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- PDB-5utz: Human IL-2/Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5utz
タイトルHuman IL-2/Fab complex
要素
  • Fab 5111 heavy chain
  • Fab 5111 light chain
  • Interleukin-2
キーワードCYTOKINE/IMMUNE SYSTEM / cytokine / Fab / complex / CYTOKINE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


kappa-type opioid receptor binding / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation / interleukin-2 receptor binding / positive regulation of plasma cell differentiation / response to tacrolimus / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation ...kappa-type opioid receptor binding / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation / interleukin-2 receptor binding / positive regulation of plasma cell differentiation / response to tacrolimus / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / natural killer cell activation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / : / kinase activator activity / negative regulation of B cell apoptotic process / Interleukin-2 signaling / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-17 production / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / negative regulation of protein phosphorylation / cytokine activity / complement activation, classical pathway / antigen binding / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / antibacterial humoral response / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / carbohydrate binding / response to ethanol / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / blood microparticle / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain ...Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-2 / IGH@ protein / IGL@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.747 Å
データ登録者Jude, K.M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI51321 米国
引用ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2018
タイトル: A human anti-IL-2 antibody that potentiates regulatory T cells by a structure-based mechanism.
著者: Trotta, E. / Bessette, P.H. / Silveria, S.L. / Ely, L.K. / Jude, K.M. / Le, D.T. / Holst, C.R. / Coyle, A. / Potempa, M. / Lanier, L.L. / Garcia, K.C. / Crellin, N.K. / Rondon, I.J. / Bluestone, J.A.
履歴
登録2017年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02019年12月11日Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab 5111 heavy chain
L: Fab 5111 light chain
D: Interleukin-2
B: Fab 5111 heavy chain
C: Fab 5111 light chain
A: Interleukin-2
F: Fab 5111 heavy chain
G: Fab 5111 light chain
E: Interleukin-2
J: Fab 5111 heavy chain
K: Fab 5111 light chain
I: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,70417
ポリマ－249,24412
非ポリマー4605
水5,567309
1
H: Fab 5111 heavy chain
L: Fab 5111 light chain
D: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4034
ポリマ－62,3113
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fab 5111 heavy chain
C: Fab 5111 light chain
A: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4955
ポリマ－62,3113
非ポリマー1842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: Fab 5111 heavy chain
G: Fab 5111 light chain
E: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4034
ポリマ－62,3113
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Fab 5111 heavy chain
K: Fab 5111 light chain
I: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4034
ポリマ－62,3113
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.010, 145.730, 107.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体
Fab 5111 heavy chain


分子量: 23764.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX6
#2: 抗体
Fab 5111 light chain


分子量: 23110.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6IPQ0
#3: タンパク質
Interleukin-2 / IL-2 / T-cell growth factor / TCGF


分子量: 15435.979 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60568
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 100 mM sodium citrate, pH 5.0, 20% PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月11日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.747→90 Å / Num. obs: 67865 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.987 / Rsym value: 0.147 / Net I/σ(I): 8.44
反射 シェル解像度: 2.747→2.91 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 10720 / CC1/2: 0.396 / Rsym value: 1.163 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSMarch 1, 2015データ削減
XDSMarch 1, 2015データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3U1S, 4NPY, 3N9G, 4HP0, 2B5I

