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- PDB-5u3l: Crystal Structure of DH511.2 Fab in Complex with HIV-1 gp41 MPER ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5u3l | ||||||
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Title | Crystal Structure of DH511.2 Fab in Complex with HIV-1 gp41 MPER 670-683 Peptide | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HIV-1 / Neutralizing / Antibody / gp41 / MPER / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ofek, G. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Williams, L.D. / Nicely, N.I. / Haynes, B.F. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Potent and broad HIV-neutralizing antibodies in memory B cells and plasma. Authors: Williams, L.D. / Ofek, G. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lu, X. / Nicely, N.I. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Bradley, T. / Louder, M.K. / McKee, K. / Bailer, R.T. / O'Dell, S. / Georgiev, I. ...Authors: Williams, L.D. / Ofek, G. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lu, X. / Nicely, N.I. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Bradley, T. / Louder, M.K. / McKee, K. / Bailer, R.T. / O'Dell, S. / Georgiev, I.S. / Seaman, M.S. / Parks, R.J. / Marshall, D.J. / Anasti, K. / Yang, G. / Nie, X. / Tumba, N.L. / Wiehe, K. / Wagh, K. / Korber, B. / Kepler, T.B. / Munir Alam, S. / Morris, L. / Kamanga, G. / Cohen, M.S. / Bonsignori, M. / Xia, S.M. / Montefiori, D.C. / Kelsoe, G. / Gao, F. / Mascola, J.R. / Moody, M.A. / Saunders, K.O. / Liao, H.X. / Tomaras, G.D. / Georgiou, G. / Haynes, B.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 512.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 432.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5u3jC ![]() 5u3kC ![]() 5u3mC ![]() 5u3nC ![]() 5u3oC ![]() 5u3pSC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Antibody | Mass: 25101.312 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23466.990 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Protein/peptide | Mass: 2789.345 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: gp41 656-683 / Source method: obtained synthetically / Details: gp41 MPER 670-683 Peptide / Source: (synth.) ![]() ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 20% PEG 8000, 10% PEG 400, 0.5 M NaCl, 0.1 M C2H3NaO2 pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Jul 8, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.17→42.51 Å / Num. obs: 51031 / % possible obs: 93.5 % / Redundancy: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 36.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 259846 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5U3P Resolution: 2.165→42.51 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.165→42.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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