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万見
- PDB-5unn: Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5unn
タイトルCrystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase SMc02828 (SmGhrA) from Sinorhizobium meliloti in apo form
要素NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / New York Structural Genomics Research Consortium / NADP-dependent dehydrogenase / Sinorhizobium meliloti / PSI-Biology / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD-dependent dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shabalin, I.G. / LaRowe, C. / Kutner, J. / Gasiorowska, O.A. / Handing, K.B. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural, Biochemical, and Evolutionary Characterizations of Glyoxylate/Hydroxypyruvate Reductases Show Their Division into Two Distinct Subfamilies.
著者: Kutner, J. / Shabalin, I.G. / Matelska, D. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O. / Sroka, P. / Gorna, M.W. / Ginalski, K. / Wozniak, K. / Minor, W.
履歴
登録2017年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.name
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase
B: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6315
ポリマ－69,4112
非ポリマー2203
水11,872659
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.592, 128.592, 122.847
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-538-

HOH

21B-765-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 93 - 291 / Label seq-ID: 93 - 291

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase


分子量: 34705.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (strain 1021) (根粒菌)
株: 1021 / 遺伝子: SMc02828 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL
参照: UniProt: Q92T34, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 ul of 12 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG suite I condition # 88 (0.1 M Sodium citrate ...詳細: 0.2 ul of 12 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG suite I condition # 88 (0.1 M Sodium citrate pH=5.6, 20% v/v 2-Propanol, 20% w/v PEG 4000 ) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月18日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 67353 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.117 / Rsym value: 0.108 / Χ2: 1.3 / Net I/av σ(I): 18.5 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueΧ2% possible all
2-2.036.60.9021.70.6150.3890.9860.9020.852100
2.03-2.076.70.7870.6350.340.8610.877100
2.07-2.116.70.6760.7260.290.7380.923100
2.11-2.156.70.5570.7850.2380.6080.958100
2.15-2.26.70.4640.8550.1980.5070.991100
2.2-2.256.80.3940.880.1670.431.004100
2.25-2.316.80.3710.8930.1570.4041.025100
2.31-2.376.80.3320.9060.140.3611.059100
2.37-2.446.90.2750.9430.1150.2991.117100
2.44-2.526.90.2360.9550.0990.2571.143100
2.52-2.6170.2090.9660.0870.2271.205100
2.61-2.7170.1830.9760.0750.1981.256100
2.71-2.847.10.1490.9830.0610.1611.346100
2.84-2.997.10.120.990.0490.131.45100
2.99-3.177.10.1030.9920.0410.1111.631100
3.17-3.427.20.0850.9950.0340.0921.727100
3.42-3.767.20.070.9950.0280.0761.985100
3.76-4.317.20.0580.9970.0230.0631.893100
4.31-5.437.20.0490.9980.0190.0521.71499.9
5.43-506.90.0460.9980.0190.051.60999.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0151精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z0P

4z0p


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.475 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.0882 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.09
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The catalytic domain (residues 1-95 and 287-319) is highly disordered in this structure. Only fragments of the ...詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The catalytic domain (residues 1-95 and 287-319) is highly disordered in this structure. Only fragments of the catalytic are visible in the chain A. Chain B has the domain completely disordered.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1742 3517 5.2 %RANDOM
Rwork0.1468 ---
obs0.1482 63691 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 262.72 Å2 / Biso mean: 44.268 Å2 / Biso min: 19.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å2-0 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3424 0 13 659 4096
Biso mean--52.67 49.85 -
残基数----456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3691.9534772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92737651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.65453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.37223.103145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.18115545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9161525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02811
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12188 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 251 -
Rwork0.239 4601 -
all-4852 -
obs--98.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4392-0.363.83281.3531.22284.9365-0.11171.8788-0.896-0.32340.296-0.1945-0.06190.9653-0.18430.57480.02230.37870.6519-0.23860.372783.62319.94-0.663
20.2883-0.25560.19010.9241-0.56330.45580.05100.00270.08240.0051-0.03810.0035-0.0066-0.05620.252200.00480.23420.02430.34368.62230.54925.59
30.3815-0.2598-0.05271.1162-0.40970.5589-0.02280.03150.03730.0973-0.0369-0.03690.01140.02420.05960.2625-0.0102-0.02280.23230.02390.334472.34719.60533.433
41.78730.2779-0.93041.7592-0.03551.8513-0.02240.0896-0.0885-0.18060.05770.05340.2059-0.1779-0.03540.2739-0.0259-0.04380.23060.01170.308963.52615.37919.217
50.03890.05870.041.5665-0.50.28340.01770.0220.01540.02260.04520.05940.0025-0.0467-0.0630.24980.00910.01970.24640.02010.35465.72138.27416.772
60.2854-0.1930.00730.7243-0.34810.4262-0.0121-0.0073-0.0238-0.03430.06530.115-0.0056-0.0719-0.05320.23010.00810.01020.2590.03530.349557.45246.68111.227
793.2827-28.81464.429149.6934-42.530357.08431.8520.92130.48353.0983-2.8482-1.3447-0.7112.00360.99620.9475-0.34060.18290.9351-0.11030.217356.08947.5740.888
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 74
2X-RAY DIFFRACTION1A288 - 313
3X-RAY DIFFRACTION2A91 - 170
4X-RAY DIFFRACTION3A171 - 261
5X-RAY DIFFRACTION4A262 - 287
6X-RAY DIFFRACTION5B93 - 170
7X-RAY DIFFRACTION6B171 - 287
8X-RAY DIFFRACTION7B288 - 292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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