PDB-5upg: Crystal structure of LpxC from Pseudomonas aeruginosa in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5upg

タイトル

Crystal structure of LpxC from Pseudomonas aeruginosa in complex with PF-5081090

要素

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / LpxC / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / PF-5081090 / lipid A biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / : / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of LpxC from Pseudomonas aeruginosa in complex with PF-5081090
著者: Phan, J.N. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5upg.cif.gz	148.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5upg.ent.gz	113.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5upg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5upg_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5upg_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5upg_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	5upg_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/5upg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/5upg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uhmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fw4-1 7k99-2 3nzk-1 5vwm-d 6mae-d 3u1y-1 4mdt-1 4fw3-1 4fw4-3 7dem-d 4okg-1 4fw6-4 6dui-d 4fw7-2 7ci9-d 6s32-4 5kku-4 7cia-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-PsaeA.00166.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.840, 47.400, 48.150
Angle α, β, γ (deg.)	111.270, 109.120, 98.120
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase / ...UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase / PsaeA.00166.a.DG15 分子量: 33562.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: lpxC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P47205, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

#1: タンパク質

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase / ...

分子量: 33562.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: lpxC / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P47205, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

-
非ポリマー , 5種, 377分子

#2: 化合物	ChemComp-8GJ / (2R)-4-[4-(2-fluoro-4-methoxyphenyl)-2-oxopyridin-1(2H)-yl]-N-hydroxy-2-methyl-2-(methylsulfonyl)butanamide / PF-5081090 分子量: 412.433 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₁FN₂O₆S
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.27 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100mM HEPES HCl, pH 7.7, 50mM CaCl2, 4% (w/v) Propanol, 25% (w/v) PEG 3350, PsaeA.00166.a.DG15.PD00471 at 5mg/ml + 1mM ZnCl2 + 1mM BSI 101565 (PF-5081090), cryo: 20% EG: tray 285924g10

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→40.91 Å / Num. obs: 28780 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.242 % / B_iso Wilson estimate: 9.93 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 0.961 / Net I/σ(I): 18.42 / Num. measured all: 208431 / Scaling rejects: 70

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74	3.289	0.539	2.38	6276	2153	1908	0.733	0.634	88.6
1.74-1.79	4.579	0.455	3.38	9145	2174	1997	0.877	0.509	91.9
1.79-1.84	4.678	0.391	3.93	9196	2030	1966	0.903	0.436	96.8
1.84-1.9	4.804	0.317	4.99	9430	2030	1963	0.944	0.353	96.7
1.9-1.96	4.957	0.252	6.32	9473	1928	1911	0.964	0.28	99.1
1.96-2.03	5.134	0.204	8.16	9452	1846	1841	0.975	0.226	99.7
2.03-2.11	5.445	0.167	10.3	10030	1854	1842	0.984	0.184	99.4
2.11-2.19	6.604	0.152	12.99	11293	1716	1710	0.988	0.165	99.7
2.19-2.29	7.314	0.134	15.75	12353	1699	1689	0.99	0.145	99.4
2.29-2.4	7.755	0.121	17.88	12494	1619	1611	0.993	0.129	99.5
2.4-2.53	8.271	0.119	18.23	12464	1512	1507	0.994	0.127	99.7
2.53-2.69	8.979	0.107	21.08	12579	1408	1401	0.996	0.113	99.5
2.69-2.87	10.677	0.097	25.6	14435	1356	1352	0.997	0.102	99.7
2.87-3.1	11.44	0.078	31.48	14231	1252	1244	0.999	0.082	99.4
3.1-3.4	11.415	0.057	40.66	13458	1180	1179	0.999	0.06	99.9
3.4-3.8	11.436	0.045	50.08	11905	1051	1041	0.999	0.047	99
3.8-4.39	11.53	0.039	57.64	10504	920	911	0.999	0.04	99
4.39-5.38	11.621	0.037	57.92	9076	791	781	1	0.038	98.7
5.38-7.6	11.634	0.052	46.02	6992	604	601	0.999	0.054	99.5
7.6-40.91	11.215	0.035	66.05	3645	334	325	1	0.037	97.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3uhm

