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- PDB-5uat: Structure of human PYCR-1 complexed with NADPH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uat
タイトルStructure of human PYCR-1 complexed with NADPH
要素Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
ProC C-terminal domain-like / ProC C-terminal domain-like fold / Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase signature. / Pyrroline-5-carboxylate reductase / Pyrroline-5-carboxylate reductase, dimerisation domain / Pyrroline-5-carboxylate reductase dimerisation / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...ProC C-terminal domain-like / ProC C-terminal domain-like fold / Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase signature. / Pyrroline-5-carboxylate reductase / Pyrroline-5-carboxylate reductase, dimerisation domain / Pyrroline-5-carboxylate reductase dimerisation / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Tanner, J.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM065546 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Resolving the cofactor-binding site in the proline biosynthetic enzyme human pyrroline-5-carboxylate reductase 1.
著者: Christensen, E.M. / Patel, S.M. / Korasick, D.A. / Campbell, A.C. / Krause, K.L. / Becker, D.F. / Tanner, J.J.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,19712
ポリマ－170,2165
非ポリマー1,9817
水10,034557
1
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,39424
ポリマ－340,43210
非ポリマー3,96214
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area63840 Å2
ΔGint-674 kcal/mol
Surface area88700 Å2
手法PISA
2
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2784
ポリマ－68,0862
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9100 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area20030 Å2
手法PISA
3
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1306
ポリマ－68,0862
非ポリマー1,0444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10620 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area20620 Å2
手法PISA
4
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5774
ポリマ－68,0862
非ポリマー1,4912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area11360 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area20440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.063, 87.762, 115.897
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The authors state that based on analytical ultracentrifugation sedimentation velocity experiments, the protein is primarily a decamer at 6 mg/mL (180 micro molar based on monomer molecular weight). Lower molecular weight species are also observed at a protein concentration of 0.8 mg/mL.

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要素

#1: タンパク質
Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5CR 1


分子量: 34043.156 Da / 分子数: 5 / 断片: residues 1-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 300 mM Na2SO4, 16-18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. The crystal was soaked in the cryobuffer containing 100 mM NADPH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→64.24 Å / Num. obs: 126545 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 24.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 879308 / Scaling rejects: 80
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.92-1.955.70.9650.72199.9
10.52-64.246.40.0280.999199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.15データスケーリング
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IZZ

2izz


解像度: 1.92→64.235 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 6288 4.97 %
Rwork0.1742 --
obs0.176 126449 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.8 Å2 / Biso mean: 32.3083 Å2 / Biso min: 10.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→64.235 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9822 0 123 557 10502
Biso mean--34.52 33.22 -
残基数----1373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110169
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09913857
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661694
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081779
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6476070
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.92-1.94180.27452090.247639714180
1.9418-1.96470.28681960.235739574153
1.9647-1.98860.27622210.234239494170
1.9886-2.01380.25391910.215139814172
2.0138-2.04030.24942150.212239654180
2.0403-2.06830.25951990.204339544153
2.0683-2.09780.25292170.196739824199
2.0978-2.12910.25661900.189839444134
2.1291-2.16240.2292340.190239544188
2.1624-2.19780.22822260.185639634189
2.1978-2.23570.22321930.178239864179
2.2357-2.27640.21272200.171139574177
2.2764-2.32020.22532130.169839774190
2.3202-2.36750.22622100.164839864196
2.3675-2.4190.22971960.172539974193
2.419-2.47530.20341980.163139784176
2.4753-2.53720.21272150.163639674182
2.5372-2.60580.21922070.164939924199
2.6058-2.68250.22722090.174440254234
2.6825-2.76910.22161930.175740034196
2.7691-2.8680.22642240.177639784202
2.868-2.98290.22382110.179840284239
2.9829-3.11860.22832030.184340234226
3.1186-3.2830.22751800.191240224202
3.283-3.48870.19912200.176740444264
3.4887-3.75810.1812220.164440394261
3.7581-4.13620.1872330.151540374270
4.1362-4.73450.14762130.133840784291
4.7345-5.96430.21392230.171441024325
5.9643-64.27110.18632070.173643224529
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6587-0.3410.13892.33030.09870.40780.00650.13740.2395-0.51890.03110.0042-0.1478-0.0072-0.02870.2103-0.01450.00290.22150.03590.2156-15.935558.7468-57.7522
21.09550.68490.52171.48820.5290.59770.0627-0.0006-0.21750.02390.00730.12040.1264-0.0908-0.0780.1178-0.0024-0.00960.20130.01870.2032-22.891228.09-53.0718
30.6438-0.64970.14071.4237-0.11750.4162-0.0845-0.03220.03860.12020.07870.1896-0.1106-0.10690.00140.15230.00960.05740.1860.0030.1837-32.805859.3071-23.9596
40.77790.853-0.17581.7512-0.35710.3890.0309-0.0692-0.07040.2595-0.03610.09890.1351-0.08020.01070.24680.01320.0780.2042-0.01290.1843-29.965428.3013-15.0586
50.4976-0.10180.00531.24020.51170.36570.0013-0.13340.13460.48610.00650.07010.0285-0.0186-0.01380.4381-0.01690.04890.2243-0.00430.1585-4.985459.22953.2702
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB-5 - 273
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC-3 - 273
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD-5 - 273
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE0 - 274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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