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- PDB-4fak: Crystal Structure of OrfX in Complex with S-Adenosylmethionine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fak
タイトルCrystal Structure of OrfX in Complex with S-Adenosylmethionine
要素Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
キーワードTRANSFERASE / RIBOSOMAL PROTEIN / alpha/beta methyltransferase Rossmann fold / rRNA methylation / AdoMet / rRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase / rRNA (pseudouridine-N3-)-methyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA methyltransferase RlmH / Predicted SPOUT methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / S-ADENOSYLMETHIONINE / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Safo, M.K. / Musayev, F.N. / Boundy, S. / Archer, G.L. / Rife, J.P. / O'Farrell, H.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Characterization of the Staphylococcus aureus rRNA Methyltransferase Encoded by orfX, the Gene Containing the Staphylococcal Chromosome Cassette mec (SCCmec) Insertion Site.
著者: Boundy, S. / Safo, M.K. / Wang, L. / Musayev, F.N. / O'Farrell, H.C. / Rife, J.P. / Archer, G.L.
履歴
登録2012年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4404
ポリマ－18,7531
非ポリマー6883
水3,189177
1
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
ヘテロ分子

A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8818
ポリマ－37,5062
非ポリマー1,3756
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2990 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.800, 84.290, 55.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

21A-302-

HOH

31A-426-

HOH

41A-446-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H / 23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase / 23S rRNA m3Psi1915 methyltransferase / rRNA ...23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase / 23S rRNA m3Psi1915 methyltransferase / rRNA (pseudouridine-N3-)-methyltransferase RlmH


分子量: 18752.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: RN450M / 遺伝子: orfx, rlmH / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0C1V0, 23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG 550 MME, 5 mM ZnSO4, 0.1M Na 2-(N-morpholino) ethanesulfonate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年2月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→28.6 Å / Num. all: 19664 / Num. obs: 20528 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 1862 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
CNS1精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VH0

1vh0


解像度: 1.7→26.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1372577.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1008 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.214 19664 --
obs0.207 19662 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.9051 Å2 / ksol: 0.355692 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.15 Å20 Å20 Å2
2--5.35 Å20 Å2
3----3.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1314 0 45 177 1536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.181.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.872
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.932.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 97 5.2 %
Rwork0.366 1761 -
obs--93.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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