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万見
- PDB-5u3p: Crystal Structure of DH511.4 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u3p
タイトルCrystal Structure of DH511.4 Fab
要素
  • DH511.4 Fab Heavy Chain
  • DH511.4 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / Neutralizing / Antibody / gp41 / MPER
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Nicely, N.I. / Williams, L.D. / Ofek, G. / Haynes, B.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI 0100645 米国
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2017
タイトル: Potent and broad HIV-neutralizing antibodies in memory B cells and plasma.
著者: Williams, L.D. / Ofek, G. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lu, X. / Nicely, N.I. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Bradley, T. / Louder, M.K. / McKee, K. / Bailer, R.T. / O'Dell, S. / Georgiev, I. ...著者: Williams, L.D. / Ofek, G. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lu, X. / Nicely, N.I. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Bradley, T. / Louder, M.K. / McKee, K. / Bailer, R.T. / O'Dell, S. / Georgiev, I.S. / Seaman, M.S. / Parks, R.J. / Marshall, D.J. / Anasti, K. / Yang, G. / Nie, X. / Tumba, N.L. / Wiehe, K. / Wagh, K. / Korber, B. / Kepler, T.B. / Munir Alam, S. / Morris, L. / Kamanga, G. / Cohen, M.S. / Bonsignori, M. / Xia, S.M. / Montefiori, D.C. / Kelsoe, G. / Gao, F. / Mascola, J.R. / Moody, M.A. / Saunders, K.O. / Liao, H.X. / Tomaras, G.D. / Georgiou, G. / Haynes, B.F.
履歴
登録2016年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22017年8月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_audit_support / software
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DH511.4 Fab Heavy Chain
L: DH511.4 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4002
ポリマ－48,4002
非ポリマー00
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.486, 48.163, 57.129
Angle α, β, γ (deg.)86.140, 82.320, 82.290
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 DH511.4 Fab Heavy Chain


分子量: 25051.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DH511.4 Fab Light Chain


分子量: 23348.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M di-sodium hydrogen phosphate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→27.287 Å / Num. obs: 65896 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 18.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 1.353 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 165642
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.532.30.42432300.746193.1
1.53-1.552.50.3960.805194.4
1.55-1.582.50.3550.852194.1
1.58-1.622.60.3110.889194.9
1.62-1.652.60.2790.906194.8
1.65-1.692.60.2330.932194.6
1.69-1.732.60.2030.938195.1
1.73-1.782.60.1630.96195.1
1.78-1.832.60.140.969195.1
1.83-1.892.60.1180.973195.3
1.89-1.962.60.0990.981194.9
1.96-2.042.60.0810.984194.8
2.04-2.132.50.0720.988194.9
2.13-2.242.50.0650.99195.6
2.24-2.382.50.0610.989195.6
2.38-2.562.50.0580.988195.9
2.56-2.822.50.0510.991195.2
2.82-3.232.40.0460.992194.9
3.23-4.072.20.0430.992190.6
4.07-5020.0420.992166.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GHB, 4KMT

3ghb

4kmt


解像度: 1.5→27.287 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 20.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2111 1964 3.05 %
Rwork0.188 --
obs0.1887 64453 90.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103 Å2 / Biso mean: 28.2843 Å2 / Biso min: 13.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→27.287 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3406 0 0 191 3597
Biso mean---31.27 -
残基数----446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063559
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1214844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075545
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9711269
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.53440.20041130.20213438355169
1.5344-1.57590.21761390.20254361450088
1.5759-1.62220.20081390.19524474461390
1.6222-1.67460.24831390.19454505464491
1.6746-1.73440.19491440.18614542468692
1.7344-1.80390.21371460.18674654480094
1.8039-1.88590.21451450.18744632477794
1.8859-1.98530.21481470.19034687483494
1.9853-2.10970.22811470.18564704485195
2.1097-2.27250.19181490.19124739488895
2.2725-2.50110.23231480.2024748489696
2.5011-2.86260.23241490.20384733488296
2.8626-3.60530.20541460.18444658480494
3.6053-27.29180.19241130.17073614372773
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6176-0.5829-0.14171.50280.12452.283-0.01880.0299-0.124-0.02210.0737-0.07340.083-0.0103-0.070.145-0.01440.00830.14170.00520.18161.3074-39.6683-130.187
20.6147-0.0893-0.13680.629-0.14090.8032-0.08480.03310.0135-0.0407-0.0022-0.02270.01230.01820.13190.1469-0.0178-0.0180.16290.01960.178-1.9289-28.2157-131.8104
31.1394-0.72110.19541.296-0.45511.192-0.1468-0.150.02780.07440.17570.12410.0041-0.1425-0.01590.18880.0246-0.00210.18790.00190.1702-21.0576-13.1879-115.2607
41.7094-1.52770.76916.0171-1.53220.49930.0473-0.0939-0.14250.28130.00930.3272-0.0928-0.5631-0.02410.3370.07490.05940.34220.0290.2037-23.5829-20.2602-107.9116
51.7099-0.93250.17542.32310.10671.75560.01430.08350.0313-0.0746-0.0637-0.1111-0.128-0.00850.04390.1581-0.01560.01260.15730.00490.1581-0.3826-22.1558-144.6801
61.195-0.45110.53331.1981-0.63791.8004-0.1217-0.07190.17130.2472-0.0152-0.1887-0.250.19460.0770.22270.0077-0.04980.1752-0.00970.2064-10.7744-4.034-118.7542
71.1654-0.39121.09940.77440.22545.25620.0341-0.15210.07510.141-0.0645-0.00510.2277-0.02710.00790.2023-0.0181-0.02940.1907-0.01150.1785-13.1245-10.0551-122.6739
81.7185-0.13980.26871.8757-0.20094.2797-0.1237-0.18130.31620.60620.0662-0.2436-0.56060.25260.0080.4149-0.052-0.10820.247-0.02280.3196-8.33493.2673-115.2383
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain H and resid 1:95)H1 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2(chain H and resid 96:129)H96 - 129
3X-RAY DIFFRACTION3(chain H and resid 130:198)H130 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4(chain H and resid 199:213)H199 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5(chain L and resid 1:105)L1 - 105
6X-RAY DIFFRACTION6(chain L and resid 106:160)L106 - 160
7X-RAY DIFFRACTION7(chain L and resid 161:184)L161 - 184
8X-RAY DIFFRACTION8(chain L and resid 185:212)L185 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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