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- PDB-5tvn: Crystal structure of the LSD-bound 5-HT2B receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tvn
タイトルCrystal structure of the LSD-bound 5-HT2B receptor
要素Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 2B and E. Coli soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / LSD / GPCR / serotonin receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / protein kinase C signaling / regulation of behavior / Serotonin receptors / serotonin receptor signaling pathway ...intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / protein kinase C signaling / regulation of behavior / Serotonin receptors / serotonin receptor signaling pathway / embryonic morphogenesis / cellular response to temperature stimulus / serotonin binding / vasoconstriction / G protein-coupled receptor internalization / G protein-coupled serotonin receptor activity / : / cardiac muscle hypertrophy / neural crest cell differentiation / neural crest cell migration / cGMP-mediated signaling / neurotransmitter receptor activity / positive regulation of cell division / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / G-protein alpha-subunit binding / heart morphogenesis / phosphorylation / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of endothelial cell proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / GTPase activator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cytokine production / calcium-mediated signaling / electron transport chain / positive regulation of MAP kinase activity / intracellular calcium ion homeostasis / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / periplasmic space / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / electron transfer activity / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / G protein-coupled receptor signaling pathway / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / heme binding / synapse / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7LD / CHOLESTEROL / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wacker, D. / Wang, S. / McCorvy, J.D. / Betz, R.M. / Venkatakrishnan, A.J. / Levit, A. / Lansu, K. / Schools, Z.L. / Che, T. / Nichols, D.E. ...Wacker, D. / Wang, S. / McCorvy, J.D. / Betz, R.M. / Venkatakrishnan, A.J. / Levit, A. / Lansu, K. / Schools, Z.L. / Che, T. / Nichols, D.E. / Shoichet, B.K. / Dror, R.O. / Roth, B.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)Psychoactive Drug Screening Program (PDSP) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)U19MH82441 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of an LSD-Bound Human Serotonin Receptor.
著者: Wacker, D. / Wang, S. / McCorvy, J.D. / Betz, R.M. / Venkatakrishnan, A.J. / Levit, A. / Lansu, K. / Schools, Z.L. / Che, T. / Nichols, D.E. / Shoichet, B.K. / Dror, R.O. / Roth, B.L.
履歴
登録2016年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references
改定 1.22017年2月22日Group: Data collection
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.name
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52022年10月5日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 2B and E. Coli soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5016
ポリマ－45,2331
非ポリマー1,2685
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.195, 119.177, 170.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 2B and E. Coli soluble cytochrome b562 / 5-HT2B / Serotonin receptor 2B / Cytochrome b-562 / 5-HT2B / Serotonin receptor 2B


分子量: 45233.012 Da / 分子数: 1 / 変異: M144W, M1007W, H1102I, R1106L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HTR2B, cybC
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P41595, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 6種, 6分子

#2: 化合物 ChemComp-7LD / (8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide / Lysergic acid diethylamide / LSD


分子量: 323.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N3O
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM Tris/HCl pH 7.5-8.0, 90-130 mM potassium phosphate monobasic, 28-30% PEG400
PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 12422 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 63.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.087 / Rrim(I) all: 0.174 / Χ2: 1.63 / Net I/av σ(I): 9.442 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 42654
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.9-33.40.7830.563192.2
3-3.123.40.6590.687191.9
3.12-3.273.40.4990.778192
3.27-3.443.40.3540.866191.8
3.44-3.653.50.2630.924192.1
3.65-3.933.40.1730.962191.6
3.93-4.333.40.1270.975190.8
4.33-4.953.40.1120.979190.5
4.95-6.233.40.0990.987188.7
6.23-303.40.0770.99183.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IB4

4ib4


解像度: 2.9→29.164 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2628 638 5.15 %
Rwork0.2098 --
obs0.2125 12393 89.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 185.12 Å2 / Biso mean: 62.4857 Å2 / Biso min: 26.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→29.164 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2939 0 83 1 3023
Biso mean--64.22 53.17 -
残基数----393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8484231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6451081
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9002-3.12380.3151240.25732279240389
3.1238-3.43780.29031300.25642356248692
3.4378-3.93420.27951240.21592411253592
3.9342-4.95270.20581210.19012373249491
4.9527-29.16530.27471390.19392336247586
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0198-0.03230.14022.15550.47070.42670.0452-0.06820.03490.1524-0.0913-0.21050.09270.04670.05210.46150.03750.01440.33470.02790.2148-21.9482-15.7463-0.4471
24.27131.0007-1.05537.5586-1.03274.5493-0.0443-0.04480.0417-0.62310.02480.2392-0.19610.1457-0.10130.4981-0.0942-0.05180.64320.06170.246-43.929-6.1836-43.8908
33.5155-0.32061.01121.19220.54332.12890.24440.06150.03870.2207-0.0962-0.00530.47660.1282-0.12820.7251-0.0381-0.03160.30910.08960.3194-27.5307-22.9025-5.2819
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 248 )A41 - 248
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1001 through 1106 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 313 through 400 )A313 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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