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Yorodumi- PDB-4u6g: Crystal structure of 10E8 Fab in complex with a hydrocarbon-stapl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4u6g | ||||||
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Title | Crystal structure of 10E8 Fab in complex with a hydrocarbon-stapled HIV-1 gp41 MPER peptide | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / 10E8 Antibody / HIV-1 / hydrocarbon-staple / gp41 MPER | ||||||
Function / homology | Function and homology information membrane => GO:0016020 / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Human immunodeficiency virus 1 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 4.2012 Å | ||||||
Authors | Ofek, G. / Bird, G.H. / Walensky, L.D. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Structural Fidelity and Neutralizing Antibody Binding Capacity of Hydrocarbon-Stapled HIV-1 Antigens Authors: Bird, G.H. / Irimia, A. / Ofek, G. / Kwong, P.D. / Wilson, I.A. / Walensky, L.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4u6g.cif.gz | 188.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4u6g.ent.gz | 149.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4u6g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4u6g_validation.pdf.gz | 447.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4u6g_full_validation.pdf.gz | 450.2 KB | Display | |
Data in XML | 4u6g_validation.xml.gz | 31.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4u6g_validation.cif.gz | 42.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/4u6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/4u6g | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 25447.475 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pVRC8400 / Cell (production host): Embryonic Kidney / Cell line (production host): 293 Freestyle / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 22989.459 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pVRC8400 / Cell (production host): Embryonic Kidney / Cell line (production host): 293 Freestyle / Production host: Homo sapiens (human) #3: Protein/peptide | Mass: 2191.614 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Human immunodeficiency virus 1 / References: UniProt: I3VHW6*PLUS |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 32% Isopropanol, 7.5% PEG 8000, 0.1 M Imidazole pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 1, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI220 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 4.15→50 Å / Num. obs: 8148 / % possible obs: 95.1 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 75.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.302 / Χ2: 1.058 / Net I/av σ(I): 5.615 / Net I/σ(I): 3.1 / Num. measured all: 52206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 4.2012→40.053 Å / SU ML: 0.56 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.48 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.2012→40.053 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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