.904189.1
3.12-3.25.20.2124000.93188.4
3.2-3.35.20.17823740.96188
3.3-3.45.20.15123831.011188.7
3.4-3.525.10.12723881.052188.9
3.52-3.664.20.11321271.139178.6
3.66-3.834.30.10221621.461180.2
3.83-4.034.50.07523071.171184.5
4.03-4.2950.0724181.087188.6
4.29-4.624.70.06624861.08191.1
4.62-5.084.60.06326191.01195.4
5.08-5.8150.05627160.835198.5
5.81-7.325.20.04927670.694198.7
7.32-504.90.04727930.659194.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2J91

2j91


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.82 / WRfactor Rfree: 0.3081 / WRfactor Rwork: 0.2612 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7982 / SU B: 13.956 / SU ML: 0.3 / SU Rfree: 0.4817 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.482 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2919 2450 5.2 %RANDOM
Rwork0.2428 ---
obs0.2453 47422 86.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.72 Å2 / Biso mean: 27.495 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14540 0 0 214 14754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02214881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8971.96320102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.31751831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62123.404711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.362152728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.08115141
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.22266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02111155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2831.59115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.527214726
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.49335766
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8814.55368
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 177 -
Rwork0.26 2829 -
all-3006 -
obs--75.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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