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- PDB-5vjd: Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase of Escherichia coli w... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vjd | ||||||
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Title | Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase of Escherichia coli with DHAP | ||||||
![]() | Fructose-bisphosphate aldolase class 2 | ||||||
![]() | LYASE / Glycolysis | ||||||
Function / homology | ![]() fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sygusch, J. / Coincon, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Active site remodeling during the catalytic cycle in metal-dependent fructose-1,6-bisphosphate aldolases. Authors: Jacques, B. / Coincon, M. / Sygusch, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 336.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 458.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 461.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 35.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 56.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5uckC ![]() 5ucnC ![]() 5ucpC ![]() 5ucsC ![]() 5uczC ![]() 5ud0C ![]() 5ud1C ![]() 5ud2C ![]() 5ud3C ![]() 5ud4C ![]() 5vjeC ![]() 5vjfC ![]() 1b57S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 39059.957 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: fbaA, fba, fda, b2925, JW2892 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 / Details: PEG 4000, MgCl2, Hepes buffer |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4r / Detector: CCD / Date: Mar 1, 2002 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0809 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.701→39.871 Å / Num. obs: 72711 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 19 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1B57 Resolution: 1.701→39.871 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.65 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.701→39.871 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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