PDB-5tw8: Crystal structure of wild-type S. aureus penicillin binding prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tw8

タイトル

Crystal structure of wild-type S. aureus penicillin binding protein 4 (PBP4) in complex with ceftaroline

要素

Penicillin-binding protein 4

キーワード

HYDROLASE / Antibiotic / Hydrolase / Penicillin binding protein / beta-lactam antibiotics / HYDROLASE - Antibiotic complex

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / response to antibiotic / proteolysis / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Alexander, J.A.N. / Strynadka, N.C.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and kinetic analysis of penicillin-binding protein 4 (PBP4)-mediated antibiotic resistance inStaphylococcus aureus.
著者: Alexander, J.A.N. / Chatterjee, S.S. / Hamilton, S.M. / Eltis, L.D. / Chambers, H.F. / Strynadka, N.C.J.

履歴

登録	2016年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5tw8.ent.gz	249.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tw8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5tw8_validation.pdf.gz	858.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tw8_full_validation.pdf.gz	862.7 KB	表示
XML形式データ	5tw8_validation.xml.gz	32.3 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/5tw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/5tw8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5tw4C 5tx9C 5txiC 5ty2C 5ty7C 6c39C 6c3kC 1tvfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hun-1 3hun-2 6c3k-2 6c3k-1 5tw4-2 6dz8-2 5ty2-1 5tw4-1 5tx9-1 5txi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein 4

B: Penicillin-binding protein 4

ヘテロ分子

82 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Penicillin-binding protein 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Penicillin-binding protein 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.415, 92.165, 79.153
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.230, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-402- ZN
2	1	B-700- HOH

詳細

Monomer as determined by size exclusion chromatography

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 4 分子量: 40251.414 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 25-383 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: pbp4, SACOL0699 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0H2WY27
#2: 化合物	ChemComp-AI8 / Ceftaroline, bound form 分子量: 607.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₃N₈O₅S₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 8 mM Zinc chloride, 80 mM sodium acetate pH 5, 400 mM Dimethyl(2-hydroxyethyl)ammonium propane sulfonate, and 16% polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.72→46.08 Å / Num. obs: 87247 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.12 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 327221

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.72-1.75	3.8	1.413	0.612	1	99.7
9.26-46.08	3.5	0.041	0.996	1	98.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.94 Å	46.08 Å
Translation	5.94 Å	46.08 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	`	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TVF

1tvf

解像度: 1.72→46.08 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2146	4378	5.02 %
R_work	0.1862	-	-
obs	0.1876	87188	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.83 Å² / B_iso mean: 33.3412 Å² / B_iso min: 10.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.72→46.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5595	0	83	481	6159
B_iso mean	-	-	79.98	38.45	-
残基数	-	-	-	-	715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5826
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.856	7908
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	888
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1025
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.615	3624