3u1s

4npy

3n9g

4hp0

2b5i


解像度: 2.747→86.168 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.38
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2475 1973 2.91 %random
Rwork0.1925 ---
obs0.1941 67852 98.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.747→86.168 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17235 0 30 309 17574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00217762
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67924171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1126408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0262790
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043048
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7467-2.81540.40281320.36174417X-RAY DIFFRACTION93
2.8154-2.89160.34631410.29264728X-RAY DIFFRACTION100
2.8916-2.97660.34811430.26834756X-RAY DIFFRACTION100
2.9766-3.07270.2741410.24544754X-RAY DIFFRACTION100
3.0727-3.18260.29531420.23384708X-RAY DIFFRACTION100
3.1826-3.310.31311420.23744722X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.46060.24631410.2114761X-RAY DIFFRACTION100
3.4606-3.64310.27421420.1974680X-RAY DIFFRACTION100
3.6431-3.87130.25961430.18544725X-RAY DIFFRACTION99
3.8713-4.17020.2431400.17324728X-RAY DIFFRACTION99
4.1702-4.58990.18431400.14644705X-RAY DIFFRACTION99
4.5899-5.2540.17461420.14284726X-RAY DIFFRACTION99
5.254-6.61910.21771410.17114741X-RAY DIFFRACTION99
6.6191-86.21060.23741430.17264728X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.36190.2454-0.28071.785-0.02251.3166-0.0567-0.0489-0.07340.1891-0.0472-0.1661-0.10470.12820.07130.2836-0.0212-0.04930.21510.05640.2971-32.0551-3.3733-47.1698
28.35-0.55962.83443.1677-0.12868.52540.0731-0.15930.0501-0.08510.05170.0791-0.1943-0.4749-0.09410.2533-0.0110.0260.2249-0.01320.3137-71.6376-2.8332-57.0523
32.22020.89871.6913.07781.03433.75220.02350.23260.2639-0.0593-0.105-0.2107-0.0486-0.10760.10480.2714-0.01640.03050.43950.10180.3874-31.81814.033-68.0045
43.5132-0.2375-0.77821.05890.69480.5096-0.03510.140.35160.0437-0.0204-0.0502-0.1461-0.02460.0520.38620.01-0.06440.31380.08120.4252-44.14025.3185-65.6232
53.486-0.7898-3.11055.50192.52178.08070.11250.1030.59950.029-0.0009-0.1794-0.52140.083-0.14450.2340.0062-0.07060.34530.08160.5372-60.868510.122-60.7959
63.60990.1836-0.645.3606-1.7071.87430.1515-0.4852-0.12440.2867-0.3371-0.625-0.16550.13630.09910.3513-0.0397-0.12210.44250.03830.5953-7.063910.2134-42.0824
73.93760.7461-0.90533.55040.32165.618-0.0128-0.30140.00350.4318-0.1571-0.58370.11750.49290.09290.3983-0.0422-0.17450.44790.10050.6305-7.47499.9139-39.5401
84.00831.44240.37674.20321.59793.1521-0.1325-0.41580.127-0.29890.0919-0.28430.14230.0691-0.04140.37610.0892-0.0350.3250.0250.2881-33.299154.0218-60.8488
96.0923-0.36480.05071.90211.01332.5362-0.3938-0.3015-1.17260.04950.0391-0.14610.1219-0.07750.32950.3249-0.01330.01350.26850.02950.393-33.204945.4862-53.5845
101.4594-1.93111.5033.31570.15857.38950.22730.3586-0.1193-0.07120.0906-0.390.3809-0.1007-0.21850.29370.0173-0.03110.2194-0.04120.4457-25.861740.4945-60.1374
115.9442-0.3475-0.84971.70330.10411.0617-0.10350.0492-0.64710.00240.016-0.17880.0808-0.02150.04810.3120.0322-0.01910.24860.01190.3192-35.937848.4851-58.2111
125.9819-1.6366-1.86993.551-0.80747.7373-0.14140.0311-0.0761-0.02550.27910.10940.6394-0.1648-0.15910.3520.0214-0.0550.2599-0.0660.4113-68.749550.3181-46.2881
138.32670.0853-3.09974.7696-0.35252.1523-0.2332-0.2715-0.03660.8040.45430.9031-0.0099-0.2724-0.3680.46160.11570.07880.37290.04370.4478-77.181752.4112-44.669
144.2876-1.0613-1.20612.0691-0.12963.7826-0.4797-0.8519-0.16920.41980.2426-0.07970.33960.22070.23840.51660.2318-0.04630.55520.05660.3451-31.907345.2149-36.468
153.16610.0947-0.22271.74320.10080.4395-0.296-0.4374-0.30830.2520.14550.00290.35580.16390.12160.55990.16660.06650.44340.12260.254-46.891743.8761-37.6486
165.03033.59212.88926.86243.22393.5557-0.163-0.2179-0.6380.29230.268-0.18890.25490.1965-0.12280.53160.15220.05680.41130.03390.3939-61.228637.9142-39.2228
173.0628-0.0866-0.32855.8995-2.37665.6005-0.0582-0.18460.02270.15280.0811-0.261-0.03880.47420.03090.2032-0.0261-0.03780.3862-0.02890.5433-9.437134.2678-63.4187
186.34021.089-2.26641.3573-0.28190.8213-1.2807-1.7923-0.83470.50930.52710.9545-0.00930.17890.87860.65710.21420.020.5297-0.00330.7222-16.995836.0499-48.0785
196.2455-1.11991.07533.7734-0.4888.44420.15570.70180.2997-0.25180.0701-0.34160.01030.7732-0.22220.3153-0.019-0.00840.3424-0.03050.4894-8.563332.9789-68.4419
203.50390.0088-0.92792.46990.23092.0663-0.01380.15340.103-0.16480.0041-0.26790.02120.1032-0.06270.40950.0650.06750.29850.02490.3287.53970.0566-5.9074
212.68760.4031-0.09820.98820.05441.12090.07070.3151-0.2829-0.05250.0868-0.20410.0955-0.039-0.13430.44070.07050.03680.3601-0.02340.28073.45850.2871-5.9544
228.26010.8033-4.13242.5168-0.45027.3079-0.2317-0.09030.1602-0.11540.21460.27720.2012-0.0033-0.00090.34530.0817-0.0440.26330.01630.26-32.7326-0.53967.1675
233.55320.1579-2.3363.72210.1494.4626-0.0135-0.3823-0.0342-0.0181-0.0358-0.25270.0410.18120.0830.31960.1056-0.06490.42540.0140.27367.351-7.827814.5761
