PDB-5uq4: Crystal structure of Heme-Degrading Protein Rv3592 from Mycobacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uq4

タイトル

Crystal structure of Heme-Degrading Protein Rv3592 from Mycobacterium tuberculosis - heme free with cleaved protein

要素

Monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center For Structural Genomics Of Infectious Disease / heme-degrading protein / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

heme oxygenase (mycobilin-producing) / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.201 Å

データ登録者

Chang, C. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Heme-Degrading Protein Rv3592 from Mycobacterium tuberculosis - heme free with cleaved protein.
著者: Chang, C. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2017年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uq4.cif.gz	81.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uq4.ent.gz	59.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uq4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uq4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hx9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wi3-3 3iij-d 3iil-d 6lan-d 4wvz-1 2dos-d 4tlf-2 5x07-1 3coa-2 4fak-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP55742

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Monooxygenase

B: Monooxygenase

22.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.134, 38.134, 238.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

詳細

THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Monooxygenase 分子量: 11470.872 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: LH57_19585 / プラスミド: pMCSG7 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: I6X7R2, UniProt: P9WKH3*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M bi-Tris, 25% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月6日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97924 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.4

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 10093 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 1.028 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 101734

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	5.4	1.099	496	0.772	0.46	1.196	0.908	100
2.24-2.28	6.7	1.065	500	0.822	0.406	1.142	0.897	100
2.28-2.32	7.9	0.928	485	0.856	0.332	0.987	0.903	100
2.32-2.37	8.5	0.881	542	0.902	0.307	0.934	0.931	100
2.37-2.42	9.1	0.744	477	0.931	0.25	0.786	0.908	100
2.42-2.48	9.7	0.762	497	0.932	0.251	0.803	0.917	100
2.48-2.54	10.3	0.674	524	0.974	0.218	0.709	0.928	100
2.54-2.61	10.6	0.7	481	0.938	0.225	0.736	0.922	100
2.61-2.69	10.9	0.428	507	0.983	0.136	0.449	1.015	100
2.69-2.77	11	0.36	510	0.984	0.114	0.378	1.01	100
2.77-2.87	11.2	0.283	483	0.989	0.089	0.297	1.023	100
2.87-2.99	11.2	0.223	518	0.992	0.07	0.234	1.082	100
2.99-3.12	11.1	0.162	498	0.992	0.051	0.17	1.128	100
3.12-3.29	11.2	0.124	509	0.993	0.039	0.13	1.037	100
3.29-3.49	11.2	0.089	528	0.997	0.028	0.094	1.08	100
3.49-3.76	11.2	0.069	483	0.997	0.021	0.072	1.198	100
3.76-4.14	11.2	0.065	499	0.998	0.02	0.068	1.253	99.8
4.14-4.74	11.1	0.057	530	0.996	0.018	0.06	1.296	100
4.74-5.97	11.1	0.048	495	0.997	0.015	0.051	1.037	99.8
5.97-50	10.8	0.043	531	0.997	0.014	0.045	0.838	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2650	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HX9

3hx9

解像度: 2.201→33.025 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 12.15 / 位相誤差: 31.65 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2231	494	5.33 %
R_work	0.1721	8741	-
obs	0.1761	9273	93.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.19 Å² / B_iso mean: 31.0368 Å² / B_iso min: 6.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.201→33.025 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1357	0	0	59	1416
B_iso mean	-	-	-	39.79	-
残基数	-	-	-	-	176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1393
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.469	1892
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	202
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	251
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.694	810