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.72-1.7395	0.3488	141	0.3493	2696	2837	100
1.7395-1.76	0.3568	164	0.3383	2743	2907	100
1.76-1.7815	0.369	151	0.3185	2733	2884	100
1.7815-1.804	0.3295	154	0.3076	2773	2927	100
1.804-1.8278	0.3088	141	0.3013	2725	2866	100
1.8278-1.8528	0.2823	146	0.2761	2779	2925	100
1.8528-1.8793	0.3168	148	0.2699	2729	2877	100
1.8793-1.9073	0.3184	153	0.278	2763	2916	100
1.9073-1.9371	0.3563	159	0.3296	2705	2864	100
1.9371-1.9689	0.2509	149	0.2349	2760	2909	100
1.9689-2.0028	0.2213	140	0.2276	2759	2899	100
2.0028-2.0393	0.2473	156	0.2126	2747	2903	100
2.0393-2.0785	0.2613	139	0.2086	2779	2918	100
2.0785-2.1209	0.2482	132	0.198	2784	2916	100
2.1209-2.167	0.1895	136	0.1856	2763	2899	100
2.167-2.2174	0.2126	140	0.1885	2736	2876	100
2.2174-2.2729	0.294	135	0.2417	2789	2924	100
2.2729-2.3343	0.2371	143	0.1905	2752	2895	100
2.3343-2.403	0.217	153	0.1758	2771	2924	100
2.403-2.4806	0.1756	155	0.1645	2787	2942	100
2.4806-2.5692	0.2161	136	0.1674	2736	2872	100
2.5692-2.6721	0.2406	130	0.1705	2773	2903	100
2.6721-2.7937	0.2184	149	0.176	2748	2897	100
2.7937-2.941	0.2074	130	0.171	2796	2926	100
2.941-3.1252	0.2019	155	0.1687	2749	2904	99
3.1252-3.3664	0.2102	138	0.1671	2776	2914	100
3.3664-3.7051	0.1985	147	0.1485	2786	2933	100
3.7051-4.2409	0.14	154	0.1328	2764	2918	100
4.2409-5.3418	0.1431	151	0.1348	2798	2949	100
5.3418-46.099	0.1944	153	0.1741	2811	2964	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9272	-0.7216	-0.5496	2.5845	0.7653	1.8072	-0.0117	0.0992	-0.0725	-0.0086	0.001	0.2125	0.0011	-0.1794	-0.0035	0.0596	-0.0174	-0.0222	0.1461	0.0023	0.1119	29.0386	-47.0223	40.9974
2	2.1472	2.5404	1.6605	8.2074	-0.1277	2.8647	0.0067	-0.1133	-0.0647	-0.1046	0.0416	0.0505	-0.0468	0.0046	-0.0729	0.1665	0.0029	-0.0173	0.2002	-0.05	0.1388	31.3933	-68.7175	23.4786
3	1.0527	-0.3906	-0.0082	3.6926	0.5674	1.316	0.0092	0.1142	-0.1358	-0.024	0.0248	0.2381	0.0808	-0.1855	-0.0305	0.1575	-0.0423	-0.0029	0.1958	-0.0162	0.1416	30.944	-55.957	34.1818
4	4.129	1.3351	-0.9275	3.4897	-1.2391	2.758	0.0953	0.4607	0.5894	-0.0324	-0.0262	-0.1134	-0.3698	0.1674	-0.0435	0.2528	0.0028	0.0007	0.1775	0.0344	0.1869	38.9966	-29.2776	33.7657
5	2.8173	-3.17	-0.6866	4.354	-0.5707	6.1376	-0.1576	-0.5504	-0.2014	0.7035	0.3614	0.6965	0.1227	-0.2897	-0.0873	0.3638	0.064	0.0849	0.179	-0.0131	0.229	28.1022	-39.0317	6.8865
6	0.6203	-0.0943	-0.1897	2.028	0.5331	1.063	-0.1388	-0.0808	-0.0434	0.1707	0.109	-0.0439	0.296	-0.0549	0.0117	0.2638	0.0426	-0.0104	0.1717	0.0108	0.129	41.2661	-55.8146	-8.8979
7	2.7918	0.0283	2.4318	4.8716	-0.5122	3.0031	-0.091	-0.1493	-0.1676	0.0982	0.212	0.2959	0.4842	-0.3088	-0.0787	0.3613	-0.0334	0.0446	0.2026	0.0083	0.1492	36.3172	-65.069	-14.3513
8	2.3941	1.4871	0.8806	7.8291	0.6712	3.6446	-0.0488	-0.186	-0.1342	0.7302	0.0399	-0.2052	0.4279	-0.0661	0.0433	0.3454	0.1002	-0.0319	0.192	0.0036	0.1449	45.5753	-62.2987	-0.36
9	4.3165	1.1236	1.3868	3.3485	1.2528	3.4196	-0.1217	0.246	0.0377	-0.0491	0.133	0.1004	0.2073	-0.0443	-0.0212	0.2324	0.0528	0.0007	0.1126	0.0115	0.1116	36.7474	-50.2732	-13.0183
10	6.2531	-3.447	4.0278	5.7952	-4.6823	8.5703	-0.08	-0.0395	-0.0623	0.0113	0.2413	0.3459	0.4712	-0.5509	-0.1888	0.2693	-0.0202	0.0334	0.1505	-0.0209	0.1497	27.3535	-48.2471	-7.03
11	3.7429	0.0857	1.1232	5.8021	-1.125	5.4085	-0.0216	-0.2605	-0.1646	0.5088	0.1439	0.5052	0.401	-0.2592	-0.0768	0.1987	0.0534	0.0519	0.1169	-0.0173	0.1417	31.3753	-45.593	-1.4007
12	7.7503	6.4059	-3.5447	7.7165	-3.4519	3.1437	-0.0687	0.2516	0.2989	-0.002	0.0827	0.026	-0.0271	0.0746	-0.0566	0.1713	0.0617	-0.0415	0.1764	0.0305	0.1725	40.289	-27.843	-6.5713
13	6.304	2.9871	-1.6662	5.7727	0.3171	8.0646	0.061	0.0692	0.4857	-0.1665	-0.0452	0.2799	-0.3851	0.2886	-0.1042	0.1832	0.0028	-0.0654	0.1211	0.0043	0.2565	49.0321	-22.2259	-5.5832
14	3.8203	1.4452	-1.4201	7.001	-1.5988	7.4162	0.0374	0.2535	-0.1057	-0.0483	-0.1058	-0.6016	0.1677	0.4447	0.0683	0.0838	0.0464	-0.0736	0.2262	-0.0451	0.2773	52.2689	-29.881	-3.9489

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 90 )	A	25 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 91 through 154 )	A	91 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 155 through 296 )	A	155 - 296
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 297 through 382 )	A	297 - 382
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 25 through 56 )	B	25 - 56
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 57 through 111 )	B	57 - 111
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 112 through 154 )	B	112 - 154
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 155 through 204 )	B	155 - 204
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 205 through 239 )	B	205 - 239
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 240 through 266 )	B	240 - 266
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 267 through 296 )	B	267 - 296
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 297 through 335 )	B	297 - 335
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 336 through 364 )	B	336 - 364
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 365 through 383 )	B	365 - 383

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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