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- PDB-5u96: Crystal structure of the coiled-coil domain from Listeria Innocua... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u96
タイトルCrystal structure of the coiled-coil domain from Listeria Innocua (Tetragonal Form)
要素Putative integrase
キーワードRECOMBINATION / site-specific recombination / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Recombinase zinc beta ribbon domain / Recombinase / Recombinase zinc beta ribbon domain / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain ...Recombinase zinc beta ribbon domain / Recombinase / Recombinase zinc beta ribbon domain / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrase [Bacteriophage A118]
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria innocua (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Gupta, K. / Van Duyne, G.D. / Sharp, R. / Yuan, J.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5 R01 GM108751 03 米国
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Coiled-coil interactions mediate serine integrase directionality.
著者: Gupta, K. / Sharp, R. / Yuan, J.B. / Li, H. / Van Duyne, G.D.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Attachment site recognition and regulation of directionality by the serine integrases.
著者: Rutherford, K. / Yuan, P. / Perry, K. / Sharp, R. / Van Duyne, G.D.
履歴
登録2016年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative integrase
B: Putative integrase
C: Putative integrase
D: Putative integrase
E: Putative integrase
F: Putative integrase
G: Putative integrase
H: Putative integrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5988
ポリマ－48,5988
非ポリマー00
水15,241846
1
A: Putative integrase
B: Putative integrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1502
ポリマ－12,1502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7230 Å2
手法PISA
2
C: Putative integrase
D: Putative integrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1502
ポリマ－12,1502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6820 Å2
手法PISA
3
E: Putative integrase
F: Putative integrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1502
ポリマ－12,1502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6890 Å2
手法PISA
4
G: Putative integrase
H: Putative integrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1502
ポリマ－12,1502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.160, 97.160, 52.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
Putative integrase


分子量: 6074.780 Da / 分子数: 8 / 断片: Coiled-coil domain (UNP residues 350-400) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / 遺伝子: int / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q928V6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 846 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES pH 7.5, and 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→35.7 Å / Num. obs: 36018 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.019 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KIS

4kis


解像度: 1.95→35.688 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.29 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 1996 5.54 %Random Selection
Rwork0.2263 ---
obs0.2382 36018 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.688 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3185 0 0 846 4031
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033225
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5574314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8051246
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024461
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9506-1.99930.37891410.35372406X-RAY DIFFRACTION94
1.9993-2.05340.3381410.33612407X-RAY DIFFRACTION94
2.0534-2.11380.36241400.33132436X-RAY DIFFRACTION95
2.1138-2.1820.32391410.30772404X-RAY DIFFRACTION94
2.182-2.260.32351480.3152438X-RAY DIFFRACTION94
2.26-2.35040.29041440.30112394X-RAY DIFFRACTION94
2.3504-2.45740.28371390.2812413X-RAY DIFFRACTION95
2.4574-2.58690.24161410.26442399X-RAY DIFFRACTION94
2.5869-2.74890.30821420.25422450X-RAY DIFFRACTION95
2.7489-2.96110.21831410.24062394X-RAY DIFFRACTION94
2.9611-3.25880.26511440.23342471X-RAY DIFFRACTION94
3.2588-3.72990.20181410.21172434X-RAY DIFFRACTION94
3.7299-4.69740.18621410.17752443X-RAY DIFFRACTION94
4.6974-34.35660.23881520.22912501X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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