PDB-5ud0: Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase E149A variant of Heli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ud0

タイトル

Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase E149A variant of Helicobacter pylori with cleavage products

要素

Fructose-bisphosphate aldolase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

Glycolysis (解糖系) /

Metalloenzyme (金属タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

tagatose-bisphosphate aldolase activity /

fructose-bisphosphate aldolase /

fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / glycolytic process / zinc ion binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.647 Å

データ登録者

Jacques, B. / Sygusch, J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Active site remodeling during the catalytic cycle in metal-dependent fructose-1,6-bisphosphate aldolases.
著者: Jacques, B. / Coincon, M. / Sygusch, J.

履歴

登録	2016年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ud0.cif.gz	339.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ud0.ent.gz	279 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ud0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5ud0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5ud0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uckC 5ucnC 5ucpC 5ucsC 5uczC 5ud1C 5ud2C 5ud3C 5ud4C 5vjdC 5vjeC 5vjfC 3c4uS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3n9r-3 3n9s-d 2yfd-d 2nxo-1 3n9r-1 5ucs-d 4mpd-1 6fqi-d 5ud3-d 3bfv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase

B: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

68.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.258, 85.386, 91.082
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase / / FBPA / Fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase 分子量: 33742.777 Da / 分子数: 2 / 変異: E149A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: fba, HP_0176 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56109, fructose-bisphosphate aldolase

#1: タンパク質

Fructose-bisphosphate aldolase /

/ FBPA / Fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase

分子量: 33742.777 Da / 分子数: 2 / 変異: E149A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: fba, HP_0176 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56109,

fructose-bisphosphate aldolase

-
非ポリマー , 6種, 467分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸 / ジヒドロキシアセトンリン酸分子量: 170.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₆P
#6: 化合物	ChemComp-G3H / GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE / D-グリセルアルデヒド3-りん酸 / グリセルアルデヒド-3-リン酸分子量: 170.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₆P
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.75 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 8000, PEG 1000, Calcium acetate, Tris-Acetic acid buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.03322 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.647→29.881 Å / Num. obs: 68950 / % possible obs: 90.22 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.08529 / Net I/σ(I): 8.44

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2481)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3C4U

3c4u

解像度: 1.647→29.881 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2226	3274	5.08 %
R_work	0.178	-	-
obs	0.1802	64399	90.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.647→29.881 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4429	0	26	459	4914

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4532
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.919	6091
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.944	2748
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	678
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	788

