PDB-6ai4: Structure of Transferase mutant-C21S,C199S

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ai4

タイトル

Structure of Transferase mutant-C21S,C199S

要素

Non-LEE encoded effector protein NleB

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

transferase activity / T3SS effector NleB

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Park, J.B. / Yoo, Y. / Kim, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Transferase mutant-C21S,C199S
著者: Park, J.B. / Yoo, Y. / Kim, J.

履歴

登録	2018年8月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ai4.cif.gz	130 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ai4.ent.gz	101.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ai4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ai4_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ai4_full_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示
XML形式データ	6ai4_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	6ai4_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6ai4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6ai4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h60S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5h5y-1 5tuc-2 1rpt-d 3kf8-2 6sdn-d 3vui-d 6r05-d 5tub-1 6t6f-1 4ux9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Non-LEE encoded effector protein NleB

B: Non-LEE encoded effector protein NleB

76.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Non-LEE encoded effector protein NleB

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Non-LEE encoded effector protein NleB

登録者が定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.820, 95.520, 120.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: タンパク質	Non-LEE encoded effector protein NleB 分子量: 38073.988 Da / 分子数: 2 / 変異: C21S, C199S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nleB 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0D7C3R7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.8M LiCl2, 0.1M Tris-HCl (pH8.5), 8%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→67.8 Å / Num. obs: 45767 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / R_merge(I) obs: 0.941 / Num. unique obs: 2651

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5H60

5h60

解像度: 2.1→44.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 7.621 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29806	2311	5 %	RANDOM
R_work	0.26053	-	-	-
obs	0.26239	43743	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.772 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→44.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4662	0	0	137	4799

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.014	4770
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4220
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.219	1.649	6426
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.007	1.638	9896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.352	5	558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.543	22.569	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.218	15	854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.436	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	935
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.464	4.732	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.464	4.731	2249
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.036	7.081	2802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.035	7.081	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.843	5.103	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.842	5.104	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.677	7.497	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.276	88.265	19861
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.274	88.283	19822
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	144	-
R_work	0.328	3235	-
obs	-	-	99.76 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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