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- PDB-5ukp: Structure of unliganded anti-gp120 CD4bs antibody DH522.1 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ukp
タイトルStructure of unliganded anti-gp120 CD4bs antibody DH522.1 Fab
要素
  • DH522.1 Fab fragment heavy chain
  • DH522.1 Fab fragment light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV gp120 immune system
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nicely, N.I.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1-AI100645 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI087202 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI118571 米国
Duke University Center for AIDS ResearchP30-AI-64518 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Initiation of HIV neutralizing B cell lineages with sequential envelope immunizations.
著者: Wilton B Williams / Jinsong Zhang / Chuancang Jiang / Nathan I Nicely / Daniela Fera / Kan Luo / M Anthony Moody / Hua-Xin Liao / S Munir Alam / Thomas B Kepler / Akshaya Ramesh / Kevin Wiehe ...著者: Wilton B Williams / Jinsong Zhang / Chuancang Jiang / Nathan I Nicely / Daniela Fera / Kan Luo / M Anthony Moody / Hua-Xin Liao / S Munir Alam / Thomas B Kepler / Akshaya Ramesh / Kevin Wiehe / James A Holland / Todd Bradley / Nathan Vandergrift / Kevin O Saunders / Robert Parks / Andrew Foulger / Shi-Mao Xia / Mattia Bonsignori / David C Montefiori / Mark Louder / Amanda Eaton / Sampa Santra / Richard Scearce / Laura Sutherland / Amanda Newman / Hilary Bouton-Verville / Cindy Bowman / Howard Bomze / Feng Gao / Dawn J Marshall / John F Whitesides / Xiaoyan Nie / Garnett Kelsoe / Steven G Reed / Christopher B Fox / Kim Clary / Marguerite Koutsoukos / David Franco / John R Mascola / Stephen C Harrison / Barton F Haynes / Laurent Verkoczy /
要旨: A strategy for HIV-1 vaccine development is to define envelope (Env) evolution of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in infection and to recreate those events by vaccination. Here, we report ...A strategy for HIV-1 vaccine development is to define envelope (Env) evolution of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in infection and to recreate those events by vaccination. Here, we report host tolerance mechanisms that limit the development of CD4-binding site (CD4bs), HCDR3-binder bnAbs via sequential HIV-1 Env vaccination. Vaccine-induced macaque CD4bs antibodies neutralize 7% of HIV-1 strains, recognize open Env trimers, and accumulate relatively modest somatic mutations. In naive CD4bs, unmutated common ancestor knock-in mice EnvB cell clones develop anergy and partial deletion at the transitional to mature B cell stage, but become Env upon receptor editing. In comparison with repetitive Env immunizations, sequential Env administration rescue anergic Env (non-edited) precursor B cells. Thus, stepwise immunization initiates CD4bs-bnAb responses, but immune tolerance mechanisms restrict their development, suggesting that sequential immunogen-based vaccine regimens will likely need to incorporate strategies to expand bnAb precursor pools.
履歴
登録2017年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DH522.1 Fab fragment heavy chain
L: DH522.1 Fab fragment light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2312
ポリマ－47,2312
非ポリマー00
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.682, 70.682, 169.835
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体 DH522.1 Fab fragment heavy chain


分子量: 24484.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DH522.1 Fab fragment light chain


分子量: 22747.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% 1,2-propanediol, 20% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 33888 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 18.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The starting model was a hybrid of the heavy chain from CH103UCA Fab (PDB 4QHK) with the light chain from A32 (PDB 3TNM).

4qhk

3tnm


解像度: 2→41.562 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 1929 5.89 %
Rwork0.1916 --
obs0.1942 32746 96.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.562 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3216 0 0 161 3377
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1824496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.951149
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006569
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.05220.28211240.2132017X-RAY DIFFRACTION90
2.0522-2.10770.23121300.20442068X-RAY DIFFRACTION93
2.1077-2.16970.29051300.19482089X-RAY DIFFRACTION94
2.1697-2.23980.23961350.19562119X-RAY DIFFRACTION94
2.2398-2.31980.24111340.19572130X-RAY DIFFRACTION94
2.3198-2.41270.28751360.19812149X-RAY DIFFRACTION95
2.4127-2.52250.25971400.21712213X-RAY DIFFRACTION97
2.5225-2.65540.29181310.23312189X-RAY DIFFRACTION98
2.6554-2.82180.25941370.22312228X-RAY DIFFRACTION98
2.8218-3.03960.28511440.22222250X-RAY DIFFRACTION99
3.0396-3.34540.27811440.21082281X-RAY DIFFRACTION99
3.3454-3.82910.2471430.19392297X-RAY DIFFRACTION99
3.8291-4.82320.16341430.1432321X-RAY DIFFRACTION100
4.8232-41.57090.17751580.15982466X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08610.28280.50043.721-0.3320.73610.11090.2561-0.195-0.3288-0.00390.50580.0083-0.1865-0.16270.25020.0367-0.06250.2239-0.01180.252319.65668.849571.7007
21.9177-0.40440.48922.0539-0.40951.5-0.020.0803-0.1601-0.17220.02890.23990.1724-0.15450.02760.2351-0.0434-0.03280.20180.02430.241822.003-0.682778.389
31.3087-0.67290.47762.205-0.79391.43340.1320.0966-0.22170.1409-0.130.20610.2309-0.0242-0.00090.2263-0.0274-0.01690.169-0.00240.193626.1754.496676.3153
42.5560.0317-0.60270.9042-0.23261.77370.05480.2407-0.0622-0.07290.04910.0277-0.0496-0.0236-0.11920.1225-0.0021-0.01230.13860.00270.152532.082526.431455.1829
50.56580.250.38674.2270.3663.31920.22890.38720.8467-0.0867-0.3893-0.1275-0.33360.51750.13090.1752-0.0052-0.0520.25160.11220.256746.98696.887185.1843
61.4665-0.23680.24161.338-0.43981.66780.04580.25230.1319-0.2014-0.2427-0.33560.18350.23370.16620.21950.06620.02540.2170.06510.194244.9763-1.336577.7694
73.52720.074-0.68470.9634-0.23752.183-0.12980.26980.3644-0.08510.21780.07440.1756-0.0394-0.11150.19470.0205-0.05750.16170.06130.196938.28211.841683.2907
82.057-0.28420.34230.9113-0.39771.0496-0.05750.00790.2268-0.0249-0.0034-0.0059-0.09750.09080.04310.1257-0.0149-0.01820.14950.0070.162843.675234.759763.3564
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain H and resid 2:26)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain H and resid 27:77)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain H and resid 78:117)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain H and resid 118:215)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain L and resid 3:13)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain L and resid 14:89)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain L and resid 90:106A)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain L and resid 107:208)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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