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万見
- PDB-3va9: Crystal structure of the Rhodopseudomonas palustris histidine kin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3va9
タイトルCrystal structure of the Rhodopseudomonas palustris histidine kinase HK9 sensor domain
要素Sensor histidine kinase
キーワードTRANSFERASE / FOUR-ALPHA-HELIX BUNDLE / HISTIDINE KINASE FAMILY 9 / KINASE / PHOSPHOTRANSFER / TRANSFERASE TWO-COMPONENT SYSTEM / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
CHASE3 / CHASE3 domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase ...CHASE3 / CHASE3 domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Native SAD / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, Z. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Rhodopseudomonas palustris histidine kinase HK9 sensor domain
著者: Zhang, Z. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2011年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7922
ポリマ－18,7561
非ポリマー351
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子

A: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5844
ポリマ－37,5132
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.147, 76.147, 109.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Sensor histidine kinase


分子量: 18756.398 Da / 分子数: 1 / 断片: sensor domain (UNP residues 35-188) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 遺伝子: RPA2292 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6N7G5, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.68 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18% PEG 1K, 100mM Cacodylate, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.7432 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月16日 / 詳細: sagittal focusing mirror
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7432 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 7462 / Num. obs: 7462 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXD位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: Native SAD / 解像度: 2.3→38.074 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 623 4.57 %RANDOM
Rwork0.1872 ---
obs0.1891 7446 99.96 %-
all-13643 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.458 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2436 Å20 Å20 Å2
2--0.2436 Å20 Å2
3----0.4873 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.074 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 1 21 1023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.771357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.386392
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.53150.2591670.18373239X-RAY DIFFRACTION100
2.5315-2.89780.23961490.17773256X-RAY DIFFRACTION100
2.8978-3.65040.26121550.18343270X-RAY DIFFRACTION100
3.6504-38.07890.19231520.18613255X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.0888 Å / Origin y: 9.5175 Å / Origin z: 14.9537 Å
111213212223313233
T0.2684 Å20.039 Å20.0345 Å2-0.1423 Å20.044 Å2--0.2222 Å2
L0.7342 °20.3733 °20.0059 °2-3.346 °2-0.0618 °2--1.0048 °2
S-0.0296 Å °-0.0233 Å °0.019 Å °0.0787 Å °-0.1119 Å °0.4165 Å °-0.0833 Å °-0.0319 Å °0.0867 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A and (resseq 49:175)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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