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- PDB-3n9r: Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase from helicobacter pyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n9r
タイトルClass II fructose-1,6-bisphosphate aldolase from helicobacter pylori in complex with N-(4-hydroxybutyl)-phosphoglycolohydroxamic acid, a competitive inhibitor
要素Fructose-bisphosphate aldolase
キーワードLYASE / FBP aldolase / Class II / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / glycolytic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-bisphosphate aldolase, class 2 / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 1. / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 2. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-II / Fructose-bisphosphate aldolase class-II / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TD3 / Fructose-bisphosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Coincon, M. / Sygusch, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Rational Design, Synthesis, and Evaluation of New Selective Inhibitors of Microbial Class II (Zinc Dependent) Fructose Bis-phosphate Aldolases.
著者: Daher, R. / Fonvielle, M. / Gest, P.M. / Guerin, M.E. / Jackson, M. / Sygusch, J. / Therisod, M.
履歴
登録2010年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphate aldolase
B: Fructose-bisphosphate aldolase
K: Fructose-bisphosphate aldolase
P: Fructose-bisphosphate aldolase
U: Fructose-bisphosphate aldolase
Z: Fructose-bisphosphate aldolase
e: Fructose-bisphosphate aldolase
j: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,34340
ポリマ－270,4068
非ポリマー2,93632
水50,1362783
1
A: Fructose-bisphosphate aldolase
e: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,33610
ポリマ－67,6022
非ポリマー7348
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area22590 Å2
手法PISA
2
j: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子

B: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,33610
ポリマ－67,6022
非ポリマー7348
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area4090 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area22590 Å2
手法PISA
3
K: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子

Z: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,33610
ポリマ－67,6022
非ポリマー7348
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area22470 Å2
手法PISA
4
P: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子

U: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,33610
ポリマ－67,6022
非ポリマー7348
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area22550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.400, 104.400, 111.900
Angle α, β, γ (deg.)98.500, 90.000, 90.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細dimeric

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABKPUZej

#1: タンパク質
Fructose-bisphosphate aldolase


分子量: 33800.812 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 51 / 遺伝子: ALF_HELPY / プラスミド: pKK233-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: D0IR47, fructose-bisphosphate aldolase

-
非ポリマー , 5種, 2815分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-TD3 / 2-[hydroxy(4-hydroxybutyl)amino]-2-oxoethyl dihydrogen phosphate


分子量: 243.152 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14NO7P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2783 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 12% PEG 1000, 12% PEG 8000, 0.2 M Calcium Acetate,50 mM Tris/HOAc, pH 8.5, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.798→46.631 Å / Num. all: 205157 / Num. obs: 205157 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.930.32.388149296090.394.4
1.9-2.0130.2073.383309280500.20795.3
2.01-2.1530.1484.578725264890.14895.3
2.15-2.3230.1135.673757248410.11396.1
2.32-2.5530.099667667228570.09996.5
2.55-2.8530.0886.261429207940.08896.9
2.85-3.292.90.0796.654287184220.07997.4
3.29-4.022.90.0677.345516156470.06797.8
4.02-5.692.90.0617.635460120700.06197.7
5.69-46.6330.0637.21889863780.06394.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
PHENIXdev_378精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C52

3c52


解像度: 1.8→41.529 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 31924 8 %
Rwork0.158 --
obs0.162 398819 93.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.715 Å2 / ksol: 0.414 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 137.96 Å2 / Biso mean: 28.685 Å2 / Biso min: 6.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.123 Å2-0.151 Å2-0.299 Å2
2--3.533 Å2-1.178 Å2
3----1.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.529 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18336 0 144 2783 21263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00718768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98325216
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0612800
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063264
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3337048
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.8210.27410730.241122531332693
1.821-1.8420.27410590.232121861324593
1.842-1.8640.25910780.222123581343695
1.864-1.8880.25410550.205121411319693
1.888-1.9130.25110650.207122361330193
1.913-1.9390.24510880.199125041359295
1.939-1.9670.24410660.193121921325893
1.967-1.9960.23110630.187122231328694
1.996-2.0270.22310750.179123421341795
2.027-2.060.21810640.177122621332693
2.06-2.0960.21910720.17122421331495
2.096-2.1340.2210780.169124071348594
2.134-2.1750.21210580.156122601331894
2.175-2.220.20110700.155123501342094
2.22-2.2680.20610700.149123121338294
2.268-2.320.21310690.158122441331394
2.32-2.3790.20610630.152122381330194
2.379-2.4430.18810530.142122061325993
2.443-2.5150.21110680.151122831335194
2.515-2.5960.20410580.151122391329793
2.596-2.6890.19310760.146122691334594
2.689-2.7960.19810590.146122301328994
2.796-2.9240.20310640.149122031326793
2.924-3.0780.19710540.151121371319193
3.078-3.270.19510620.156121711323393
3.27-3.5230.19210700.145121911326193
3.523-3.8770.16410490.138121241317393
3.877-4.4380.16110600.131121101317093
4.438-5.5890.16910710.134123671343894
5.589-41.540.22510140.18116151262989
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.43480.21440.04450.55150.04040.25390.0055-0.02320.0288-0.0112-0.0299-0.0180.0099-0.10840.01470.04930.00530.00480.11950.01850.0654-14.4258-7.1224-37.8421
20.29240.24760.07640.64730.10620.48390.00020.05770.0183-0.0444-0.04760.00410.009-0.17730.0320.05880.0220.00130.15960.0070.0578-14.6235-15.558817.6677
30.3156-0.1542-0.04310.61290.10660.39210.0109-0.0847-0.00980.0346-0.0575-0.0042-0.0047-0.15770.03320.0665-0.01560.00050.1590.00630.052411.0748-30.6967-7.2808
40.3221-0.22860.0130.5130.01340.22390.00080.0164-0.01770.014-0.0223-0.0106-0.0164-0.10940.0110.0585-0.0088-0.00250.12960.01920.076211.2693-22.5917-62.4349
50.7591-0.167-0.07640.36720.21051.2570.0085-0.0222-0.22330.01810.0179-0.0290.25270.1081-0.02170.1360.01360.00310.0643-0.01090.1609-16.7047-55.1105-26.3579
60.8327-0.2173-0.4940.4227-0.07291.32-0.09930.1294-0.1739-0.05540.003-0.01120.3147-0.05760.09390.1563-0.03060.02630.075-0.05140.1568-16.3744-47.2923-80.9918
70.79620.15690.48840.3598-0.0971.3823-0.115-0.13050.17910.04990.0058-0.0179-0.3381-0.06130.10390.16410.0283-0.03450.077-0.05090.16119.34117.5892-19.289
80.77760.13220.04990.3310.18261.27110.00620.02320.217-0.00410.0202-0.0378-0.25870.1057-0.01840.1462-0.0148-0.00220.0634-0.01290.16668.998225.4087-73.9392
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 307
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 307
3X-RAY DIFFRACTION3chain KK1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION4chain PP1 - 307
5X-RAY DIFFRACTION5chain ZZ1 - 307
6X-RAY DIFFRACTION6chain UU1 - 307
7X-RAY DIFFRACTION7chain ee1 - 307
8X-RAY DIFFRACTION8chain jj1 - 307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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