PDB-5uua: Tetragonal thermolysin cryocooled to 100 K with 50% xylose as cry...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uua

タイトル

Tetragonal thermolysin cryocooled to 100 K with 50% xylose as cryoprotectant

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / zinc protease / alpha/beta

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.60000384919 Å

データ登録者

Juers, D.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: The impact of cryosolution thermal contraction on proteins and protein crystals: volumes, conformation and order.
著者: Juers, D.H. / Farley, C.A. / Saxby, C.P. / Cotter, R.A. / Cahn, J.K.B. / Holton-Burke, R.C. / Harrison, K. / Wu, Z.

履歴

登録	2017年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uua.cif.gz	180.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uua.ent.gz	118.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uua.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uua_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uua_full_validation.pdf.gz	454.7 KB	表示
XML形式データ	5uua_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	5uua_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uua	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5un3C 5uu7C 5uu8C 5uu9C 5uubC 5uucC 5uudC 5uueC 6avlC 6b6nC 6b6oC 6b6pC 6b6qC 6b6rC 6b6sC 6b6tC 6d5nC 6d5oC 6d5pC 6d5qC 6d5rC 6d5sC 6d5tC 6d5uC 6d6eC 6d6fC 6d6gC 6d6hC 6dzfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uu8-d 6eo0-3 4hr0-d 1i3s-2 3hbg-d 5ggd-1 4c8c-d 3sbt-3 5xe7-2 5dco-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermolysin

ヘテロ分子

36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.705, 96.705, 106.734
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 A

#1: タンパク質

Thermolysin / Thermostable neutral proteinase

分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
遺伝子: npr
発現宿主:

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, thermolysin

#5: 糖

ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₀O₅

-
非ポリマー , 4種, 475分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Protein: 50 mg/mL in 45% DMSO, 0.5 M ZnC2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→21.2 Å / Num. obs: 127553 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.5 % / B_iso Wilson estimate: 15.3600259248 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 29.3
反射シェル	最高解像度: 1.6 Å / 冗長度: 13.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC_1/2: 0.734 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
SCALA		データスケーリング
CrysalisPro		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.60000384919→21.0355652469 Å / SU ML: 0.145654428223 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34439842831 / 位相誤差: 16.0668765575
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.166000093328	3844	3.01431091943 %
R_work	0.144735730355	123681	-
obs	0.145369092285	127525	99.9772645311 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.9942011237 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.60000384919→21.0355652469 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2432	0	94	461	2987

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0103027466156	2732
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.07805249675	3758
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061732078158	424
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00705451933052	484
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.84567610288	1585

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6202	0.294783000073	140	0.2776588126	4595	X-RAY DIFFRACTION	99.9366821444
1.6202-1.6416	0.267211604743	142	0.26105833583	4548	X-RAY DIFFRACTION	99.9786825837
1.6416-1.664	0.305236615891	141	0.251290569105	4614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.664-1.6878	0.254601483673	142	0.234248626661	4590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6878-1.713	0.230015526422	145	0.223743066445	4551	X-RAY DIFFRACTION	100
1.713-1.7397	0.226483979144	143	0.215180708505	4589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7397-1.7682	0.192425509488	142	0.208597935006	4575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7682-1.7987	0.196254817146	143	0.191877815894	4617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7987-1.8314	0.207458021553	140	0.181165433656	4556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8314-1.8666	0.194330516269	142	0.171626691412	4583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8666-1.9047	0.171130195127	149	0.167127241497	4577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9047-1.9461	0.190066829544	142	0.154892143122	4606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9461-1.9913	0.160226120838	141	0.15474709942	4521	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9913-2.0411	0.168427178074	145	0.151509671642	4640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0411-2.0962	0.196051114123	147	0.149210777545	4553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0962-2.1578	0.207856832214	136	0.143813729296	4576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1578-2.2274	0.167523551479	143	0.134703966294	4563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2274-2.3069	0.125185006893	142	0.123857559544	4610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3069-2.3992	0.128768531131	139	0.118470725651	4588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3992-2.5082	0.147359908235	144	0.123521919929	4569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5082-2.6402	0.118291219471	142	0.115468257598	4579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6402-2.8053	0.114599048291	147	0.111600462301	4596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8053-3.0213	0.127078049186	137	0.117312130411	4574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0213-3.3242	0.179684035657	141	0.127882666814	4585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3242-3.8028	0.126639840434	142	0.121904898106	4584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8028-4.7818	0.141637783702	144	0.111171153642	4585	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7818-21.0374	0.202388739059	143	0.164094481529	4557	X-RAY DIFFRACTION	99.4708994709

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