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万見
- PDB-1bvl: HUMANIZED ANTI-LYSOZYME FV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bvl
タイトルHUMANIZED ANTI-LYSOZYME FV
要素(HULYS11) x 2
キーワードHUMANIZED ANTIBODY / FV / ANTI-LYSOZYME
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / :
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Holmes, M.A. / Foote, J.
引用
ジャーナル: J.Immunol. / 年: 1997
タイトル: Structural consequences of humanizing an antibody.
著者: Holmes, M.A. / Foote, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Antibody Framework Residues Affecting the Conformation of the Hypervariable Loops
著者: Foote, J. / Winter, G.
履歴
登録1998年9月16日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HULYS11
B: HULYS11
C: HULYS11
D: HULYS11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6694
ポリマ－49,6694
非ポリマー00
水00
1
A: HULYS11
B: HULYS11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8352
ポリマ－24,8352
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10160 Å2
手法PISA
2
C: HULYS11
D: HULYS11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8352
ポリマ－24,8352
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.000, 143.000, 72.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.839814, -0.234724, -0.489508), (-0.335832, 0.933082, 0.128741), (0.426533, 0.272511, -0.862443)
ベクター: 143.78841, 50.8787, 6.2959)

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要素

#1: 抗体 HULYS11


分子量: 12872.358 Da / 分子数: 2 / 断片: FV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens, Mus musculus / 属: Homo, Mus / 生物種: , / 株: , / 解説: DESIGNED MOLECULE / プラスミド: LACZ/PELB / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: PIR: S21681
#2: 抗体 HULYS11


分子量: 11962.320 Da / 分子数: 2 / 断片: FV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens, Mus musculus / 属: Homo, Mus / 生物種: , / 株: , / 解説: DESIGNED MOLECULE / プラスミド: LACZ/PELB / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: PIR: S21680
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.4 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.7-0.8 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月1日 / 詳細: R-AXIS IIC
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.87 Å / Num. obs: 16782 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.87→3 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / % possible all: 83.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 75768
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
R-AXISデータ収集
R-AXISデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
R-AXISデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.87→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: 1 B-FACTOR PER RESIDUE / σ(F): 2
詳細: SOME ROUNDS OF TNT REFINEMENT WERE INTERSPERSED WITH THE X-PLOR REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.22 --
obs0.22 16255 93.7 %
原子変位パラメータBiso mean: 23.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.87→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3488 0 0 0 3488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.87→3 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.293 1779 -
obs--84.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.59 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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