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- PDB-3g5n: Triple ligand occupancy crystal structure of cytochrome P450 2B4 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g5n
タイトルTriple ligand occupancy crystal structure of cytochrome P450 2B4 in complex with the inhibitor 1-biphenyl-4-methyl-1H-imidazole
要素Cytochrome P450 2B4
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / cytochrome P450 2B4 / monooxygenase / membrane protein / CYP 2B4 / CYP LM2 / Endoplasmic reticulum / Heme / Iron / Membrane / Metal-binding / Microsome / Phosphoprotein / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1-(biphenyl-4-ylmethyl)-1H-imidazole / Cytochrome P450 2B4
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gay, S.C. / Sun, L. / Maekawa, K. / Halpert, J.R. / Stout, C.D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of cytochrome P450 2B4 in complex with the inhibitor 1-biphenyl-4-methyl-1H-imidazole: ligand-induced structural response through alpha-helical repositioning.
著者: Gay, S.C. / Sun, L. / Maekawa, K. / Halpert, J.R. / Stout, C.D.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural and thermodynamic consequences of 1-(4-chlorophenyl)imidazole binding to cytochrome P450 2B4.
著者: Zhao, Y. / Sun, L. / Muralidhara, B.K. / Kumar, S. / White, M.A. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure of mammalian cytochrome P450 2B4 complexed with 4-(4-chlorophenyl)imidazole at 1.9 {angstrom} resolution: Insight into the range of P450 conformations and coordination of redox partner binding.
著者: Scott, E.E. / White, M.A. / He, Y.A. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of microsomal cytochrome P450 2B4 complexed with the antifungal drug bifonazole: insight into P450 conformational plasticity and membrane interaction.
著者: Zhao, Y. / White, M.A. / Muralidhara, B.K. / Sun, L. / Halpert, J.R. / Stout, C.D.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: An open conformation of mammalian cytochrome P450 2B4 at 1.6 A resolution.
著者: Scott, E.E. / He, Y.A. / Wester, M.R. / White, M.A. / Chin, C.C. / Halpert, J.R. / Johnson, E.F. / Stout, C.D.
履歴
登録2009年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2B4
B: Cytochrome P450 2B4
C: Cytochrome P450 2B4
D: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,93224
ポリマ－216,6764
非ポリマー7,25620
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29120 Å2
ΔGint-238 kcal/mol
Surface area66330 Å2
手法PISA
2
A: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7495
ポリマ－54,1691
非ポリマー1,5804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2177
ポリマ－54,1691
非ポリマー2,0486
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9836
ポリマ－54,1691
非ポリマー1,8145
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
D: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9836
ポリマ－54,1691
非ポリマー1,8145
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.696, 152.526, 181.903
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 28:130 or resseq 140:256 or resseq 261:273 or resseq 285:492 )
21chain B and (resseq 28:130 or resseq 140:256 or resseq 261:272 or resseq 285:492 )
31chain C and (resseq 28:130 or resseq 140:256 or resseq 261:273 or resseq 285:492 )
41chain D and (resseq 28:130 or resseq 140:256 or resseq 261:273 or resseq 285:492 )

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYALAALAAA28 - 1309 - 111
12ARGARGLEULEUAA140 - 256121 - 237
13PROPROGLUGLUAA261 - 273242 - 254
14HISHISHISHISAA285 - 492266 - 473
21GLYGLYALAALABB28 - 1309 - 111
22ARGARGLEULEUBB140 - 256121 - 237
23PROPROMETMETBB261 - 272242 - 253
24HISHISHISHISBB285 - 492266 - 473
31GLYGLYALAALACC28 - 1309 - 111
32ARGARGLEULEUCC140 - 256121 - 237
33PROPROGLUGLUCC261 - 273242 - 254
34HISHISHISHISCC285 - 492266 - 473
41GLYGLYALAALADD28 - 1309 - 111
42ARGARGLEULEUDD140 - 256121 - 237
43PROPROGLUGLUDD261 - 273242 - 254
44HISHISHISHISDD285 - 492266 - 473

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 2B4 / CYPIIB4 / P450-LM2 / Isozyme 2 / P450 types B0 and B1


分子量: 54169.082 Da / 分子数: 4
変異: E2A, G22K, H23K, P24T, K25S, A26S, H27K, R29K, P221S, H226Y
由来タイプ: 組換発現
詳細: Deleted residues 3-21, E2A, G22K, H23K, P24T, K25S, A26S, H27K, R29K, 4x Cterm His tag
由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CYP2B4 / プラスミド: PKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP3 / 参照: UniProt: P00178, unspecific monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-PB2 / 1-(biphenyl-4-ylmethyl)-1H-imidazole


分子量: 234.296 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14N2
#4: 化合物
ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5


分子量: 494.573 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS INDICATE THAT THERE IS AN ERROR IN THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE AT RESIDUE 221

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M HEPES, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol, 10% PEG 6000, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月16日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.457 Å / Num. obs: 81702 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 56.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 5.641
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 5714 / Rsym value: 0.656 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ensemble of PDB entries 1PO5, 2BDM, 1SUO, 2Q6N

1po5

2bdm

1suo

2q6n


解像度: 2.5→45.476 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2466 4088 5.01 %random
Rwork0.2184 ---
obs0.2199 81584 97.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.243 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 143.71 Å2 / Biso mean: 62.828 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7066 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.9532 Å20 Å2
3----1.7534 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.476 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14102 0 452 180 14734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0214966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.83820388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1252247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4465280
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3404X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3404X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.359
13C3382X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.376
14D3409X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.431
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.530.41360.3382523265993
2.53-2.560.3171520.3052505265792
2.56-2.5930.3131150.2772551266694
2.593-2.6270.3191390.2932556269593
2.627-2.6630.3231320.2972491262393
2.663-2.7010.3731410.3142517265892
2.701-2.7410.2941460.2642519266593
2.741-2.7840.2981360.252584272094
2.784-2.830.2741180.2582596271495
2.83-2.8780.3091160.2512646276296
2.878-2.9310.2871180.2592631274996
2.931-2.9870.3061250.262657278297
2.987-3.0480.2781420.2612670281298
3.048-3.1140.2891500.2572692284298
3.114-3.1870.3331390.2482702284199
3.187-3.2660.2791440.242700284499
3.266-3.3550.2791490.24227342883100
3.355-3.4530.2941550.2422731288699
3.453-3.5650.2971470.22727282875100
3.565-3.6920.2381560.2227132869100
3.692-3.840.2241380.20927632901100
3.84-4.0150.2411570.20427462903100
4.015-4.2260.2271500.18227372887100
4.226-4.4910.1841610.16827722933100
4.491-4.8370.171380.15727862924100
4.837-5.3230.1981440.1732764290899
5.323-6.0920.2151440.1912796294099
6.092-7.6690.2341540.1962774292898
7.669-45.4830.181460.1722912305897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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