3uhm

解像度: 1.7→40.91 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1857	2043	7.1 %
R_work	0.1472	26736	-
obs	0.15	28779	98.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.73 Å² / B_iso mean: 13.3442 Å² / B_iso min: 3.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→40.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2331	0	111	375	2817
B_iso mean	-	-	22.15	24.98	-
残基数	-	-	-	-	300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2632
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.868	3594
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	403
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	462
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.692	1609

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7002-1.7397	0.2767	102	0.231	1626	1728	89
1.7397-1.7832	0.2838	130	0.1961	1695	1825	93
1.7832-1.8314	0.2532	127	0.1805	1716	1843	96
1.8314-1.8853	0.2044	127	0.1629	1783	1910	97
1.8853-1.9462	0.1922	113	0.1596	1784	1897	99
1.9462-2.0157	0.2004	142	0.1573	1847	1989	100
2.0157-2.0964	0.1924	146	0.1437	1801	1947	100
2.0964-2.1918	0.1823	145	0.1386	1804	1949	100
2.1918-2.3074	0.1932	155	0.1476	1799	1954	100
2.3074-2.4519	0.2161	141	0.1451	1813	1954	100
2.4519-2.6412	0.1948	146	0.1511	1816	1962	100
2.6412-2.907	0.1639	117	0.1455	1832	1949	100
2.907-3.3274	0.1708	151	0.1357	1804	1955	100
3.3274-4.1916	0.1455	152	0.1233	1802	1954	100
4.1916-40.9221	0.1573	149	0.1338	1814	1963	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1471	-0.3155	0.1848	1.1727	0.3456	0.5808	0.0361	0.0425	-0.0163	-0.0694	-0.1082	0.059	-0.0554	-0.0624	0.0662	0.0548	-0.0013	0.0094	0.0605	0.0091	0.0618	-5.8561	6.4602	-10.9396
2	3.2658	0.0791	-0.999	2.8844	-1.2949	2.6786	0.0658	-0.066	0.0954	0.169	-0.0707	-0.2143	-0.1973	0.383	-0.0076	0.0658	-0.0218	-0.0041	0.0742	0.0136	0.0722	5.8334	9.9096	-3.5512
3	0.2567	0.0254	-0.0378	1.43	0.2887	0.4703	0.0179	0.025	0.0015	-0.0685	-0.0598	-0.0317	-0.0256	-0.0026	0.0393	0.0426	0.0079	-0.0011	0.0493	0.0141	0.0353	-8.0756	3.6583	-4.5376
4	1.8821	-0.3053	1.0957	0.7798	0.2253	1.901	0.0892	0.0481	-0.0722	0.0205	0.0195	-0.0619	0.114	0.1317	-0.1096	0.0434	-0.0124	0.0256	0.0282	0.0114	0.0423	6.484	-9.3727	-0.2158
5	0.4318	-0.804	-1.0185	1.9006	1.6491	2.37	-0.0653	-0.1115	-0.0001	0.2111	0.1233	-0.0744	0.1963	0.1564	-0.0677	0.0599	-0.0044	-0.0101	0.0961	-0.01	0.0535	-1.0298	-5.334	16.5785
6	0.4379	-0.0586	-0.0856	1.0167	0.0839	1.1212	-0.0013	-0.0329	-0.0083	0.0638	-0.0409	0.0611	-0.0657	-0.0222	0.0427	0.0401	-0.008	-0.0071	0.0633	0.0096	0.0489	-7.3899	3.8693	11.8308
7	1.3878	0.7641	1.0072	0.7226	0.6549	1.0665	0.0483	0.0487	-0.0312	-0.0075	-0.0075	-0.0364	0.0535	-0.0167	-0.0373	0.0574	0.0086	0.0032	0.0526	0.0145	0.0608	4.78	-9.7833	-1.5772

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 47 )	A	0 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 76 )	A	48 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 117 )	A	77 - 117
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 118 through 147 )	A	118 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 148 through 170 )	A	148 - 170
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 171 through 249 )	A	171 - 249
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 250 through 299 )	A	250 - 299

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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