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2053-2.4268	0.2544	98	0.2004	1749	1847	72
2.4268-2.7767	0.3176	118	0.1837	2344	2462	95
2.7767-3.494	0.2322	123	0.178	2348	2471	95
3.494-17.7069	0.1885	151	0.1586	2300	2451	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.006	-0.0014	-0.0061	0.0034	0.0037	0.011	-0.0081	-0.0021	0.0015	-0.0076	-0.0113	0.0129	-0.0098	0.0013	-0.007	0.0301	-0.0755	-0.0024	0.1311	-0.0346	0.1068	-2.8887	12.5443	4.044
2	0.0093	0.0027	-0.0003	0.0046	0.0024	0.0018	-0.0024	0.0031	-0.0016	-0.0029	-0.0037	0.001	-0.0004	-0.0021	0	0.312	-0.035	0.0221	0.3938	0.0033	0.3644	-20.9271	9.7786	-4.5617
3	0.0007	0.0007	0.0007	0.0014	0.0013	0.001	0.0043	0.0051	-0.0079	-0.0112	0.0051	0.0094	0.0154	-0.0204	0	0.1534	-0.1237	0.0031	0.2699	-0.0115	0.1813	-9.9982	3.0523	-7.9754
4	0.001	-0.0001	-0.0007	-0.0001	0.0006	0.0008	0.0118	0.0144	-0.01	-0.008	0.0167	-0.01	0.0352	0.0184	-0	0.0669	-0.0116	0.0163	0.1942	-0.031	0.1633	0.9586	2.9885	-0.939
5	0.0026	-0.001	0.0002	0.0011	0.0008	0.0013	-0.0057	-0.0054	0.0029	-0.0028	0.0038	0.0004	-0.0026	-0.0137	0	0.1597	-0.0309	-0.0259	0.2423	0.0201	0.2418	-18.4662	8.3594	6.9712
6	0.0109	0.0125	0.0093	0.0198	0.0174	0.0268	0.0332	0.0003	0.017	-0.0154	0.0011	-0.0021	-0.0089	0.0251	0.0458	0.0422	-0.078	0.0509	0.1858	0.004	0.1749	1.3813	11.412	-1.9925
7	0.0027	0.002	0.0003	0.0037	0.004	0.0098	0.0059	0.0074	0.01	0.005	0.0073	0.0091	-0.0026	0.0103	0.0155	0.0548	-0.1187	-0.0338	0.087	0.0349	0.1995	0.4004	11.3894	10.5522
8	0.0041	0.0008	-0.0026	0.0047	-0.005	0.0057	-0.0046	0.0126	-0.0016	0.0016	0.0049	0.0013	-0.0001	-0.0122	0.0001	0.1615	-0.164	-0.0153	0.0913	0.0088	0.1382	-9.1018	8.5067	15.0826
9	0.0005	0.0001	0.0017	0.0018	-0.0018	0.0033	-0.006	-0.0186	-0.0014	0.0031	0.0097	0.0092	0.0241	0.0216	-0	0.2152	-0.0961	-0.0478	0.1547	0.0415	0.1164	-0.142	7.6869	25.3526
10	-0.0004	0.0003	0.0007	0.0014	-0.0003	0.0011	-0.0017	-0.0104	-0.0279	-0.0072	-0.0078	0.0033	0.023	-0.0026	0	0.1038	-0.0328	0.0273	0.0488	-0.0167	0.0991	-3.4779	0.1194	17.346
11	0.0007	0.0013	-0.0021	0.0003	0.0012	0.0054	0.0019	0.0058	0.0098	0.0072	-0.0036	-0.002	0.0125	-0.0198	-0.013	0.1009	-0.1689	0.029	0.0963	0.0545	0.1483	-9.2775	5.8762	17.7117
12	0.0015	0.0005	0.0019	0.0018	0.0004	0.0023	-0.011	0.0035	-0.0179	0.0043	0.0349	-0.0042	0.0031	-0.0274	0	0.1177	-0.0764	0.0321	0.1692	-0.0345	0.218	-10.5784	3.72	7.5905

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 10 )	A	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 15 )	A	11 - 15
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 16 through 28 )	A	16 - 28
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 29 through 42 )	A	29 - 42
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 43 through 49 )	A	43 - 49
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 50 through 87 )	A	50 - 87
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 88 through 99 )	A	88 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid -1 through 15 )	B	-1 - 15
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 16 through 31 )	B	16 - 31
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 32 through 42 )	B	32 - 42
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 43 through 86 )	B	43 - 86
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 87 through 100 )	B	87 - 100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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