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6475-1.6721	0.3703	94	0.3069	1698	X-RAY DIFFRACTION	58
1.6721-1.6982	0.381	114	0.2851	2169	X-RAY DIFFRACTION	74
1.6982-1.726	0.3069	117	0.2655	2259	X-RAY DIFFRACTION	77
1.726-1.7558	0.2802	137	0.2569	2367	X-RAY DIFFRACTION	81
1.7558-1.7877	0.3026	102	0.228	2440	X-RAY DIFFRACTION	81
1.7877-1.8221	0.2656	137	0.2154	2415	X-RAY DIFFRACTION	84
1.8221-1.8593	0.2734	127	0.2105	2531	X-RAY DIFFRACTION	86
1.8593-1.8997	0.2081	149	0.1974	2530	X-RAY DIFFRACTION	87
1.8997-1.9439	0.2828	133	0.1932	2642	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9439-1.9925	0.2351	151	0.1924	2702	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9925-2.0464	0.2396	151	0.1844	2707	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0464-2.1066	0.2346	146	0.1814	2727	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1066-2.1745	0.2332	147	0.1706	2786	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1745-2.2522	0.2298	147	0.1674	2807	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2522-2.3424	0.2363	150	0.1614	2844	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3424-2.4489	0.2195	163	0.158	2895	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4489-2.578	0.208	152	0.1664	2894	X-RAY DIFFRACTION	99
2.578-2.7394	0.2292	160	0.1738	2938	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7394-2.9507	0.2319	161	0.1711	2926	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9507-3.2474	0.2226	155	0.176	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2474-3.7165	0.2102	151	0.1648	2946	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7165-4.6795	0.1669	164	0.1496	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6795-29.8856	0.2078	166	0.1834	2993	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0034	0.0008	-0.0008	0.0014	-0.0021	0.0022	-0.0077	-0.0086	-0.0432	-0.0476	0.0251	0.0638	0.0283	0.0024	-0	0.2259	-0.0085	-0.0034	0.3574	0.1231	0.2014	13.2227	-17.8943	49.0499
2	0.0174	-0.0195	0.0171	0.4993	0.1314	0.1565	-0.0452	-0.3297	-0.1011	-0.0772	0.0435	-0.04	-0.0297	-0.036	0.0547	0.106	0.0116	0.007	0.1955	0.0545	0.1414	4.1133	-11.2828	39.4333
3	0.0103	0.0143	-0.0299	0.0095	-0.0209	0.0457	-0.0033	-0.2346	0.0099	0.0876	0.0458	0.0723	-0.0014	-0.0875	0.0375	0.1098	0.0126	0.0832	0.7086	0.1714	0.1092	-2.605	-14.6332	59.1964
4	0.2038	0.0571	-0.0284	0.0179	0.0041	0.0441	0.0028	-0.1422	0.0849	0.0632	-0.0093	0.0468	-0.0724	-0.0329	-0.0189	0.1741	0.038	0.0126	0.5841	0.0513	0.1407	7.5858	-4.5921	58.6225
5	0.1879	0.0165	-0.0678	0.0061	0.001	0.0276	-0.0364	-0.3291	0.0349	-0.0307	0.0242	-0.007	-0.157	0.098	-0.0146	0.2532	0.0225	-0.0656	0.2896	-0.0832	0.1596	11.4327	6.5558	46.4161
6	0.4689	0.0096	-0.2223	0.0234	0.0049	0.119	-0.1033	-0.2245	0.0881	-0.1875	-0.0132	0.0244	-0.1947	0.1279	-0.1812	0.2352	-0.0545	-0.0586	0.0611	-0.0568	0.1171	11.9571	3.2656	31.6331
7	0.0023	-0.0014	0.0027	0.0062	0.0057	0.0066	-0.0007	0.0387	-0.0727	0.0235	-0.0218	-0.0158	0.0359	-0.036	-0.0062	0.1164	-0.0334	0.0158	0.1827	-0.0704	0.2031	-7.5311	-19.4474	4.4415
8	0.0948	0.0024	0.0602	0.1122	-0.0599	0.1047	-0.0279	0.0838	-0.1007	0.0775	0.0137	0.011	-0.0474	0.0059	0.0405	0.1004	-0.0087	0.0172	0.0688	-0.0216	0.1442	1.8283	-12.1753	13.6349
9	0.0076	-0.0037	-0.0059	0.0038	0.0078	0.0159	0.0506	0.1153	-0.0414	-0.0367	-0.0063	-0.0137	-0.005	0.0574	0.0265	0.1458	-0.0111	0.0628	0.3246	-0.1013	0.2426	12.5036	-19.8881	-2.5637
10	0.0632	-0.0468	0.0153	0.0384	-0.0166	0.0104	0.042	0.1376	-0.0369	-0.0959	0.0308	-0.0246	0.0245	0.0138	0.0216	0.1678	-0.0431	0.0514	0.2265	-0.0964	0.1819	6.0376	-13.347	-8.2393
11	0.0113	-0.0076	0.0059	0.0062	-0.007	0.0047	-0.0289	0.0662	0.0606	0.0776	-0.001	-0.0332	-0.1459	0.0302	-0.0014	0.2028	-0.0495	-0.0169	0.2017	-0.0514	0.1621	2.5683	-5.1492	-1.3419
12	0.0209	-0.0113	0.0085	0.0483	0.0155	0.0134	-0.0553	0.127	0.1007	-0.066	-0.0241	-0.0832	-0.0544	-0.0219	-0.0217	0.2195	-0.0112	-0.0074	0.2275	-0.044	0.1366	-3.1968	-2.9465	-6.5017
13	0.5355	0.0315	-0.1576	0.0749	0.0431	0.0956	-0.0728	0.2217	0.0433	0.0886	-0.0053	-0.0412	-0.2141	-0.072	-0.0498	0.2469	0.0305	-0.0648	0.087	0.0268	0.1496	-5.8425	5.2421	5.5037
14	0.0539	-0.0222	-0.0206	0.0731	-0.0389	0.1277	-0.0729	-0.0062	0.0342	0.1546	0.021	0.0258	-0.115	-0.1262	-0.0244	0.2222	0.042	-0.0297	0.0426	-0.0251	0.1546	-6.2535	2.8838	20.5648

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 109 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 110 through 167 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 168 through 216 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 217 through 255 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 256 through 307 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 15 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 16 through 109 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 110 through 127 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 128 through 167 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 168 through 184 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 185 through 216 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 217 through 255 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 256 through 307 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 467分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 467分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 467分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)