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- PDB-5u0u: Crystal Structure of DH270.1 (unliganded, single-chain Fv) from t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u0u
タイトルCrystal Structure of DH270.1 (unliganded, single-chain Fv) from the DH270 Broadly Neutralizing N332-glycan Dependent Lineage
要素DH270.1 single-chain variable fragment
キーワードIMMUNE SYSTEM / single-chain variable fragment / HIV-1 / ANTIBODY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.428 Å
データ登録者Fera, D. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1F32AI116355-01 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM-1- AI100645 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2017
タイトル: Staged induction of HIV-1 glycan-dependent broadly neutralizing antibodies.
著者: Mattia Bonsignori / Edward F Kreider / Daniela Fera / R Ryan Meyerhoff / Todd Bradley / Kevin Wiehe / S Munir Alam / Baptiste Aussedat / William E Walkowicz / Kwan-Ki Hwang / Kevin O Saunders ...著者: Mattia Bonsignori / Edward F Kreider / Daniela Fera / R Ryan Meyerhoff / Todd Bradley / Kevin Wiehe / S Munir Alam / Baptiste Aussedat / William E Walkowicz / Kwan-Ki Hwang / Kevin O Saunders / Ruijun Zhang / Morgan A Gladden / Anthony Monroe / Amit Kumar / Shi-Mao Xia / Melissa Cooper / Mark K Louder / Krisha McKee / Robert T Bailer / Brendan W Pier / Claudia A Jette / Garnett Kelsoe / Wilton B Williams / Lynn Morris / John Kappes / Kshitij Wagh / Gift Kamanga / Myron S Cohen / Peter T Hraber / David C Montefiori / Ashley Trama / Hua-Xin Liao / Thomas B Kepler / M Anthony Moody / Feng Gao / Samuel J Danishefsky / John R Mascola / George M Shaw / Beatrice H Hahn / Stephen C Harrison / Bette T Korber / Barton F Haynes /
要旨: A preventive HIV-1 vaccine should induce HIV-1-specific broadly neutralizing antibodies (bnAbs). However, bnAbs generally require high levels of somatic hypermutation (SHM) to acquire breadth, and ...A preventive HIV-1 vaccine should induce HIV-1-specific broadly neutralizing antibodies (bnAbs). However, bnAbs generally require high levels of somatic hypermutation (SHM) to acquire breadth, and current vaccine strategies have not been successful in inducing bnAbs. Because bnAbs directed against a glycosylated site adjacent to the third variable loop (V3) of the HIV-1 envelope protein require limited SHM, the V3-glycan epitope is an attractive vaccine target. By studying the cooperation among multiple V3-glycan B cell lineages and their coevolution with autologous virus throughout 5 years of infection, we identify key events in the ontogeny of a V3-glycan bnAb. Two autologous neutralizing antibody lineages selected for virus escape mutations and consequently allowed initiation and affinity maturation of a V3-glycan bnAb lineage. The nucleotide substitution required to initiate the bnAb lineage occurred at a low-probability site for activation-induced cytidine deaminase activity. Cooperation of B cell lineages and an improbable mutation critical for bnAb activity defined the necessary events leading to breadth in this V3-glycan bnAb lineage. These findings may, in part, explain why initiation of V3-glycan bnAbs is rare, and suggest an immunization strategy for inducing similar V3-glycan bnAbs.
履歴
登録2016年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.name
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: DH270.1 single-chain variable fragment
A: DH270.1 single-chain variable fragment
C: DH270.1 single-chain variable fragment
E: DH270.1 single-chain variable fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,2044
ポリマ－109,2044
非ポリマー00
水00
1
G: DH270.1 single-chain variable fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3011
ポリマ－27,3011
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: DH270.1 single-chain variable fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3011
ポリマ－27,3011
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DH270.1 single-chain variable fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3011
ポリマ－27,3011
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: DH270.1 single-chain variable fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3011
ポリマ－27,3011
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.873, 111.284, 89.134
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
31chain E
41chain G

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 1 - 249 / Label seq-ID: 1 - 251

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAB
2chain CCC
3chain EED
4chain GGA

-
要素

#1: 抗体
DH270.1 single-chain variable fragment


分子量: 27300.980 Da / 分子数: 4 / 断片: FAB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 2.5 M sodium chloride, 100 mM sodium acetate, pH 4.5 and 200 mM LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月27日
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(220) SIDE BOUNCE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.42→49.851 Å / Num. obs: 14420 / % possible obs: 81.5 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 60.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rpim(I) all: 0.14 / Rrim(I) all: 0.233 / Χ2: 0.986 / Net I/av σ(I): 4.603 / Net I/σ(I): 3.8 / Num. measured all: 32526
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.42-3.482.20.6520.503185.5
3.48-3.542.20.4860.603183.6
3.54-3.612.20.4340.688184
3.61-3.682.20.3940.621181.6
3.68-3.762.20.3450.778184.3
3.76-3.852.30.3320.802182.3
3.85-3.952.20.2980.814183.1
3.95-4.052.30.2970.821180.6
4.05-4.172.30.2280.888182
4.17-4.312.20.1920.92182.7
4.31-4.462.30.1690.926181.4
4.46-4.642.30.1740.929181.2
4.64-4.852.30.1510.935181.9
4.85-5.112.30.150.942181.1
5.11-5.432.30.1420.946181.6
5.43-5.852.30.1450.943179.7
5.85-6.432.30.1440.947179.8
6.43-7.362.30.1460.94179.2
7.36-9.262.30.1040.962179.8
9.26-502.40.0890.971175.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.89 Å49.85 Å
Translation6.89 Å49.85 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PARROT位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TQA

5tqa


解像度: 3.428→49.851 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 27.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 726 5.04 %
Rwork0.2536 --
obs0.255 14409 80.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.1 Å2 / Biso mean: 61.17 Å2 / Biso min: 39.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.428→49.851 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7157 0 0 0 7157
残基数----940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047353
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89210001
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361072
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8072553
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4210X-RAY DIFFRACTION10.777TORSIONAL
12C4210X-RAY DIFFRACTION10.777TORSIONAL
13E4210X-RAY DIFFRACTION10.777TORSIONAL
14G4210X-RAY DIFFRACTION10.777TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4283-3.69290.33441280.32042700282880
3.6929-4.06440.34081590.29232771293083
4.0644-4.65220.26131320.24882774290682
4.6522-5.85980.2471430.22812752289581
5.8598-49.8560.2621640.21782686285079
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 117.0391 Å / Origin y: -44.3423 Å / Origin z: 125.2583 Å
111213212223313233
T0.3581 Å2-0.0217 Å2-0.0106 Å2-0.3815 Å2-0.044 Å2--0.4435 Å2
L-0.0714 °20.0304 °2-0.1013 °2-0.8812 °2-1.606 °2--2.5421 °2
S-0.0836 Å °-0.0207 Å °-0.0537 Å °-0.136 Å °0.0268 Å °-0.0579 Å °0.2488 Å °-0.0498 Å °0.0724 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 249
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 249
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 249
4X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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