242.97920.3443-1.09232.63-0.67613.26090.0986-0.3606-0.11710.0691-0.0459-0.34150.0840.1434-0.06370.32730.0319-0.07510.37920.02210.31683.3285-8.198416.3534
256.25510.04593.04243.75290.56956.2497-0.2036-0.1476-0.63670.25090.1751-0.00950.54340.1679-0.04380.32250.07530.0710.29470.07440.4204-23.606-13.2998.655
263.6516-1.43450.99084.9979-1.11252.94110.26680.19720.0584-0.2818-0.0996-0.57070.1236-0.1755-0.08540.4607-0.00080.14150.3858-0.07770.559730.1382-13.2677-13.4629
275.944-0.8930.74015.2491-0.5776.27790.39710.68260.0756-0.1804-0.16-0.2846-0.40690.0887-0.13290.44680.04940.11910.3161-0.06370.408829.2919-12.7108-16.2986
283.9254-0.8321.13772.74260.33384.27090.1280.26960.4482-0.36890.01580.0322-0.3613-0.1121-0.19360.42670.11380.08280.36990.07970.3947-6.351821.9856-3.6835
294.4438-0.63840.7090.99720.49520.6554-0.05450.50040.7654-0.1563-0.0667-0.05460.0371-0.01260.03630.46940.060.11480.31350.11290.4132-1.311520.1177-2.3414
306.7493-0.64381.98034.0471-0.4498.7824-0.367-0.05370.16620.17080.2542-0.7721-0.18460.54620.17840.33740.0740.07170.32090.04270.631734.968618.66495.9177
313.584-0.16090.383.39860.4173.6527-0.3285-0.3259-0.28350.33730.162-0.10360.0689-0.06190.11430.38950.09060.13850.33830.08420.416-4.229424.462218.7467
325.0686-0.17520.372.735-0.07832.3459-0.1272-0.3505-0.10770.5673-0.06380.41620.46410.26010.12680.52780.11740.10530.4040.06160.3273-0.107124.438220.1958
336.43640.7526-3.46985.2235-3.63687.2357-0.4591-0.48090.20080.14160.2223-0.3238-0.19170.12890.25730.43960.1118-0.11170.3498-0.06510.55726.658231.283211.7563
344.24733.2941-0.31044.4072-0.08461.57850.72460.7842-0.6717-0.7275-0.65050.29040.50050.24570.14350.78590.3995-0.17530.7537-0.0830.4916-26.451826.7071-10.1124
353.2733-0.4212-2.10318.61385.25835.56480.1818-0.8207-0.78212.3319-0.41020.54271.37720.30040.08140.932-0.08140.15710.72060.25690.7864-31.053438.77159.6445
363.642-1.95111.66982.8176-2.01382.71781.09381.0160.308-1.6256-0.8817-0.9732-0.2613-0.04940.26611.01570.64970.08460.93950.24310.8082-30.291641.2138-9.0025
378.42563.29563.78295.35375.4215.54050.3285-0.23040.70340.0923-1.3952-0.57750.2767-0.84291.34960.55260.0873-0.0360.4876-0.00710.6751-20.040133.58358.4958
386.4214-1.83880.55551.859-1.39063.99980.94981.4048-0.0963-0.8181-0.90730.088-0.342-0.6414-0.05850.90730.4041-0.01380.93040.0590.5971-30.586735.6063-10.4104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 127 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 128 through 224 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 1 through 62 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 63 through 133 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 134 through 215 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 5 through 72 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 73 through 133 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 33 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 34 through 53 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 54 through 65 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 66 through 127 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 128 through 185 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 186 through 224 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1 through 62 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 63 through 143 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 144 through 213 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 1 through 72 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 73 through 81 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 82 through 133 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 1 through 65 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 66 through 127 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 128 through 224 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 1 through 62 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 63 through 117 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 118 through 213 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 6 through 72 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 73 through 133 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'J' and (resid 1 through 74 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'J' and (resid 75 through 127 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'J' and (resid 128 through 224 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'K' and (resid 1 through 62 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'K' and (resid 63 through 117 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'K' and (resid 118 through 215 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'I' and (resid 5 through 29 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'I' and (resid 30 through 44 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'I' and (resid 45 through 72 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'I' and (resid 73 through 81 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'I' and (resid 82 through 133 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る