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- PDB-5tuu: Crystal structure of the E2F4-DP1 coiled coil and marked-box domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tuu
タイトルCrystal structure of the E2F4-DP1 coiled coil and marked-box domains
要素
  • Transcription factor DP1
  • Transcription factor E2F4
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / cell-cycle regulation / coiled coil domian
機能・相同性
機能・相同性情報


multi-ciliated epithelial cell differentiation / Rb-E2F complex / negative regulation of fat cell proliferation / regulation of DNA biosynthetic process / centriole assembly / motile cilium assembly / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / cell volume homeostasis ...multi-ciliated epithelial cell differentiation / Rb-E2F complex / negative regulation of fat cell proliferation / regulation of DNA biosynthetic process / centriole assembly / motile cilium assembly / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / cell volume homeostasis / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / anoikis / blood circulation / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA-binding transcription activator activity / G1/S-Specific Transcription / epithelial cell development / Transcriptional Regulation by E2F6 / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / G0 and Early G1 / epidermis development / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / promoter-specific chromatin binding / animal organ morphogenesis / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Oncogene Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / Cyclin D associated events in G1 / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Oxidative Stress Induced Senescence / DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor DP / Transcription factor DP, C-terminal / Transcription factor DP / Transcription factor DP, C-terminal domain superfamily / Transcription factor DP / Transcription factor DP / E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain / E2F Family / E2F-DP heterodimerization region ...Transcription factor DP / Transcription factor DP, C-terminal / Transcription factor DP / Transcription factor DP, C-terminal domain superfamily / Transcription factor DP / Transcription factor DP / E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain / E2F Family / E2F-DP heterodimerization region / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor Dp-1 / Transcription factor E2F4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.251 Å
データ登録者Liban, T.J. / Rubin, S.M. / Tripathi, S.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA132685 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Conservation and divergence of C-terminal domain structure in the retinoblastoma protein family.
著者: Liban, T.J. / Medina, E.M. / Tripathi, S. / Sengupta, S. / Henry, R.W. / Buchler, N.E. / Rubin, S.M.
履歴
登録2016年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22017年5月24日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor DP1
B: Transcription factor E2F4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3654
ポリマ－30,1802
非ポリマー1842
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area14950 Å2
手法PISA
2
A: Transcription factor DP1
B: Transcription factor E2F4
ヘテロ分子

A: Transcription factor DP1
B: Transcription factor E2F4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7298
ポリマ－60,3614
非ポリマー3684
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area16040 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area26150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.575, 37.550, 109.942
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-513-

HOH

21A-523-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor DP1 / DRTF1-polypeptide 1 / DRTF1 / E2F dimerization partner 1


分子量: 17603.086 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 199-350 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFDP1, DP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14186
#2: タンパク質 Transcription factor E2F4 / E2F-4


分子量: 12577.285 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 91-198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: E2F4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16254
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 15% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→53.96 Å / Num. obs: 13407 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / CC1/2: 0.68 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 2AZE

2aze


解像度: 2.251→53.466 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2386 643 4.8 %
Rwork0.2054 --
obs0.2072 13401 94.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.251→53.466 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1928 0 12 42 1982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.742662
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.461218
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006352
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2506-2.42440.32421120.27392499X-RAY DIFFRACTION93
2.4244-2.66840.30231160.2542515X-RAY DIFFRACTION94
2.6684-3.05440.29661310.24492524X-RAY DIFFRACTION94
3.0544-3.84810.23841440.20312579X-RAY DIFFRACTION96
3.8481-53.48080.20531400.17662641X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5633-0.4135-4.63392.03310.47886.8511-0.1499-0.4365-0.21210.0655-0.19740.369-0.25470.0760.20710.27710.0966-0.07850.83680.00920.5168-24.0549-1.75233.4772
23.9352-2.2117-0.22783.4081-1.00013.4205-0.09140.18950.1219-0.2538-0.0221-0.0672-0.2016-0.00430.13120.3457-0.06150.00330.1873-0.01210.2794-1.5884-5.8331-11.5785
31.5922-0.58390.91453.08830.45686.2302-0.0213-0.54481.201-0.6596-0.16961.5883-1.0992-1.35690.2060.83360.4013-0.11290.9058-0.12980.8988-24.41988.3038-5.3435
46.24210.79144.34082.4459-0.7543.98570.28020.5883-0.0145-1.2896-0.0671-1.1641.14480.5738-1.17311.29340.22180.28570.6367-0.1470.5956-43.81125.704231.1238
52.7514-0.6455-3.9911.0899-0.27746.57630.00830.6123-0.6882-0.0117-0.37350.5016-0.3825-1.28760.29070.3720.0259-0.04421.0683-0.09030.6793-32.7665-3.9784.919
61.6556-0.5575-1.4274.1951-0.80182.72570.16150.3009-1.036-0.6123-0.64040.47510.4521-1.98690.04730.6354-0.0371-0.11021.0249-0.16280.4727-17.0068-5.9521-20.736
79.44413.18645.1548.2576-1.30074.54820.1918-0.14790.9244-0.1624-0.1325-0.7971-0.54240.1811-0.0890.5206-0.01860.08650.32510.02020.533-1.29932.8129-15.3602
82.6457-1.6012-0.70394.43230.12291.6635-0.41370.1985-0.0943-0.40330.5286-0.18880.09010.06320.13530.4237-0.02880.01940.26660.02410.3642-0.5411-10.7578-9.7139
91.37670.19151.17822.94681.23915.0742-0.26770.03690.31220.4884-0.0334-0.58220.56370.92450.04740.4664-0.0005-0.030.52870.03360.417211.9616-13.48693.62
103.52560.58982.24572.57610.12745.6131-0.3313-0.18-0.82940.1396-0.19930.19070.75550.0693-0.02120.5206-0.02330.18490.373-0.00240.5071-2.1224-22.672-11.0941
113.22133.3661-3.95713.4825-4.20757.0432-0.66670.67780.3384-0.20520.1806-0.1685-0.92391.01030.15650.502-0.077-0.0080.4461-0.00720.35412.8972-8.7389-17.2773
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 197 through 246 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 247 through 316 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 317 through 339 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 91 through 96 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 97 through 128 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 129 through 141 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 142 through 148 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 149 through 166 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 167 through 181 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 182 through 190 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 191 through 196 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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